| PHYLIP | |
|---|---|
| Tyyppi | bioinformatiikka |
| Tekijä | Felsenstein, Joseph |
| Kehittäjä | J. Felsenstein |
| Sisään kirjoitettu | HTML [2] |
| Käyttöjärjestelmä | Apple Macintosh , Microsoft Windows |
| Ensimmäinen painos | 1980 [1] |
| uusin versio | 3,697 (02.11.2014) |
| Lisenssi | julkista |
| Verkkosivusto | evolution.genetics.washington.edu/… |
PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) on ohjelmisto fylogeneettisten puiden rakentamiseen. Paketti koostuu 35 ohjelmasta, joissa ei ole graafista käyttöliittymää. Saapuvat tiedot ovat patentoidussa PHYLIP-muodossa. Puun sisältävä outtree-tiedosto on yleisessä Newick-muodossa.
Syyskuusta 1980 lähtien, jolloin ohjelma julkaistiin ensimmäisen kerran, sillä on yli 28 000 virallisesti rekisteröityä käyttäjää.
On olemassa useita ohjelmistotuotteita, jotka tarjoavat graafisen käyttöliittymän PHYLIP -toiminnalle . Venäjäksi jaetaan maksutta UGENE- järjestelmä , jonka avulla voit rakentaa puita PHYLIP -algoritmeilla , visualisoida ne ja tallentaa ne Newick-muodossa.
| Ohjelman nimet | Ohjelman kuvaus |
|---|---|
| protpars | Arvioi proteiinisekvenssien fysiologian maksimaalisen parsimony-menetelmän avulla. |
| dnapars | Arvioi DNA-sekvenssien fylogeniaa maksimaalisen parsimony-menetelmän avulla. |
| dnapenny | DNA-haara ja sidottu menetelmä. Hakee aminohapposekvenssejä kaikista vaatimattomimmista filogeneistä. |
| dnamove | Fylogenian interaktiivinen rakentaminen aminohapposekvensseistä, joka on arvioitu käyttämällä DNA:n maksimaalista parsimoniaa. |
| dnacomp | Fylogenian arviointi aminohapposekvenssien mukaan käyttämällä yhteensopivuuskriteeriä. |
| dnaml | Arvioi fylogiaa nukleotidisekvensseistä käyttämällä suurimman todennäköisyyden menetelmää. |
| dnamlk | DNA:n maksimitodennäköisyysmenetelmä molekyylikellolla. |
| proml | Arvioi fylogiaa aminohapposekvensseistä käyttämällä suurimman todennäköisyyden menetelmää. |
| promlk | Suurimman todennäköisyyden menetelmä molekyylikellolla proteiinisekvensseille. |
| restml | Fylogenian estimointi suurimman todennäköisyyden menetelmällä käyttämällä restriktiopaikan tietoja (yksittäisten kohtien läsnäolo tai puuttuminen). |
| dnainvar | Neljälle lajille nukleiinihapposekvenssitiedot laskee Laken ja Cavenderin fylogeneettiset invariantit, jotka testaavat vaihtoehtoista puutopologiaa. |
| dnadist | DNA:n etäisyysmenetelmä, joka laskee 4 erilaista etäisyyttä yksilöiden välillä aminohapposekvenssien mukaan. Etäisyyttä voidaan sitten käyttää ohjelmissa, joissa on etäisyysmatriiseja. |
| protdist | Suurimman todennäköisyyden etäisyysarvio. |
| restdist | Restriktiopaikkatiedoista tai restriktiofragmenttidatasta lasketut etäisyydet. |
| seqboot | Lukee tietoja ja palauttaa tietojoukon tilastollisen käynnistysohjelman avulla. |
| fitch | Fitch-Margoliashin etäisyysmatriisimenetelmä. Fylogenian arviointi etäisyysmatriisidatasta käyttämällä "kumulatiivista puumallia", jossa etäisyyksien odotetaan olevan lajien välisten oksien pituuksien summa. |
| kitsch | Fitch-Margoliashin etäisyysmatriisimenetelmä molekyylikellolla. Fylogenian estimoiminen etäisyysmatriisidatasta käyttämällä "ultrametristä" mallia, joka on sama kuin aggregaattipuumalli, paitsi että evoluutiokello otetaan huomioon. |
