Heteroduplex - hybridialue DNA- molekyylistä , jotka ovat tulleet rekombinaatioon , joka koostuu kahdesta juosteesta kustakin rekombinoituvasta DNA:sta (eli eri alkuperää). Yksittäisiä ketjuja pitävät yhdessä vetysidokset komplementaaristen emästen välillä . Alueet, joissa pohjat eivät sovi yhteen, ovat silmukan muotoisia. Mitä enemmän parittomia osia heterodupleksissa on, sitä vähemmän vakaa se on, joten alustat voidaan sovittaa toisiinsa [1] .
Joissakin tapauksissa heterodupleksi voi muodostaa yksittäisiä RNA -juosteita .
Sen määrittämiseksi, sisältääkö DNA introneita , on mahdollista suorittaa sen transkriptio , jota seuraa tuloksena olevan RNA-ketjun hybridisaatio templaatin kanssa - alkuperäisen DNA:n kanssa. Jos DNA sisältää introneja, siitä transkriptoidussa RNA:ssa ne poistetaan transkription ja myöhemmän silmukoinnin jälkeen. Tästä johtuen RNA:n hybridisoituessa äidin DNA:n kanssa ilmaantuu silmukkamaisia alueita parittomista emäksistä, koska DNA:n introneilla ei ole vastaavia emäksiä RNA:ssa.