Affiniteetti (biokemia)

Biokemiassa affiniteetti (myös sitoutumisaffiniteetti ) on mitta molekyylien taipumuksesta sitoutua muihin molekyyleihin, esimerkiksi sitoutumispartnerien välille proteiini - ligandivuorovaikutuksessa : mitä suurempi affiniteetti, sitä suurempi assosiaatiovakio Ka ( kutsutaan myös sitoutumisvakio).

Ominaisuudet

Nykyisin assosiaatiovakion sijaan käytetään kuitenkin tavallisesti käänteistä mittaa, dissosiaatiovakiota Kd : mitä suurempi proteiinin affiniteetti on ligandiinsa kohtaan, sitä pienempi kompleksin dissosiaatiovakio. Esimerkkinä entsyymi-substraattikompleksin muodostuminen/katkaisu [ES].

massavaikutuksen lain tai kineettisten vakioiden (nopeusvakioiden k) mukaiset määritelmät on lueteltu tässä:

assosiaatiovakio (sidosvakio)	$K_{a}={[ES] \over [E]\cdot [S]}$	$K_{a}={k_{1} \over k'_{1}}$
dissosiaatiovakio	$K_{d}={[E]\cdot [S] \over [ES]}$	$K_{d}={k'_{1} \over k_{1))$ .

Entsyymikinetiikassa Km , Michaelis-vakio , käytetään joskus mittaamaan entsyymin affiniteettia sen substraattiin. Käytännössä tällä on tietty oikeus, mutta teoriassa ES-kompleksin K d dissosiaatiovakio ja Michaelis-vakio on erotettava tiukasti. Briggsin ja Haldanen mukaan Michaelis-vakio riippuu myös muutosten määrästä k 2 ja se lasketaan seuraavasti:

K_{m}={k'_{1}+k_{2} \over k_{1))

Johtaminen arvosta K m arvoon K d on mahdollista vain, jos . Tämä oletus ei sovellu kaikissa tapauksissa, mutta Leonor Michaelis ja Maud Menten tekivät sen alun perin johtamaan Michaelis-Menten-yhtälön . ${\displaystyle k_{2}\ll k'_{1))$

Affiniteetti voidaan määrittää käyttämällä ligandin sitoutumismääritystä .

Katso myös

Kirjallisuus

Jeremy M. Berg, John L. Timochko, Lubert Strayer: Biochemistry. 6. painos, Spectrum Academic Publishing, Heidelberg, 2007. ISBN 978-3-8274-1800-5 .
Donald Voet, Judith G. Voet: Biokemia. 3. Painos, John Wiley & Sons, New York, 2004. ISBN 0-471-19350-X .
Bruce Alberts , Alexander Johnson, Peter Walter, Julian Lewis, Martin Ruff, Keith Roberts: The Molecular Biology of the Cell , 5. Painos, Taylor ja Francis, 2007, ISBN 978-0-8153-4106-2 .