Mikroskooppivärit ovat ryhmä orgaanisia väriaineita ( magenta jne.) ja epäorgaanisia aineita ( osmiumtetroksidi jne.) mikroskooppisten valmisteiden värjäykseen. Niitä käytetään korostamaan yksittäisiä solurakenteita johtuen tietyille soluorganelleille ominaisten aineiden erityisestä kemiallisesta vuorovaikutuksesta väriaineen tai niiden seoksen kanssa.
Luonnontutkijat ovat alkaneet osoittaa kiinnostusta väriaineita kohtaan mikroskoopin keksimisen jälkeen . Nykyään ei voida enää varmuudella sanoa, kuka ensimmäisenä käytti väriaineita mikrovalmisteiden värjäykseen. Monet luonnontieteilijät ovat kuitenkin huomanneet, että suurin osa mikroskoopin okulaarin näkökenttään joutuvista elävistä esineistä ei käytännössä ole värillisiä ja soluorganellit ovat tuskin erotettavissa sytoplasmassa. Siksi mikroskoopin tultua esiin on myös kahdenlaisia biologisten esineiden värittömyyden voittamista; ensimmäinen on yritys ratkaista ongelma teknisin keinoin - uusien valaistusmenetelmien kehittäminen (vinovalo, luminesenssi), kontrasti (faasikontrastimenetelmällä, tummakenttämikroskopialla, värillisessä tummassa kentässä jne.); toinen on antaa väriä väriaineella.
Ensimmäisenä klassisena työnä väriaineiden käytöstä mikroskopiassa pidetään P. Ehrlichin artikkelia, jossa kuvattiin aivojen hermosolujen selektiivistä värjäystä metyleenisinisellä .
Tällä hetkellä mikroskooppien arsenaalissa käytetään valtavaa määrää väriaineita. Yli 3 500 väriainetta on lueteltu pelkästään Color Indexin toisessa painoksessa. Ulkomailla väriainetutkimusbiologien pääopas on Biological Dyes Commissionin julkaisema käsikirja. Useat amerikkalaiset tiedeseurat ovat luoneet komission, ja se työskentelee jatkuvasti heidän osallistumisensa kanssa - se testaa uusia väriaineita, jakaa tietoa niiden koostumuksesta ja käyttötavoista.
Biologiassa käytettävät väriaineet voidaan luokitella seuraavien kriteerien mukaanː