Avoimet biolääketieteen ontologiat (OBO, englanniksi Open Biomedical Ontologies , aiemmin käytetty termiä Englanti Open Biological Ontologies - Open Biological Ontologies ) on tiedeyhteisön aloite kehittää yhtenäinen käsitelaitteisto biologian ja lääketieteen eri aloilla .
Biolääketieteellisen ontologian kirjaston ydin on OBO Foundry [1] , yhteistyökokeilu, johon osallistui joukko ontologian kehittäjiä , jotka sopivat joukosta periaatteita, jotka tiivistävät ontologioiden kehittämisen parhaat käytännöt. Näiden periaatteiden tarkoituksena on edistää ontologioiden yhteentoimivuutta biolääketieteellisten ontologioiden laajemmissa puitteissa sekä varmistaa ontologioiden jatkokehityksen asteittainen laadun ja muodollisen kurinalaisuuden lisääminen.
Ontology Lookup Service [2] on PRIDE-projektin lisäosa, joka vaatii keskitetyn käyttöliittymän ontologiakyselyille ja avainsanahauille. Vaikka online-palveluissa on saatavilla monia ontologioita, jokaisella näistä palveluista on oma kysely- ja tulosrajapintamuotonsa. Ontology Lookup Service tarjoaa verkkopalvelurajapinnan useiden ontologioiden kyselyyn yhdestä paikasta yhtenäisellä tiedonantomuodolla.
Gene Ontology Consortiumin tavoitteena on luoda termipohja, jota voidaan soveltaa kaikkiin organismeihin edellyttäen, että tietoa geeneistä ja proteiinien roolista soluissa kertyy ja muuttuu jatkuvasti. Geeniontologia tukee kolmea rakenteellista termiverkostoa kuvaamaan geneettisten tuotteiden ominaisuuksia.
Sequencing Ontologies [3] on osa Gene Ontology -projektia, jonka tavoitteena on kehittää ontologia, joka soveltuu biologisten sekvenssien kuvaamiseen. Tämä on tulosta useiden geneettisten tutkimuskeskusten, kuten WormBasen, Berkeley Drosophila Genome Projectin, FlyBasen, Mouse Genome Informatics -ryhmän ja Sanger Instituten yhteistyöstä.
Generic Model Organism Database (GMOD) on WormBasen, FlyBasen, MGI:n, SGD:n, Gramenen, Rat Genome Databasen, EcoCycin ja TAIR:n yhteisen kehon tietokantamallinnustyön tulos, jonka tarkoituksena on kehittää uudelleenkäytettäviä komponentteja uusien biolääketieteellisten tietokantojen luomiseksi.
SOFG [4] on verkkosivusto ja viestintäalusta, joka kokoaa yhteen biologit, bioinformaatikot ja tietojenkäsittelytieteilijät kehittämään ja käyttämään standardeja ja ontologioita keskittyen genomiikan alan huipputeknisten kokeiden kuvaamiseen.
Functional Genomics Data ( FGED ) -yhteisö on biologien, tietojenkäsittelytieteilijöiden ja analyytikoiden kansainvälinen järjestö, jonka tavoitteena on edistää toiminnallisista genomiikkakokeista saadun tiedon vaihtoa.
Ontology for Biomedical Investigations (OBI) on avoin resurssi, joka kokoaa yhteen ontologioita biologisen ja kliinisen tutkimuksen kuvaamista varten. OBI tarjoaa tutkimusformaatteja, protokollia, tietomuotoja ja käytettyjä materiaaleja. Projekti on kehitetty OBO Foundryn puitteissa ja noudattaa siten kaikkia sen periaatteita, erityisesti ortogonaalista kattavuutta (eli käytettyjen ontologioiden selkeää eroa) ja yleisten muodollisten kielten käyttöä. OBI:n yleinen muodollinen kieli on Web Ontology Language (OWL).
Kasvien ontologiakonsortio [5] keskittyy tiedon luomiseen, kehittämiseen ja vaihtoon ontologioiden alalla, jotka kuvaavat kasveja ja eläviä rakenteita kasvu-/kehitysvaiheessa. Projekti mahdollistaa kyselyyn perustuvan tiedonkeruun moniulotteisista tietokannoista, mikä mahdollistaa näiden ontologioiden johdonmukaisen käytön kudosten, geenien, proteiinien ja fenotyyppien kuvaamisessa organismien kasvuvaiheessa.
Phenoscape on hanke, jolla luodaan tietokanta lajin Osteriophysis (suuri joukko luisia kaloja) fenotyypistä. Tiedot on johdettu käyttämällä kuvauksia, jotka yhdistävät termejä anatomian ontologiasta, taksonomisesta ontologiasta ja laadullisia termejä fenotyyppilaatujen PATO-ontologiasta [6] . Myös useita muita OBO-ontologioita käytetään. Anatomian ontologia kehitettiin Zebrafish Information Networkin ontologioiden perusteella. [7]
Yhteisön ponnistelujen ansiosta on kehitetty yhteinen näyttöstandardi, joka mahdollistaa tietojen muuntamisen OBO-muodosta OWL-muotoon ilman merkittäviä menetyksiä. [kahdeksan]