Biologiassa protomeeri on oligomeeristen proteiinien rakenneyksikkö. Se on pienin yksikkö, joka koostuu vähintään kahdesta erilaisesta proteiiniketjusta, jotka muodostavat suuremman heterooligomeerin yhdistämällä kaksi tai useampia kopiota tästä yksiköstä. Termin otti käyttöön Chetverin [1] tehdäkseen yksiselitteisen nimikkeistön entsyymin Na/K-At Phase . Tämä entsyymi koostuu kahdesta alayksiköstä, suuresta katalyyttisestä α-alayksiköstä ja pienemmästä glykoproteiinin β-alayksiköstä (sekä proteolipidistä , jota kutsutaan γ-alayksiköksi). Sitten ei ollut selvää, kuinka ne ovat vuorovaikutuksessa keskenään ja missä järjestyksessä ne sijaitsevat. Lisäksi, kun ihmiset puhuivat dimeeristä, tarkoittivatko he arvoa αβ vai (αβ) 2 ? Chetverin ehdotti kutsuvan αβ:ta protomeeriksi ja (αβ) 2:ta diprotomeeriksi.
Protomeerit on yleensä järjestetty sykliseen symmetriaan muodostamaan suljetun ryhmän symmetria
Hemoglobiini on heterotetrameeri, joka koostuu neljästä alayksiköstä (kahdesta α:sta ja kahdesta β:sta). Hemoglobiinia kuvataan kuitenkin rakenteellisesti ja toiminnallisesti paremmin nimellä (αβ) 2 , joten sitä voidaan kutsua kahden αβ-protomeerin dimeeriksi eli diprotomeeriksi.
Aspartaatti-karbamoyylitransferaasi koostuu α 6 β 6 -alayksiköstä . Kuusi αβ-protomeeriä on järjestetty D3-symmetriaan.