| Sortase A | |
|---|---|
| Tunnisteet | |
| Koodi KF | 3.4.22.70 |
| Entsyymitietokannat | |
| IntEnz | IntEnz-näkymä |
| BRENDA | BRENDA sisääntulo |
| ExPASy | NiceZyme-näkymä |
| MetaCyc | metabolinen reitti |
| KEGG | KEGG-merkintä |
| PRIAM | profiili |
| ATE:n rakenteet | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum |
| Hae | |
| PMC | artikkeleita |
| PubMed | artikkeleita |
| NCBI | NCBI-proteiinit |
Sortaasi A (EC 3.4.22.70, SrtA , SrtA- proteiini , SrtA- sortaasi ) on entsyymi . [1] [2] [3] Tämä entsyymi katalysoi seuraavaa kemiallista reaktiota
Entsyymi katalysoi soluseinän lajittelureaktiota , jossa LPXTG-motiivin sisältävä lajittelusignaalipintaproteiini pilkkoutuu Thr- ja Gly-tähteiden väliin.Tämä entsyymi kuuluu C60 - peptidaasiperheeseen .
Sortaasi A:ssa on kahdeksansäikeinen β-tynnyrilaskos, jossa on β7-β8-ketjujen muodostama hydrofobinen rako. Tätä aukkoa ympäröivät silmukat β3-β4, β2-β3, β6-β7 ja β7-β8. Katalyyttinen kysteiinijäännös sijaitsee tässä aukossa ja hyväksyy myöhemmän nukleofiilisen aineen sitoutumisen. β3-β4-silmukka sisältää kalsiumia sitovan kohdan, joka sitoo kalsiumia koordinoimalla β6-β7-silmukassa olevan tähteen kanssa. Tämä sitoutuminen hidastaa β6-β7-silmukan liikettä, jolloin sortaasisubstraatin sitoutuminen ja aktiivisuus voimistua kahdeksankertaiseksi. [neljä]
Sortaasi A:ta käytetään laajasti in vitro -työkaluna proteiinien translaation jälkeiseen modifiointiin N- ja C-päässä kiinnitetyllä leimalla. Näitä leimoja ovat biotiini, fluoroforit, silloittimet ja monifunktionaaliset koettimet. [5]
Molemmissa tapauksissa yksi molekyyli on suunniteltu sisältämään LPXTG-motiivi toisessa päässä ja toinen molekyyli on suunniteltu sisältämään (Gly)n-motiivi toisessa päässä. LPXTG-motiivin pilkkoutuessa Sortase muodostaa tioesterivälituotteen muokatun molekyylin kanssa. Tämä välituote erotetaan sitten nukleofiilisellä hyökkäyksellä (Gly) n:tä sisältävästä molekyylistä kahden molekyylin fuusion muodostamiseksi LPXT (Gly)n-välituotemotiivin kanssa.
Proteiinin N-terminaalisen leimauksen saavuttamiseksi suunniteltiin LPXTG-motiivi, joka sijaitsee merkin C-päässä. Proteiini on rakennettu N-pään (Gly)n kanssa. Saman proteiinin C-pään saavuttamiseksi suunnitellaan LPXTG-motiivi, joka sijaitsee proteiinin C-päässä. (Gly)n-molekyyli on suunniteltu sisältämään leiman C-päässään.
Lopuksi, sekä proteiinien N- että C-päät voidaan leimata sortaaseilla, joilla on erilaiset substraattispesifisyydet. Esimerkiksi Streptococcus pyogenesin Sortaasi A tunnistaa ja katkaisee LPXTA-motiivin ja hyväksyy Ala-pohjaiset nukleofiilit. Tämä SrtA myös tunnistaa ja katkaisee LPXTG-motiivin vähemmän tehokkaasti. Kuitenkin Staph. A. Sortaasi A ei tunnista LPXTA-substraatteja ja on siksi ortogonaalinen LPXTA-sekvensseihin nähden.
Lisäksi Sortaasi A:ta on käytetty myös proteiinien, proteiinidomeenien ja peptidien luomiseen. [6]