MBD3

Metyyli-CpG:tä sitova domeenin 3 proteiini on proteiini , jota ihmisissä koodaa MBD3 - geeni [1] [2] [3] .

Toiminto

DNA:n metylaatio on eukaryoottigenomin merkittävä modifikaatio ja sillä on tärkeä rooli nisäkkäiden kehityksessä. Ihmisen proteiinit MECP2 , MBD1 , MBD2 , MBD3 ja MBD4 kuuluvat ydinproteiinien perheeseen, joka yhdistyy metyyli-CpG:tä sitovan domeenin läsnäolon perusteella . Toisin kuin muut perheenjäsenet, MBD3 ei kuitenkaan pysty sitoutumaan metyloituun DNA:han, vaan sitoutuu sen sijaan hydroksimetyloituun DNA :han [3] . MBD3:n primäärirakenne on 71 % ja 94 % identtinen MBD2:n (isoformi 1) ja hiiren Mbd3:n rakenteen kanssa. MBD3 on NuRD-monialayksikkökompleksin alayksikkö, joka pystyy modifioimaan nukleosomeja ja jolla on histonideasetylaasiaktiivisuutta . MBD3 välittää metastaaseihin liittyvän proteiini 2:n ( MTA2 ) sitoutumista histonideasetylaasikompleksin ytimeen [3] .

MBD3 sisältää myös coiled-coil- domeenin , joka on yhteinen kaikille kolmelle tunnetulle MBD3:n isoformille. Kierretty kierukkadomeeni, ei MBD-domeeni, auttaa ylläpitämään alkion kantasolujen pluripotenssia ohjaamalla polykombirepressorikompleksin 2 (PRC2) kehitykseen ja organogeneesiin liittyviin geenien alaryhmiin ja siten ylläpitämään niiden vakaata repressiota [4] .

Vuorovaikutuksia

MBD3:n on osoitettu olevan vuorovaikutuksessa seuraavien kanssa:

• AURKA , [5]
• GATAD2B , [6] [7]
• HDAC1 , [5] [8] [9]
• MTA2 , [5] [8] [9] ja
• MBD2 . [8] [10]

Muistiinpanot

1. ↑ Hendrich B., Bird A. Nisäkkäiden metyyli-CpG:tä sitovien proteiinien perheen tunnistaminen ja karakterisointi  //  Mol Cell Biol : päiväkirja. - 1998. - marraskuu ( osa 18 , nro 11 ). - P. 6538-6547 . — PMID 9774669 .
2. ↑ Hendrich B., Abbott C., McQueen H., Chambers D., Cross S., Bird A. Hiiren ja ihmisen Mbd1-, Mbd2-,  Mbd3- ja Mbd4-geenien  genominen rakenne ja kromosomikartoitus // Mamm Genome : päiväkirja. - 1999. - syyskuu ( osa 10 , nro 9 ). - s. 906-912 . - doi : 10.1007/s003359901112 . — PMID 10441743 .
3. ↑ 1 2 Entrez-geeni: MBD3-metyyli-CpG:tä sitova domeeniproteiini 3 . (määrätön)
4. ↑ Hirasaki, M., Ueda, A., Asaka, MN, Uranishi, K., Suzuki, A., Kohda, M., ... & Koseki, H. (2018). Coiled-Coil-verkkotunnuksen tunnistaminen välttämättömäksi Mbd3-elementiksi alkion kantasolujen sukupolven sitoutumispotentiaalin säilyttämiseksi . KANTASOLUT. doi : 10.1002/stem.2849
5. ↑ 1 2 3 Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim MH, Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 ja HDAC1, kaksi NuRD-kompleksin komponenttia, sijaitsevat Aurorassa. A-positiiviset centrosomit M-vaiheessa  (englanniksi)  // J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 50 . - P. 48714-48723 . - doi : 10.1074/jbc.M208461200 . — PMID 12354758 .
6. ↑ Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Kaksi hyvin samankaltaista p66-proteiinia käsittävät uuden perheen voimakkaita transkriptiorepressoreita, jotka ovat vuorovaikutuksessa MBD2:n ja MBD3:n kanssa  //  J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 43 . - P. 40958-40966 . - doi : 10.1074/jbc.M207467200 . — PMID 12183469 .
7. ↑ Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. MeCP1-kompleksin p66/p68-komponenttien tunnistaminen ja toiminnallinen karakterisointi   // Mol . solu. Biol. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 22 , ei. 2 . - s. 536-546 . - doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . — PMID 11756549 .
8. ↑ 1 2 3 Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. NuRD-alayksiköiden analyysi paljastaa histonideasetylaasiydinkompleksin  ja /yhteyden DNA:n metylaatioon  Genes Dev.  : päiväkirja. - 1999. - Voi. 13 , ei. 15 . - P. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
9. ↑ 1 2 Saito M., Ishikawa F. Ihmisen MBD3:n mCpG:tä sitova domeeni ei sitoudu mCpG:hen, mutta on vuorovaikutuksessa NuRD/Mi2-komponenttien HDAC1 ja MTA2 kanssa  //  J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
10. ↑ Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP MBD3L1 on transkriptionaalinen repressori, joka on vuorovaikutuksessa metyyli-CpG:tä sitovan proteiinin 2 (MBD2) ja NuRD-kompleksin komponenttien kanssa  //  J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2004. - Voi. 279 , nro. 50 . - P. 52456-52464 . - doi : 10.1074/jbc.M409149200 . — PMID 15456747 .

