Eksonukleaasit ovat proteiineja nukleaasiryhmästä , joka katkaisee terminaalisia mononukleotideja polynukleotidiketjusta hydrolysoimalla fosfodiesterisidoksia nukleotidien välillä.
Riippuen kyvystä hydrolysoida sidoksia polynukleotidiketjun 3'- ja 5'-päissä, erotetaan 3'- ja 5'-eksonukleaasit. Eksonukleaaseja löytyy soluista sekä erikseen että osana entsymaattisia komplekseja. Esimerkiksi DNA-polymeraasi I sisältää 5'-eksonukleaasin, joka katkaisee RNA-alukkeen , joka on kiinnittynyt suoraan kohtaan, jossa DNA-synteesi tapahtuu. Sen jälkeen DNA-polymeraasi I alkaa lisätä nukleotideja irronneen alukkeen paikalle. Arkebakteereissa ja eukaryooteissa yksi RNA :n hajoamisen pääreiteistä on proteiinikompleksi, joka koostuu pääasiassa 3'- ja 5'-eksoribonukleaaseista.