Deoksiribonukleaasi IV

Deoksiribonukleaasi IV ( faagi -  T4 _____________)indusoituva endonukleaasi , joka katalysoi nukleotidien [1] hajoamista kaksijuosteisessa DNA :ssa hyökkäämällä 5'-päähän [ 2] [3] [4] .

Deoksiribonukleaasi IV on eräänlainen deoksiribonukleaasi, joka toimii nukleotidittomissa tai apuriini-apyrimidiinikohdissa ( AP-kohdat ), kun solulle tehdään nukleotidien poistokorjaus [5] . Lisäksi endonukleaasi IV:llä on useita aktiivisuuksia, kuten AP-endonukleaasi, 3'-diesteraasi, 3'->5'-eksonukleaasi ja 3'-fosfataasi [6] .

Endonukleaasi IV:tä koodaa bakteriofagin T4 denB -geeni ja sen sitoutumissekvenssi on 5'-dT || dCdAdCdTdTdC-3'. Seriinitähteellä 176 havaittiin olevan kriittinen rooli sytidiiniä sisältävän konsensussekvenssin endonukleaasihydrolyysin nopeuden lisäämisessä. Endonukleaasi IV on rakenteellisesti samankaltainen apyrimidiiniendonukleaasi I:n (APE1) kanssa [7] .

Discovery

Deoksiribonukleaasi IV eristettiin ensimmäisen kerran kaniinikudoksesta vuonna 1968, ja sen molekyylipaino on 42 000 daltonia . Tämän entsyymin on havaittu muistuttavan useita Escherichia colissa löydettyjä mikrobien DNA-polymeraasi I -endonukleaasiaktiivisuuksia , jotka näyttävät tarvittavan DNA:n korjaamiseen ja rekombinaatioon [8] .

Rakenne

DNaasi IV koostuu 185 aminohappotähteestä, ja magnesium-ionit toimivat kofaktorina. Kaksiarvoinen metalli-ioni, kuten Mg2+ , toimii kofaktorina 5'-mononukleotidien pilkkomisen aikana [9] . Sen beetasylinterimäistä TIM-ydintä ympäröivät kierteet, joissa on kolme metalli-ionia, joko kolme Zn 2+ tai kaksi Zn 2+ ja yksi Mn 2+ , joilla on kriittinen rooli AP-leikkauksen korjauksessa [10] .

Entsymaattinen aktiivisuus soluympäristössä ja DNA:ssa

70 % DNaasi IV:n kokonaisaktiivisuudesta löydettiin sytoplasmasta ja 30 % solun ytimistä [1] . Ihmisillä DNaasi IV:tä vaaditaan katkaisemaan reaktiovälituote, joka syntyy templaattijuosteen siirtymisestä aukon täytön aikana [11] .

Endonukleaasiaktiivisuuden aikana DNA:ssa tapahtuu konformaatiomuutoksia siten, että DNA:n 90 asteen mutka paljastaa nukleotidittoman kohdan, mikä johtaa sokerifragmentin muuttumiseen pieneksi taskuksi, joka ei muodosta Watson-Crick-emäsparia [10] .

Katso myös

• Faagi T4
• Nukleotidileikkauksen korjaus
• AP-sivusto

Muistiinpanot

1. ↑ 1 2 “Rakenteellinen ja toiminnallinen homologia nisäkkään DNaasi IV:n ja Escherichia colin DNA-polymeraasi I:n 5'-nukleaasidomeenin välillä”. The Journal of Biological Chemistry . 269 ​​(46): 28535-8. marraskuuta 1994. doi : 10.1016/ s0021-9258 (19)61935-6 . PMID  7961795 .
2. ↑ "E. colin endonukleaasi II. I. Eristäminen ja puhdistus”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America . 62 (3): 934-40. Maaliskuu 1969. Bibcode : 1969PNAS...62..934F . DOI : 10.1073/pnas.62.3.934 . PMID  4895219 .
3. ↑ "Escherichia colin endonukleaasi II. Osittain depurinoidun deoksiribonukleiinihapon hajoaminen". biokemia . 10 (26): 4986-93. joulukuuta 1971. doi : 10.1021/ bi00802a024 . PMID 4944066 . 
4. ↑ Deoksiribonukleiinihapon entsymaattinen hajoaminen. I. Endonukleaasi II:n puhdistus ja ominaisuudet T4-faagi-infektoituneesta Escherichia colista". The Journal of Biological Chemistry . 244 (22): 6182-91. marraskuuta 1969. DOI : 10.1016/S0021-9258(18)63523-9 . PMID  4310836 .
5. ↑ "Escherichia colin endonukleaasi II. II. Entsyymiominaisuudet ja tutkimukset alkyloidun ja natiivin deoksiribonukleiinihapon hajoamisesta. The Journal of Biological Chemistry . 244 (21): 5879-89. marraskuuta 1969. DOI : 10.1016/S0021-9258(18)63556-2 . PMID  4981786 .
6. ↑ Kerins, Sinéad M. (tammikuu 2003). "Endonukleaasi IV:n 3'-5'-eksonukleaasiaktiivisuuden karakterisointi" . Journal of Biological Chemistry . 278 (5): 3048-3054. doi : 10.1074/ jbc.m210750200 . ISSN 0021-9258 . 
7. ↑ Hirano, N. (2007-11-29). "T4-endonukleaasi IV:n Ser176 on ratkaisevan tärkeä yksijuosteisen DNA:n rajoitetulle ja polarisoidulle dC-spesifiselle katkaisulle, joka liittyy dC:tä sisältävän DNA:n restriktioon isäntä Escherichia colissa." Nukleiinihappotutkimus . 35 (20): 6692-6700. doi : 10.1093/nar/ gkm722 . ISSN 0305-1048 . PMID 17913749 .  
8. ↑ "Deoksiribonukleaasi IV: uusi eksonukleaasi nisäkäskudoksista". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America . 62 (2): 597-603. Helmikuu 1969. Bibcode : 1969PNAS...62..597L . DOI : 10.1073/pnas.62.2.597 . PMID  5256235 .
9. ↑ Nukleaasien molekyylibiologia: [] . - 1995. - ISBN 978-0-8493-7658-0 .
10. ↑ 1 2 "DNA-korjauksen, lisensoinnin ja uskollisuuden kärjet: DNA- ja RNA-korjausnukleaasit muokkaavat DNA:ta mittaamaan kahdesti, leikkaamaan kerran". DNA korjaus _ ]. 19 :95-107. 01.07.2014. DOI : 10.1016/j.dnarep.2014.03.022 . ISSN 1568-7864 . PMID 24754999 .  
11. ↑ "Toinen reitti ihmisen DNA-emäksen poisto-korjauksen loppuunsaattamiseksi: uudelleenmuodostaminen eliminoitujen proteiinien kanssa ja DNaasi IV:n (FEN1) tarve". EMBO-lehti . 16 (11): 3341-8. Kesäkuu 1997. doi : 10.1093/emboj/ 16.11.3341 . PMID 9214649 . 

Linkit

• MeSH -deoksiriboendonukleaasi+IV