Mikrokokkinukleaasi on entsyymi , jonka pääominaisuus on kyky rikkoa nukleiinihappojen, erityisesti DNA :n, primäärirakenne nukleosomien välisillä alueilla .
Toisin sanoen mikrokokin nukleaasi erottaa nukleosomit toisistaan tuhoten niitä yhdistävän DNA-alueen, mutta ei vaikuta suoraan histoniproteiineihin liittyvään DNA-alueeseen .
Mikrokokkinukleaasivalmisteita käytetään molekyylibiologiassa kromosomaalisten DNA-molekyylien tutkimiseen.