Jesuiittakirkko on yksi Vallettan vanhimmista kirkoista sekä yksi paikallisen hiippakunnan suurimmista. Kirkon alueella on itse temppelin lisäksi myös korkeakoulu. Pyhä Ignatius de Loyola , jesuiittaritarikunnan perustaja , päätti perustaa korkeakoulun Maltalle jo vuonna 1553 , mutta hänen ilmestymisensä toteutui vasta vuonna 1592 , kun paavi Klemens VIII antoi asianmukaiset ohjeet. 4. syyskuuta 1595, Hospitallers -ritarikunnan suurmestari Martin Garzezlaski sille peruskiven. Jesuiittaopisto oli alun perin kirkollinen, ei tieteellinen, ja siellä koulutettiin pappeusehdokkaita.
Syyskuussa 1634 kirkon alueella tapahtui suuri räjähdys, joka aiheutti vakavia vahinkoja sekä temppelille että korkeakoululle. Sotainsinööri ja Hospitallers - ritarikunnan arkkitehti Francesco Buonamici Luccasta otti uuden kirkon jälleenrakentamisen hoitaakseen . Kirkko oli ensimmäinen rakennus Maltalla , jonka rakentamista valvoi tuolloin maailmanlaajuisesti tunnettu arkkitehti. Kirkon julkisivu on tehty barokkityyliin , sisustus on dorialaista .
Jesuiitat johtivat yliopistoa vuoteen 1798 saakka , jolloin suurmestari Manuel Pinto da Fronseca joutui jättämään saaren Ranskan miehityksen vuoksi. Vuosien mittaan korkeakoulu aloitti toimintansa uudelleen ja tuli tunnetuksi Maltan yliopistona.