Autoantigeenit ovat korkeampien eläinten soluissa, elimissä ja kudoksissa olevia ainemolekyylejä, jotka tunnistetaan tietyissä olosuhteissa vieraiksi.
Näitä ovat proteiinit, joiden synteesi alkaa immuunijärjestelmän kypsymisen jälkeen (esimerkiksi ne, jotka ovat osa siittiöitä, äidinmaitoa) [1] , immuunijärjestelmästä histohemaattisen esteen avulla erotettujen elinten makromolekyylit. Näitä ovat hemato- enkefaaliset, hematoliuos, hemato-kives- , hemato-glomerulaariset , hemato-verkkokalvo- , hemato-oftalmiset, hemato-kateenkorvat .
Näiden esteiden läpäisevyyden rikkominen tai muut häiriöt, joissa immuunijärjestelmä havaitsee normaalit proteiinit vieraiksi. Tämän seurauksena autoimmuunireaktion kehittyminen alkaa. Ne voivat johtaa monien erilaisten autoimmuunisairauksien kehittymiseen . Näitä ovat erityisesti multippeliskleroosi , autoimmuuninen kilpirauhastulehdus jne.