SMART (tietokanta)

FIKSU
Sisältö
Kuvaus Bioinformatiikan resurssi proteiinidomeenien tunnistamiseen.
eliöt Kaikki
Yhteystiedot
Tutkimuskeskus Euroopan molekyylibiologian laboratorio
Laboratorio EMBL
Alkuperäinen julkaisu PMID 18978020
Saatavuus
Verkkosivusto smart.embl-heidelberg.de
Muut
Lisenssi Ilmainen tutkijoille, mutta ei kaupallisille käyttäjille
Versio 7
Kurointi Joo

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) on tietokanta, jota käytetään proteiinidomeenien tunnistamiseen ja analysointiin proteiinisekvensseissä [ 1] [2] . SMART käyttää algoritmia, joka perustuu Hidden Markov -mallien soveltamiseen useisiin kohdistuksiin tunnistaakseen domeenit proteiinisekvensseistä . Tammikuussa 2012 SMART sisälsi 1009 verkkotunnusmallia [3] . SMART-tietoja käytettiin Conserved Domain Database -tietokannan ( CDD , Conserved Domain Database) luomiseen, ja se esitetään myös osana InterPro - tietokantaa . [neljä]

Tietokannan järjestää Heidelbergissä sijaitseva European Molecular Biology Laboratory .

Katso myös

Linkit

Muistiinpanot

  1. ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting CP SMART, yksinkertainen modulaarisen arkkitehtuurin tutkimustyökalu: signalointialueiden tunnistaminen   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : Journal. - 1998. - toukokuu ( osa 95 , nro 11 ). - P. 5857-5864 . - doi : 10.1073/pnas.95.11.5857 . — PMID 9600884 .
  2. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: viimeisimmät päivitykset ja uudet kehityssuunnat  // Nucleic Acids Res  . : päiväkirja. - 2009. - tammikuu ( osa 37 , nro Tietokantanumero ). - P.D229-32 . doi : 10.1093 / nar/gkn808 . — PMID 18978020 .
  3. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: äskettäiset päivitykset proteiinialueen huomautusresurssiin  // Nucleic Acids Res  . : päiväkirja. - 2012. - tammikuu ( osa 40 , nro Tietokantanumero ). - P.D302-5 . doi : 10.1093 / nar/gkr931 . — PMID 22053084 .
  4. ↑ Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK, et ai. InterPro: integroitu dokumentaatioresurssi proteiiniperheille, -alueille ja toiminnallisille sivustoille   // Lyhyt . Bioinformatiikka: lehti. - 2002. - syyskuu ( osa 3 , nro 3 ) . - s. 225-235 . - doi : 10.1093/bib/3.3.225 . — PMID 12230031 .