| naapuri- | Neighbor-Joining -menetelmän (naapureiden yhdistämismenetelmä) ja UPGMA-menetelmän (painottamattoman pariryhmittelyn menetelmä keskiarvon laskemisella) toteutus. |
| contml | Arvioi fylogiaa geenifrekvenssitiedoista käyttämällä maksimitodennäköisyysmenetelmää (kaikki erot, jotka johtuvat geneettisestä ajautumisesta uusien mutaatioiden puuttuessa). Tämä ohjelma voi myös suorittaa enimmäistodennäköisyysanalyysin ominaisuuksista, jotka kehittyvät Brownin liikemallina, olettaen, että ominaisuudet kehittyvät samalla nopeudella. |
| kontrasti | Lukee puun tiedostosta ja palauttaa itsenäiset ominaisuuserot käytettäväksi monimuuttujatilastoissa. |
| gendist | Geneettinen etäisyysohjelma, joka laskee t käyttämällä yhtä kolmesta geneettisestä etäisyyskaavasta käyttäen geenitaajuustietoja. |
| pars | Järjestämätön monitilasäästömenetelmä, joka ottaa huomioon yksittäiset ominaisuudet. |
| sekoita | Fylogenian estimointi joillakin parsimonimenetelmillä erillisille piirteille, joissa on kaksi tilaa (0 ja 1). Voit käyttää Wagner Lean -menetelmää, Camin-Sokal Lean -menetelmää tai mitä tahansa näiden kahden yhdistelmää. |
| penniäkään | Sellaisten sekamenetelmien erottaminen tai yhdistäminen, jotka löytävät kasvavaa filogeniaa kahden tilan tiedoilla, käytetään Wagnerin menetelmää, Camin-Sokal- ja sekaparasimon kriteerejä varten, haara-ja-sidottu tarkkaa hakua. |
| liikkua | Vuorovaikutteinen fylogian rakentaminen tiedoista yksittäisistä piirteistä, joissa on kaksi tilaa (0 ja 1). Arvioi kyseisen filogenian hillityn ja yhteensopivuuden kriteerit ja näyttää palautuneet tilat koko puussa. |
| loraus | Fylogenian arviointi Dollo- tai parsimonipolymorfismikriteereillä yksittäisille piirretiedoille, joissa on kaksi tilaa (0 ja 1). |
| delpenny | Löytää kaikki enemmistöt säästäväisestä fylogiasta tietyille yksittäisille 2-tilan ominaisuuksille, Dollo- tai polymorfismin säästämiskriteereissä käytetään haara-ja-sidottu tarkkaa hakua. |
| dolmove | Vuorovaikutteinen fylogian rakentaminen yhden ominaisuuden tiedoista kahdella tilalla (0 ja 1) Dollo- tai polymorfismin parsimony kriteereillä. Arvioi parsimonia ja fylogiaa yhteensopivuuskriteerit ja näyttää palautuneet tilat koko puussa. |
| klikki | Löytää suurimman keskenään yhteensopivien merkkien klikkin ja niiden suositteleman fysiologian yhden merkin tiedoille, joissa on kaksi tilaa (0 ja 1). Suurin klikki (tai kaikki tietyllä suurimmalla kokoalueella olevat klikkit) on erittäin nopea tapa löytää haaroja ja linkkejä. |
| tekijä | Ominaisuustranskooderi, joka ottaa diskreetin monitiladatan tilaominaisuuspuiden kanssa ja tuottaa vastaavan kaksitilatietojoukon (0 ja 1). |
| piirustuspuu | Ohjelma piirtää juurruttamattoman puun, kuten drawgramin. |
| järkeä | Konsensuspuuohjelma, joka laskee puun konsensuksen enemmistösäännön konsensuspuumenetelmällä, mikä myös helpottaa vahvan konsensuspuun löytämistä. |
| treedist | Laskee Robinson-Fouldsin symmetriset etäisyyserot puiden välillä, mikä mahdollistaa erot puun topologiassa. |
| retree | Vuorovaikutteinen puun uudelleenrakentaja, joka lukee puun (tarvittaessa oksien pituuksilla) ja mahdollistaa puun juurruttamista uudelleen, napsauttaa oksia, muuttaa lajien nimiä ja oksien pituuksia ja kirjoittaa sitten tuloksen. Voidaan käyttää juurruneiden ja juurtumattomien puiden muuntamiseen toisiinsa. |