Fakultatiivinen symbioosi ( protokooperaatio ) on symbioosin muoto, jossa rinnakkaiselo on molempia osapuolia hyödyttävää, mutta toisin kuin pakollinen symbioosi (jossa organismien rinnakkaiselo on elintärkeää kaikille) on valinnainen, eli jokainen organismi ilman kumppania voi elää itsenäisesti.
Tällaiset suhteet ovat melko yleisiä ja niillä on tärkeä rooli luonnossa.
Tietyt coelenteraattityypit kiinnittyvät rapuihin, ne syövät ravinnon jäännöksiä, käyttävät sitä liikkumiseen ja peittävät sen keskenään ja suojaavat sitä petoeläimiltä.
Puhtaammat kalat ( haireet , gobit , riuttaahvenet , perhoskalat jne.) vapauttavat suuret kalat ulkoisista loisista.
Jotkut muurahaislajit ruokkivat kirvojen eritteitä ja suojaavat niitä samalla linnuilta.
Jotkut linnut poimivat loisia sarvikuonon poimuista ja varoittavat niitä vaarasta huutaen.
Mehiläiset pölyttävät kasveja ruokkiessaan nektaria .