Substraatti ( lat. substraatti - pohja, pentue) - biologiassa eliöiden elinympäristö ja kehitys . Substraatit toimivat eläimen, kasvin tai muun organismin kiinnittymispaikkana ja voivat toimia kasvualustana .
Substraatti voi sisältää sekä eläviä että elottomia materiaaleja sekä eläimiä. Substraatilla elävä organismi voi puolestaan olla substraatti toiselle organismille. Esimerkiksi kivi on levien substraatti ja levä sen päällä elävien eläinten substraatti.