Coomassie

Kokeneet kirjoittajat eivät ole vielä tarkistaneet sivun nykyistä versiota, ja se voi poiketa merkittävästi 30. elokuuta 2016 tarkistetusta versiosta . tarkastukset vaativat 14 muokkausta .
Coomassie Brilliant Blue
Kenraali
Perinteiset nimet CI 42660, CI Acid Blue 83
Brilliant indosyanine 6B, Brillantindocyanin 6B
Briljantti syaniini 6B, Serva Blue R
Chem. kaava C 45 H 44 N 3 NaO 7 S 2 (natriumsuola)
Fyysiset ominaisuudet
Moolimassa 825,97 g/ mol
Kemiallisia ominaisuuksia
Liukoisuus
 • vedessä liukenematon kylmään veteen, liukenee hieman kuumaan veteen, liukenee etanoliin
Luokitus
Reg. CAS-numero 6104-59-2
PubChem 61365
Reg. EINECS-numero 228-060-5
Hymyilee   [ http://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=CCN%28CC1%3DCC%28%3DCC%3DC1%29S%28%3DO%29%28%3DO%29%5BO-%5D% 29C2%3DCC%3DC%28C%3DC2%29C%28%3DC3C%3DCC%28%3D%5BN%2B%5D%28CC%29CC4%3DCC%28%3D%0ACC%3DC4%29S%28%3DO%29% 28%3DO%29%5BO-%5D%29C%3DC3%29C5%3DCC%3DC%28C%3DC5%29NC6%3DCC%3DC%28C%3DC6%29OCC.%5BNa%2B%5D CCN(CC1=CC(=) CC=C1)S(=O)(=O)[O-])C2=CC=C(C=C2)C(=C3C=CC(=[N+](CC)CC4=CC(= CC=C4) )S(=O)(=O)[O-])C=C3)C5=CC=C(C=C5)NC6=CC=C(C=C6)OCC.[Na+]]
InChI   InChI = 1S/C45H45N3O7S2.Na/c1-4-47(31-33-9-7-11-43(29-33)56(49.50)51)40-23-15-36(16-24-40) 45(35-13-19-38(20-14-35)46-39-21-27-42(28-22-39)55-6-3)37-17-25-41(26-18- 37)48(5-2)32-34-10-8-12-44(30-34)57(52.53)54;/h7-30H,4-6.31-32H2,1-3H3,(H2,49, 50,51,52,53,54);/q;+1/p-1NKLPQNGYXWVELD-UHFFFAOYSA-M
ChemSpider 55296
Turvallisuus
Lyhyt hahmo. vaara (H) H201 , H202 , H235+H410
varotoimenpiteitä. (P) P201
GHS-piktogrammit CGS-järjestelmän kuvake "Kaasupullo".CGS-järjestelmän piktogrammi "Räjähtävä pommi".
NFPA 704 NFPA 704 nelivärinen timantti 0 0 0
Tiedot perustuvat standardiolosuhteisiin (25 °C, 100 kPa), ellei toisin mainita.
 Mediatiedostot Wikimedia Commonsissa

Coomassie Brilliant Blue on nimi kahdelle läheisesti liittyvälle trifenyylimetaaniväriaineelle, jotka on kehitetty tekstiiliteollisuudelle, mutta joita käytetään nykyään laajalti analyyttisessä biokemiassa proteiinien värjäämiseen. Coomassie Brilliant Blue G-250 eroaa R-250:stä sillä, että siinä on kaksi metyyliryhmää. Nimi "Coomassie" on Imperial Chemical Industriesin rekisteröity tavaramerkki .

Nimi ja löydön historia

Coomassie-nimi rekisteröitiin 1800-luvun lopulla Blackley Companyn villavärien tavaramerkiksi. [1] Vuonna 1896, neljännen Anglo-Ashanti-sodan aikana , brittijoukot miehittivät Coomassien kaupungin (nykyisin Kumasi Ghanassa ) . Vuonna 1918 Coomassie-tavaramerkin omistajasta Levinstein Ltd:stä tuli osa British Dyestuffsia, jonka Imperial Chemical Industries otti vuonna 1926. [2] Imperial Chemical Industries ei tällä hetkellä tuota väriaineita, mutta on edelleen Coomassie-tavaramerkin omistaja.

