PSI Protein Classifier on tietokoneohjelma, jonka avulla voit tehdä yhteenvedon sekä peräkkäisten että itsenäisten PSI-BLAST- ohjelman iteraatioiden tuloksista . Ohjelma selvittää, kuuluvatko räjähdyksellä löydetyt proteiinit aiemmin tunnettuihin perheisiin ja jakaa loput proteiinit ryhmiin. Sen avulla voidaan kvantifioida (iteraatioiden lukumäärällä) homologisten proteiinien eri perheiden välisten suhteiden taso .
PSI Protein Classifier käyttää NCBI -verkkosivustolta PSI-BLAST-ohjelman luomia tiedostoja. Kun aloitat aminohapposekvenssien tietokannan seulonnan PSI-BLASTilla, sinun on syötettävä kyselynä käytetty proteiinisekvenssi FASTA -muodossa ja annettava sille binäärinimi erotettuna yhdysviivalla. Tässä tapauksessa nimen ensimmäisen osan on oltava sen perheen nimi, johon se kuuluu. PSI-BLAST-ohjelman tulokset sisältävät web-sivut on tallennettava peräkkäin (jokaisen iteraation jälkeen) "Käytä vanhaa BLAST-raporttimuotoa" -tilassa tekstitiedostoina (.txt) PSI-Blast-kansioon (nämä tiedostot). kutsutaan "blast-tiedostoiksi").
PSI Protein Classifier käyttää perheluetteloita sisältäviä tiedostoja aputiedostoina. Tällaisten tiedostojen läsnäolo on valinnaista. Tämän tyyppiset tiedostot ovat tekstitiedostoja (.txt) ja ne sijoitetaan FamilyName-kansioon (näitä tiedostoja kutsutaan "perhetiedostoiksi"). Jokaisen tiedoston ensimmäinen rivi on perheen nimi, jota edeltää kaksi sanaa ja jota seuraa vähintään yksi sana. Seuraavat rivit osoittavat tähän perheeseen kuuluvien proteiinien lukumäärät (GenPept-talletusnumero) - yksi per rivi. On tärkeää, että jokainen numero sisältää osoituksen proteiiniversiosta, eli numeron viimeistä numeroa edeltää piste. Ohjelma voi myös käyttää CAZy- tietokannasta valmiita perheluetteloita , jotka on tallennettu tekstitiedostoina (.txt), perhetiedostoina . On huomattava, että CAZy-tietokanta kattaa glykosyylihydrolaasien perheet ja joukon muita entsyymejä, jotka vaikuttavat hiilihydraatteihin ja niiden johdannaisiin.