Allogeneesi ( toinen kreikkalainen ἄλλος - erilainen, erilainen ja γένεσις - kehitys) on evoluution suunta, johon liittyy idioadaptaatioiden eli allomorfoosien hankkiminen .
Allogeneesi ilmaistaan adaptiivisina muunnoksina (kun elinympäristöjä muutetaan esimerkiksi maasta vedeksi) - allomorfoosit tai idioadaptaatio . Allogeneesin aikana jotkut elimet kehittyvät ja erilaistuvat asteittain, kun taas toiset menettävät toiminnallisen merkityksensä ja vähenevät; tässä tapauksessa tapahtuu harmoninen muutos ontogeneesin kaikissa vaiheissa.
Erityisiä esimerkkejä allogeneesistä ovat telogeneesi (telomorfoosi) ja hypergeneesi . Ensimmäisessä tapauksessa tapahtuu sopeutuminen äärimmäisen kapeaan joukkoon olemassaolon ehtoja; samalla kehittyneen elimen toiminnot kapenevat merkittävästi ja sen evolutionaaristen muutosten mahdollisuus pienenee. Esimerkki tällaisesta muutoksesta on muurahaissijan suulaite, joka on mukautettu syömään vain yhden tietyntyyppistä ruokaa. Hypergeneesin tapauksessa organismin tai sen yksittäisten rakenteiden koko kasvaa voimakkaasti, mikä yleensä johtaa myös evoluution umpikujaan. Esimerkki tällaisista muutoksista on joidenkin fossiilisten hirvien jättimäiset sarvet, fossiilisten indricotherium-sarvikuonojen valtava koko.