Trifenyylimetaanin rikkijohdannaisiin perustuvia sinisiä väriaineita hankki ensimmäisen kerran vuonna 1913 Max Weiler, joka työskenteli Wuppertalin kaupungissa (Saksa). [3] [4] [5] [6]

Biokemiallisten lehtien artikkelit eivät usein täsmennä tarkasti, mitä "Coomassie"-väriä käytettiin. en:Color Index Internationalin väriluettelo sisältää yli 40 väriainetta, joiden nimessä on termi "Coomassie". Merck Index (10. painos) Coomassie Blue RL (Acid Blue 92, CI 13390) on rakenteeltaan täysin erilainen.

Värin väri

Väriaineen Coomassie Brilliant Blue R-250 nimessä oleva jälkiliite "R" on lyhenne sanasta Red (punainen), koska väriaineen sinisellä värillä on hieman punertava sävy. "G"-liitteellä varustetussa väriaineversiossa on hieman vihertävä sävy. Numerot "250" merkitsivät väriaineen puhtautta.

Väriaineiden väri riippuu väliaineen happamuudesta. Väriainetta "G" on tutkittu yksityiskohtaisesti. [7] Kun pH on alle 0, väriaine on väriltään punainen ja absorptiomaksimi 470 nm:n pituudella. pH:ssa noin 1 väriaine on vihreä ja absorptiomaksimi on 620 nm. pH 2:n yläpuolella väriaine on kirkkaansininen, jonka absorptiomaksimi on 595. pH:ssa 7 väriaineen molaarinen ekstinktiokerroin on 43 000 M −1 cm −1 . [7]

Muutos liuoksen värissä vastaa muutosta väriainemolekyylin varauksessa. Punaisessa muodossa kolme typpiatomia ovat positiivisesti varautuneita. Kahdella rikkihappojäännöksellä on erittäin alhainen pKa ja siksi ne ovat yleensä negatiivisesti varautuneita, joten lähellä nollaa olevassa pH:ssa väriaine on kationi, jonka nettovaraus on +1. Vihreä väri vastaa varauksetonta molekyyliä. pH:ssa 7 vain difenyyliamiinin typpiatomilla on positiivinen varaus, joten molekyyli kokonaisuudessaan on anioni, jonka kokonaisvaraus on −1. Kahden protonin menettämiseen vaadittavat pKa-arvot ovat 1,15 ja 1,82. Viimeinen protoni irtoaa alkalisessa väliaineessa ja molekyyli saa vaaleanpunaisen värin ( pKa 12,4 ). [7]

Väriaineet muodostavat kompleksin anionisten pesuaineiden, kuten natriumlauryylisulfaatin, kanssa . [8] Tällaisen kompleksin muodostuminen stabiloi väriaineen neutraalin muodon vihreää väriä. Tämä vaikutus voi vaikuttaa pitoisuuden määritykseen Bradfordin menetelmällä . On todennäköistä, että anioniset pesuaineet kilpailevat väriaineen kanssa proteiinien sitoutumisesta.

Käyttö biokemiassa

Coomassie Brilliant Blue R-250:tä käytettiin proteiinien värjäämiseen vuonna 1964 [9] . Proteiininäytteet erotettiin elektroforeesilla selluloosa-asetaattilevyllä . Levy asetettiin sulfosalisyylihappoon proteiinien kiinnittämiseksi ja siirrettiin sitten väriaineliuokseen.

Vuonna 1965 Coomassie Brilliant Blue R-250:tä käytettiin proteiinien värjäämiseen polyakryyliamidigeelielektroforeettisen erotuksen jälkeen [10] . Geeli laitettiin väriaineliuokseen, joka sisälsi metanolia, etikkahappoa ja vettä. Proteiinivärjäyksen jälkeen polyakryyliamidigeeli (PAAG) oli pestävä elektroforeettisesti. Lisäksi osoitettiin, että geeli voidaan pestä etikkahappoliuoksella.