Kirjallisuus

• Shen L., Zhang Y. 5-hydroksimetyylisytosiini  : syntyminen, kohtalo ja genominen jakautuminen  // Current Opinion in Cell Biology : päiväkirja. — Elsevier , 2013. — Voi. 25 , ei. 3 . - s. 289-296 . - doi : 10.1016/j.ceb.2013.02.017 . — PMID 23498661 .
• Abbott WM, Mellor A., ​​Edwards Y., Feizi T. Liukoinen naudan galaktoosia sitova lektiini. cDNA-kloonaus paljastaa täydellisen aminohapposekvenssin ja antigeenisen suhteen myeliinin emäksisen proteiinin pääasiallisen enkefalitogeenisen domeenin kanssa. (englanti)  // Biochem. J. : päiväkirja. - 1989. - Voi. 259 , nro. 1 . - s. 283-290 . — PMID 2470348 .
• Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP, Lane WS, Reinberg D. Dermatomyosiittispesifinen autoantigeeni Mi2 on komponentti kompleksissa, joka sisältää histonideasetylaasi- ja nukleosomien uudelleenmuodostusaktiivisuuksia. (englanniksi)  // Solu  : päiväkirja. - Cell Press , 1998. - Voi. 95 , ei. 2 . - s. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
• Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL Kromatiinin deasetylaatio ATP-riippuvaisella nukleosomien uudelleenmuotoilukompleksilla. (englanti)  // Luonto: päiväkirja. - 1998. - Voi. 395 , no. 6705 . - s. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
• Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. NuRD-alayksiköiden analyysi paljastaa histonideasetylaasiydinkompleksin ja yhteyden DNA:n metylaatioon. (englanniksi)  // Genes Dev.  : päiväkirja. - 1999. - Voi. 13 , ei. 15 . - P. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
• Wade PA, Gegonne A., Jones PL, Ballestar E., Aubry F., Wolffe AP Mi-2 -kompleksi yhdistää DNA-metylaation kromatiinin uudelleenmuodostukseen ja histonin deasetylaatioon. (englanniksi)  // Nat. Genet.  : päiväkirja. - 1999. - Voi. 23 , ei. 1 . - s. 62-6 . - doi : 10.1038/12664 . — PMID 10471500 .
• Tatematsu KI, Yamazaki T., Ishikawa F. MBD2-MBD3-kompleksi sitoutuu hemimetyloituun DNA:han ja muodostaa kompleksin, joka sisältää DNMT1:n replikaatiokeskuksissa myöhäisessä S-vaiheessa. (englanniksi)  // Genes Cells : päiväkirja. - 2000. - Voi. 5 , ei. 8 . - s. 677-688 . - doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00359.x . — PMID 10947852 .
• Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR, Hirai T., Qin J., Nakatani Y., Howard BH Stabiilit histonideasetylaasikompleksit, jotka erottuvat SANT-domeeniproteiinien CoREST/kiaa0071 ja Mta-L1 läsnäolosta. (englanniksi)  // J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2001. - Voi. 276 , nro. 9 . - P. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
• Shi Y., Downes M., Xie W., Kao HY, Ordentlich P., Tsai CC, Hon M., Evans RM Sharp, indusoituva kofaktori, joka integroi tumareseptorin repression ja aktivaation. (englanniksi)  // Genes Dev.  : päiväkirja. - 2001. - Voi. 15 , ei. 9 . - s. 1140-1151 . - doi : 10.1101/gad.871201 . — PMID 11331609 .
• Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. MeCP1-kompleksin p66/p68-komponenttien tunnistaminen ja toiminnallinen karakterisointi. (englanniksi)  // Mol. solu. Biol. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 22 , ei. 2 . - s. 536-546 . - doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . — PMID 11756549 .
• Schlegel J., Güneysu S., Mennel HD Metyyliä sitovien domeenien proteiinien geenien ilmentyminen ihmisen glioomissa. (englanti)  // Oncol. Rep. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 9 , ei. 2 . - s. 393-395 . - doi : 10.3892/tai.9.2.393 . — PMID 11836615 .
• Saito M., Ishikawa F. Ihmisen MBD3:n mCpG:tä sitova domeeni ei sitoudu mCpG:hen, mutta on vuorovaikutuksessa NuRD/Mi2-komponenttien HDAC1 ja MTA2 kanssa. (englanniksi)  // J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
• Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Kaksi hyvin samankaltaista p66-proteiinia käsittävät uuden perheen voimakkaita transkriptiorepressoreita, jotka ovat vuorovaikutuksessa MBD2:n ja MBD3:n kanssa. (englanniksi)  // J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 43 . - P. 40958-40966 . - doi : 10.1074/jbc.M207467200 . — PMID 12183469 .
• Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim MH, Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 ja HDAC1, kaksi NuRD-kompleksin komponenttia, sijaitsevat Aurora-A-positiivisissa sentrosomeissa M-vaiheessa. (englanniksi)  // J. Biol. Chem.  : päiväkirja. - 2003. - Voi. 277 , no. 50 . - P. 48714-48723 . - doi : 10.1074/jbc.M208461200 . — PMID 12354758 .
• Fujita N., Jaye DL, Kajita M., Geigerman C., Moreno CS, Wade PA MTA3, Mi-2/NuRD-kompleksialayksikkö, säätelee invasiivista kasvureittiä rintasyövässä. (englanniksi)  // Solu  : päiväkirja. - Cell Press , 2003. - Voi. 113 , nro. 2 . - s. 207-219 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00234-4 . — PMID 12705869 .
• Fujita N., Jaye DL, Geigerman C., Akyildiz A., Mooney MR, Boss JM, Wade PA MTA3 ja Mi-2/NuRD-kompleksi säätelevät solujen kohtaloa B-lymfosyyttien erilaistumisen aikana. (englanniksi)  // Solu  : päiväkirja. - Cell Press , 2004. - Voi. 119 , nro. 1 . - s. 75-86 . - doi : 10.1016/j.cell.2004.09.014 . — PMID 15454082 .