Etiopian terveydenhuoltojärjestelmä on uudistuksista ja innovaatioista huolimatta yksi maailman huonoimmista. Koko 1990-luvun hallitus jatkoi aktiivisesti Etiopian sosiaalisen muutosohjelman ohjelmaa , jonka aikana sosiaali- ja terveysalan rahoitusta lisättiin. Kouluja on parannettu, väestön lukutaitoa on lisätty ja lapsikuolleisuutta on vähennetty. Eritrean kanssa käydyn sodan aikana vuosina 1998-2000 rahoitus kuitenkin käytännössä katosi. Vuosina 2000-2001 terveydenhuollon budjettimenot olivat 144 miljoonaa dollaria; Lääkemenot asukasta kohden olivat siis noin 4,5 dollaria, vaikka Saharan eteläpuolisten maiden keskiarvo on vähintään 10. Vuonna 2000 sairaalasänkyä kohden oli 4 900 asukasta. 1 lääkäri palveli keskimäärin 48 000 asukasta, yksi sairaanhoitaja - 12 000 asukasta. Nämä luvut ovat kuitenkin hieman parantuneet tähän mennessä. .
Marraskuussa 2004 hallitus käynnisti viisivuotisen perusterveydenhuollon ohjelman. Tammikuussa 2005 antiretroviraalisten lääkkeiden jakelu alkoi.
YK raportoi, että vuoden 2003 lopussa noin 4,4 % aikuisväestöstä oli HIV- tai AIDS -tartunnan saaneita . Etiopian terveysministeriön mukaan kolmasosa nuorten kuolemista johtuu AIDSista . .
Tilastojen mukaan joka kolmas Etiopian asukas sairastaa tulirokkoa, mutta terveydenhuolto ei pysty tarjoamaan hänelle asianmukaista lääketieteellistä hoitoa ja tukea. .
Aliravitsemus on toinen suuri ongelma. Etiopian maihin kohdistuvan kasvavan väestörakenteen paineen sekä maaperän huonontumisen vuoksi ruoantuotanto henkeä kohti laskee jatkuvasti. YK : n mukaan Etiopia kärsii tällä hetkellä niin paljon elintarvikepulasta, että jopa kaikkein tuottavimpina vuosina vähintään 5 % Etiopian väestöstä tarvitsee humanitaarista apua . .