Väriainetta "G" käytettiin ensimmäisen kerran proteiinien visualisoimiseen polyakryyliamidigeelissä vuonna 1967 , kun väriaine liuotettiin etikkahappoliuokseen metanolin kanssa [11] .

Myöhemmin osoitettiin, että proteiinijuovia voidaan värjätä ilman kolloidista väriainetta "G", trikloorietikkahappoliuoksessa ilman metanolia. Tämän protokollan käyttö ei vaadi geelin pesua [12] .

Nykyaikaiset protokollat ​​käyttävät väriaineen "G" kolloidista muotoa liuoksessa, joka sisältää fosforihappoa, etanolia (tai metanolia) ja ammoniumsulfaattia [13] [14] [15] [16] .

Bradfordin menetelmä käyttää Coomassie Brilliant Blue G-250:n spektriominaisuuksia liuoksessa olevan proteiinin määrän määrittämiseen [17] . Tätä varten proteiininäytteeseen lisätään väriaineliuosta fosforihapossa ja etanolissa. Happamissa olosuhteissa väriaine on ruskea, mutta proteiiniin sitoutuneena se muuttuu siniseksi. Liuoksen optinen absorptio mitataan aallonpituudella 595 nm.

Proteiinin sitoutuminen negatiivisesti varautuneeseen Coomassie Brilliant Blue G-250:een antaa proteiiniin negatiivisen varauksen, jota voidaan käyttää proteiiniseosten erottamiseen PAAG :ssa ei-denaturoivissa olosuhteissa Blue Native PAGE -menetelmällä [18] [19] .

Kompleksin liikkuvuus polyakryyliamidigeelissä riippuu proteiinin koosta, proteiinikompleksista ja proteiiniin sitoutuneen väriaineen määrästä.

