Proteiini mikrosiru

Kokeneet kirjoittajat eivät ole vielä tarkistaneet sivun nykyistä versiota, ja se voi poiketa merkittävästi 21. joulukuuta 2017 tarkistetusta versiosta . tarkastukset vaativat 19 muokkausta .

Proteiinimikrosiru on molekyylibiologiassa käytetty tekniikka. Proteiinimikrosiru on kiinteä kantaja (pohja), jolle tuhansia erilaisia ​​proteiineja ( antigeenejä , vasta -aineita , entsyymejä jne.) on kovalenttisesti kiinnittynyt mikrosirun eri kohtiin. Jokainen yksittäinen proteiini muodostaa alueen, jolla on korkea pitoisuus mikrosirussa. Tämä tekniikka on hyvin samanlainen kuin DNA-mikrosirutekniikka , vain proteiinit toimivat koettimina yksijuosteisten DNA-molekyyleiden sijaan.

Proteiinimikrosirujen tyypit

Tällä hetkellä kolmen tyyppisiä proteiinimikrosiruja käytetään suhteellisen laajalti: analyyttisiä, toiminnallisia ja käänteisvaiheisia mikrosiruja. [yksi]

Analyyttiset mikrosirut

Näitä mikrosiruja käytetään yleisesti monimutkaisen proteiiniseoksen profilointiin: affiniteetin, spesifisyyden ja proteiiniekspression tason mittaamiseen seoksessa. Tässä tekniikassa vasta- aineiden , aptameerien ja antigeenien kirjastot talletetaan kiinteille substraateille, jotka muodostavat mikrosirun perustan. Seuraavaksi tällainen siru upotetaan proteiiniseokseen, jota varten on tarpeen profiloida. Vasta-aineita käyttävät proteiinimikrosirut olivat yleisimpiä 2000-luvun 00-luvulla. [2] Analyyttisiä mikrosiruja voidaan käyttää differentiaalisen ilmentymisen etsimiseen ja kliinisessä diagnostiikassa. Esimerkkinä on terveiden ja sairaiden kudosten vertailu sekä kudoksen vaste muuttuviin ympäristöolosuhteisiin [3] .

Toiminnalliset mikrosirut

Tämän tyyppinen mikrosiru eroaa analyyttisistä siinä, että täysin toimivat proteiinit tai domeenit sijaitsevat kiinteällä pohjalla, eivät analyyttisellä triadilla (vasta-aineet, aptameerit, antigeenit). Tällaiset mikrosirut mahdollistavat koko proteomin biokemiallisen aktiivisuuden analysoinnin yhdessä kokeessa. Lisäksi niitä käytetään tutkimaan lukuisia proteiinien vuorovaikutuksia muiden proteiinien, DNA:n, RNA:n, lipidien ja matalan molekyylipainon ligandien kanssa [4] [5] .

Käänteisvaiheiset mikrosirut (RPM)

Tämän tyyppisten mikrosirujen valmistuksessa eri kudoksista eristetyt solut läpikäyvät hajoamisen. Lysaatti levitetään nitroselluloosakalvolle erityisellä koneella - muodostaen mikrosirun, jonka jälkeen jokainen syntyneen mikrosirun solu analysoidaan erilaisilla vasta-aineilla kiinnostavaa proteiinia vastaan. Tämän tyyppinen mikrosiru mahdollistaa proteiinien tai niiden konformaatiomuutosten havaitsemisen, jotka ilmenevät vain tiettyjen sairauksien aikana [6] .

Muistiinpanot

  1. ↑ David A. Hall, Jason Ptacek, Michael Snyder. Protein Microarray Technology  // Ikääntymisen ja kehityksen mekanismit. – 2007-1. - T. 128 , no. 1 . — S. 161–167 . — ISSN 0047-6374 . - doi : 10.1016/j.mad.2006.11.021 . Arkistoitu alkuperäisestä 10. tammikuuta 2016.
  2. ↑ Paul Bertone, Michael Snyder. Edistys funktionaalisessa proteiinimikroarray-tekniikassa  // FEBS-lehti. - Marraskuu 2005. - T. 272 ​​, no. 21 . — S. 5400–5411 . — ISSN 1742-464X . - doi : 10.1111/j.1742-4658.2005.04970.x . Arkistoitu alkuperäisestä 31. tammikuuta 2018.
  3. ↑ A. Sreekumar, M. K. Nyati, S. Varambally, T. R. Barrette, D. Ghosh. Syöpäsolujen profilointi proteiinimikrosiruilla: uusien säteilysäädeltyjen proteiinien löytäminen  // Cancer Research. – 15.10.2001. - T. 61 , no. 20 . — S. 7585–7593 . — ISSN 0008-5472 . Arkistoitu alkuperäisestä 31. tammikuuta 2018.
  4. ↑ H. Zhu, M. Bilgin, R. Bangham, D. Hall, A. Casamayor. Proteiiniaktiivisuuden globaali analyysi proteomisirujen avulla  // Science (New York, NY). – 14.9.2001. - T. 293 , no. 5537 . — S. 2101–2105 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tiede.1062191 . Arkistoitu alkuperäisestä 31. tammikuuta 2018.
  5. ↑ David A. Hall, Heng Zhu, Xiaowei Zhu, Thomas Royce, Mark Gerstein. Geenin ilmentymisen säätely metabolisen entsyymin toimesta  // Tiede (New York, NY). – 15.10.2004. - T. 306 , no. 5695 . — S. 482–484 . — ISSN 1095-9203 . - doi : 10.1126/tiede.1096773 . Arkistoitu alkuperäisestä 5. kesäkuuta 2018.
  6. ↑ Runa Speer, Julia D. Wulfkuhle, Lance A. Liotta, Emanuel F. Petricoin. Käänteisfaasiproteiinin mikrosirut kudospohjaiseen analyysiin  // Current Opinion in Molecular Therapeutics. - Kesäkuu 2005. - T. 7 , no. 3 . — S. 240–245 . — ISSN 1464-8431 . Arkistoitu alkuperäisestä 5. kesäkuuta 2018.