Wakhan on puoliksi itsenäinen ruhtinaskunta Pamirissa , joka oli olemassa vuoteen 1889 asti.
Wakhanin ruhtinaskunnan historia juontaa juurensa Kushan-dynastian (50 eKr. - 225 jKr.) muinaisiin ajoiin, jolloin Pamir hallitsi puoliitsenäisten paikallisten ruhtinaiden kautta. Ja tulevaisuudessa Wakhan pystyi säilyttämään tietyn itsenäisyyden sassanidien (224-651), heftaliittien ( 440-670 ) , turkkilaisen khaganaatin (551-744), Tiibetin (618-842) ja kiinalaisten suojeluksessa. Tang-dynastia (861-907), Samanidit (819-999) ja sitten Keski-Aasian turkkilais-mongolialainen dynastia.
1750-luvun loppuun mennessä Kiinan Qing -armeija valloitti Wakhanin, mutta lyhyen konfliktin jälkeen Kokandin khaanikunnan kanssa siirsi alueen hallinnan tälle Khanatelle, joka vuoteen 1830 mennessä verotti paikallista väestöä.
Ruhtinaskunnan perinnöllinen hallitsija Mir asui Kalai-Pyanjin ("Pyanjin linna") tai yksinkertaisesti Pyanzhin kylässä, joka sijaitsee Pyanj-joen vasemmalla rannalla . Mirit olivat wakhaneja , ismaileita . He hallitsivat neljää Wakhanin piiriä, joita kutsuttiin sadadaksi (käännettynä "sadaksi" asuvien perheiden lukumäärän mukaan): Sada-i Pyanja (Spinj tai Spanishj), Sada-i Khandud, Sada-i Ishtrakh (Ishtrag) ja Sada-i Sarkhad (tai Sarig Chupan ja Pamir).
Yksi Wakhanin pisimpään hallinneista maailmoista 1800-luvulla oli Fath Ali Shah. Aluksi häntä holhosivat Badakhshanin hallitsijat Mirza Kalan, Yari Bek ja Sulaiman Shah. Mutta Fath Ali Shah ei pystynyt korjaamaan suhteita Zamanuddiniin, Mirza Kalanin, joka tunnetaan myös nimellä Mir Shah, poika, joka korvasi Fath Alin Wakhanin kärjessä vävyllään Shah Mir Bekillä, joka osoittautui despoottinen hallitsija, joka myi monia wakhaneja orjuuteen Wakhanin ulkopuolella. Hänet kuitenkin syrjäytti pian Badakhshanin uusi maailma, Jahandar Shah (tunnetaan myös nimellä Ghulam), joka nousi valtaistuimelle vuonna 1864. Jahandar Shah lähetti Fath Ali Shahille kirjeen, jossa hän kehotti häntä palaamaan Wakhaniin, ja Fath Ali Shah syrjäytti tovereittensa avulla Shah Mirin Wakhanista.
Vuonna 1865 Jahandar Shah määräsi Faz Ali Shahin auttamaan Yaqub Begia hänen taistelussaan kiinalaisia vastaan, ja Fath Ali Shahin johtama Wakhan-armeija osallistui Kashgarin saartoon .
Vuonna 1869 hänen puolisetänsä Mahmud Shah, Balkhin hallitsija, syrjäytti Jahandar Shahin . Mahmud Shahin hallituskauden aikana Badakhshanissa Fath Ali Shah kunnioitti tätä afganistanilaista Balkhin ja Badakhshanin hallitsijaa. Vuonna 1873 Faizabad vieraili Fayzabadissa osoittaakseen kunnioitusta Afganistanin apulaiskuvernöörille Hafizullah Khanille, ja ensimmäistä kertaa kunnianosoitus ei sisältänyt orjia (orjat olivat eräänlainen kunnianosoitus köyhien vuoristoalueiden hallitsijoille).
Fath Ali Shah kuoli vuonna 1875, ja hänen poikansa Ali Mardan Shahista tuli Wakhanin hallitsija.
Vuonna 1880 Afganistanin emiiri Abdur-Rahman antoi asetuksen Wakhanin ruhtinaskunnan lakkauttamisesta.
Vuonna 1883 Dmitri Putyatan venäläinen retkikunta vieraili Wakhanissa . Kun afgaanit saivat tietää tästä, he hyökkäsivät Wakhaniin ja Ali Mardan Shah pakotettiin pakenemaan.
Vuosina 1888-89 Badakhshanissa tapahtui sarja kapinoita uutta Afganistanin hallintoa vastaan, afgaanit pakenivat ja Ali Mardan Shahista tuli jälleen Wakhanin hallitsija. Mutta Ali Mardanin valtaistuimen haastoi pian Ishtrag Sadan (yksi Wakhanin alueista) Ashur Khan Vahin hakim, joka teki yhteistyötä afgaanien kanssa. Hän karkotti Ali Mardanin uudelleen ja pakotti hänet pakenemaan Chitraliin . Ali Mardanista tuli Ishkoman -laakson kuvernööri , jonne monet wakhilaiset pakenivat.
Ionovin joukon Pamir-retkien jälkeen vuosina 1891-1894 solmittiin englantilais-venäläinen sopimus vuodelta 1895 , joka jakoi Wakhanin Afganistanin ja Bukharan emiraatin kesken .