Maanalainen joki on joki (vesivirta), joka virtaa luolissa, suurissa halkeamissa ja muissa maanalaisissa onteloissa, useimmiten karstikivissä . Yksi suurimmista tunnetuista maanalaisista joista on Puerto Princesa . Joskus maanalaisiin jokiin kuuluu Hamzan maanalainen virtaus [1] .
Monet maanalaiset joet virtaavat vain osittain maan alla, nousevat paikoin pintaan ja taas piiloutuvat maan alle.
Katso Hadesin maanalaiset joet kreikkalaisessa mytologiassa - Styx , Lethe , Acheron , Kokytos ja Phlegeton .
Maanalainen joki on kuvattu Jules Vernen romaanissa Matka maan keskipisteeseen .