Katso myös

Muistiinpanot

  1. ↑ Fox, MR Dye-makers of Great Britain 1856-1976: A History of Chemists, Companies, Products and  Changes . - Manchester: Imperial Chemical Industries, 1987. - s. 38.
  2. ↑ Fox, MR Dye-makers of Great Britain 1856-1976: A History of Chemists, Companies, Products and  Changes . - Manchester: Imperial Chemical Industries, 1987. - s. 259.
  3. ↑ Väriindeksi  (epämääräinen) . – 3. - Bradford: Society of Dyers and Colourists, 1971. - V. 4. - S. 4397-4398. Arkistoitu kopio (linkki ei saatavilla) . Käyttöpäivä: 27. toukokuuta 2013. Arkistoitu alkuperäisestä 19. heinäkuuta 2011. 
  4. ↑ , "Procédé de production de colorants de la série du triarylméthane", FR-patentti 474260 , myönnetty 1915-02-16
  5. ↑ Weiler, Max, "Blue Triphenylmethane Dye", US-patentti 1218232 , myönnetty 1917-03-06
  6. ↑ , "Triaryylimetaaniväriaineiden valmistus", GB-patentti 275609, myönnetty 1927-11-03
  7. ↑ 1 2 3 Chial, HJ; Thompson, HB; Splittgerber, AG Spektritutkimus Coomassie Blue G:n  varausmuodoista //  Analyyttinen biokemia : päiväkirja. - 1993. - Voi. 209 , no. 2 . - s. 258-266 . - doi : 10.1006/abio.1993.1117 . — PMID 7682385 .
  8. ↑ Compton, SJ; Jones, CG Väriainevasteen mekanismi ja häiriöt Bradfordin proteiinimäärityksessä   // Analytical Biochemistry : päiväkirja. - 1985. - Voi. 151 , no. 2 . - s. 369-374 . - doi : 10.1016/0003-2697(85)90190-3 . — PMID 4096375 .
  9. ↑ Fazekas de St. Groth, S.; Webster, R.G.; Datyner, A. Kaksi uutta värjäysmenetelmää proteiinien kvantitatiiviseen arviointiin elektroforeettisilla liuskoilla   // Biochimica et Biophysica Acta : päiväkirja. - 1963. - Voi. 71 . - s. 377-391 . - doi : 10.1016/0006-3002(63)91092-8 . — PMID 18421828 .
  10. ↑ Meyer, T.S.; B. B.  B. B. B. R.  250 : päiväkirja. - 1965. - Voi. 107 , nro. 1 . - s. 144-145 . - doi : 10.1016/0304-4165(65)90403-4 . — PMID 4159310 .
  11. ↑ Altschul, A.M.; Evans, WJ Zone elektroforeesi polyakryyliamidigeelillä  (englanti)  // Methods in Enzymology  : Journal. - 1967. - Voi. 11 . - s. 179-186 . - doi : 10.1016/S0076-6879(67)11019-7 . . Page 184 henkilökohtainen viestintä WJ Saphonovilta.
  12. ↑ Dizel, W.; Kopperschlager, G.; Hofmann, E. Parannettu menetelmä proteiinien värjäykseen polyakryyliamidigeeleissä uudentyyppisellä Coomassie Brilliant Bluella  //  Analyyttinen biokemia : päiväkirja. - 1972. - Voi. 48 , no. 2 . - s. 617-620 . - doi : 10.1016/0003-2697(72)90117-0 . — PMID 4115985 .
  13. ↑ Neuhoff, V.; Stamm, R.; Eibl, H. Kirkas tausta ja erittäin herkkä proteiinivärjäys Coomassie Blue -väreillä polyakryyliamidigeeleissä: systemaattinen analyysi  //  Electrophoresis : Journal. - 1985. - Voi. 6 , ei. 9 . - s. 427-448 . - doi : 10.1002/elps.1150060905 .
  14. ↑ Candiano, G.; Bruschi, M.; Musante, L.; Santucci, L.; Ghiggeri, G.M.; Carnemolla, B.; Orecchia, P.; Zardi, L.; Righetti, PG Sininen hopea: erittäin herkkä kolloidinen Coomassie G-250 -värjäys proteomianalyysiä varten  //  Electrophoresis : Journal. - 2004. - Voi. 25 , ei. 9 . - s. 1327-1333 . - doi : 10.1002/elps.200305844 . — PMID 15174055 .
  15. ↑ Steinberg, T. H. Proteiinigeelivärjäysmenetelmät: johdanto ja yleiskatsaus  // Methods in Enzymology  : Journal  . - 2009. - Vol. 463 . - s. 541-563 . - doi : 10.1016/S0076-6879(09)63031-7 . — PMID 19892191 .
  16. ↑ Pinkki, M.; Verma, N.; Rettenmeier, A.W.; Schmitz-Spanke, S. CBB-värjäysprotokolla korkeammalla herkkyydellä ja massaspektrometrisellä yhteensopivuudella  //  Electrophoresis : Journal. - 2010. - Vol. 31 , ei. 4 . - s. 593-598 . - doi : 10.1002/elps.200900481 . — PMID 20162584 .
  17. ↑ Bradford, MMja herkkä menetelmä proteiinien  mikromäärille . : päiväkirja. - 1976. - Voi. 72 . - s. 248-254 . - doi : 10.1016/0003-2697(76)90527-3 . — PMID 942051 .
  18. ↑ Schägger, H.; Jagow, G. Blue native elektroforeesi kalvoproteiinikompleksien eristämiseksi entsymaattisesti aktiivisessa muodossa  //  Analytical Biochemistry : päiväkirja. - 1991. - Voi. 199 , nro. 2 . - s. 223-231 . - doi : 10.1016/0003-2697(91)90094-A . — PMID 1812789 .
  19. ↑ Wittig, I.; Braun, HP; Schägger, H. Blue native SIVU   // Nature Protocols : päiväkirja. - 2006. - Voi. 1 , ei. 1 . - s. 418-428 . - doi : 10.1038/nprot.2006.62 . — PMID 17406264 .

Kirjallisuus

Protokollat