Tsymografia

Tsymografia on SDS-PAGE  :hen perustuva elektroforeettinen tekniikka, joka sisältää substraatin kopolymeroinnin polyakryyliamidigeelin kanssa entsymaattisen aktiivisuuden havaitsemiseksi . Näytteet valmistetaan standardissa SDS-PAGE- puskurissa, mutta ilman keittämistä ja ilman pelkistysainetta. Elektroforeesin jälkeen SDS poistetaan geelistä (tai tsymogrammista ) vanhentamalla puskuroimattomassa Triton X-100 :ssasen jälkeen altistaminen sopivalle digestiopuskurille optimaalisen ajan 37 °C:ssa. Seuraavaksi tsymogrammi värjätään (yleensä Amide Black ja Coomassie Brilliant Blue), ja kun entsyymi on pilkkonut substraatin, pilkkoutumisalueet näkyvät erillisinä juovina tummaa taustaa vasten. Nämä protokollat ​​vaativat kuitenkin vahvoja parannuksia. Esimerkiksi D. melanogasterin ruoansulatusglykosidaasi säilyy alentuneissa olosuhteissa (eli 2-merkaptoetanolin tai DTT:n läsnä ollessa) ja tilavuuskuumennuksessa.

Itse asiassa erottaminen edelleen kuumennuksella 50 °C:seen johtaa selvästi vyöhykkeiden resoluution kasvuun ilman merkittävää aktiivisuuden menetystä.

Gelatiini on yleisimmin käytetty substraatti, ja se voi olla hyödyllinen gelatiinia hajottavien proteaasien aktiivisuuden osoittamisessa, mutta tsymografiaa voidaan soveltaa monenlaisiin entsyymeihin, mukaan lukien ksylanaasit, proteaasit, lipaasit, kitinaasit jne.

Aiemmin alfa-amylaasiaktiivisuuksien tsymografiaan käytettyä yleistä protokollaa on kutsuttu WW Doane -ohutärkkelyskerrosprotokollaksi. Tämän protokollan mukaisesti ajettiin ensimmäinen PAGE-geeli homogenaatin proteiinien erottamiseksi. Sen jälkeen ohut geeli, johon oli liuotettu tärkkelystä (tai tarkemmin sanottuna suspendoitunut), peitettiin päälle alkuperäisellä geelillä hetkeksi. Tärkkelys värjättiin Lugolin liuoksella.

Käänteinen tsymografia kopolymeroi sekä substraatin että entsyymin akryyliamidin kanssa ja tämä on hyödyllistä entsyymi-inhibiittoriaktiivisuuden osoittamisessa . Seuraavassa värjäyksessä estokohdat näkyvät tummina täplinä kirkkaalla (tai vaalealla) taustalla.

Linkit

  1. Hempelmann, E., Putfarken, B., Rangachari, K., Wilson, RJM Immunoprecipitation of malaria acid endopeptidase  (neopr.)  // Parasitology. - 1986. - T. 92 . - S. 305-312 . — PMID 3520446 .