Proteiinien alaryhmä on proteiiniluokituksen alin taso . SCOP -proteiinien rakenteellisessa luokituksessa termi proteiiniperhe tarkoittaa, että kaikki perheen jäsenet ovat evoluutionaalisesti sukua (heillä on yhteinen esi-isä), joilla on korkea aste paitsi rakenteellinen homologia myös aminohapposekvenssien homologia ja korkea aste. toiminnallisesta samankaltaisuudesta. Proteiinien alaryhmän määritelmä asettaa vielä tiukemmat rajoitukset: vaaditaan, että alaryhmän jäsenillä on samat vuorovaikutuskohdat (muiden proteiinien kanssa, ligandien kanssa reseptorin tapauksessa , substraattien kanssa entsyymin tapauksessa ) ja samat kumppanit tällaisille vuorovaikutuksille sekä samanlaiset vuorovaikutuksen kineettiset parametrit.