Apupigmentit ovat fotosynteettisten organismien valoa absorboivia yhdisteitä, jotka toimivat yhdessä klorofylli a :n kanssa suorittaen valoa keräävää tai valoa suojaavaa toimintaa. Näitä ovat erilaiset klorofyllin muodot, kuten viherlevissä oleva klorofylli b ja korkeampien kasvien valoa keräävät antennit tai muiden levien klorofyllit c tai d . Lisäksi on monia muita lisäpigmenttejä, kuten karotenoideja tai fykobiliproteiineja , jotka myös absorboivat valoa ja siirtävät sen energiaa valojärjestelmän pääpigmentille. Jotkut näistä lisäpigmenteistä, erityisesti karotenoidit, imevät ja haihduttavat ylimääräistä valoenergiaa ja ovat antioksidantteja .
Valosysteemeihin liittyvillä klorofylleillä ja pigmenteillä on erilaiset absorptiospektrit , koska eri klorofyllien spektrit ovat modifioituja niiden paikallisen proteiiniympäristön vaikutuksesta tai koska lisäpigmenteillä on merkittäviä rakenteellisia eroja. Tämän seurauksena luonnollisissa olosuhteissa kaikkien pigmenttien yhdistetty absorptiospektri on laajempi kuin kunkin niistä erikseen. Tämän ansiosta kasvit ja levät voivat absorboida suuremman alueen näkyvää ja infrapunasäteilyä . Useimmat fotosynteettiset organismit eivät absorboi vihreää valoa, joten metsän lehtikatoksen alla tai runsaan planktonvesikerroksen alla vihreä valo vallitsee. Tätä spektriefektiä kutsutaan "vihreäksi ikkunaksi". Jotkut organismit, kuten sinilevät ja punalevät , sisältävät lisäpigmenttejä, joita kutsutaan fykobiliproteiineiksi , joiden avulla ne voivat imeä vihreää valoa, joka tunkeutuu syvälle niiden elinympäristöön.
Vesiekosysteemeissä suurin vaikutus spektriin on veden ja siihen liuenneen orgaanisen aineksen imeytyminen. Tämä määrittää tärkeimmät ekologiset markkinaraot fototrofisille organismeille. Kuusi olkapää (absorptiohajoaminen) veden absorptiospektrissä aallonpituuksilla 400-1100 nm vastaa vähintään kahtakymmentä erilaista fototrofista bakteerilajia. Toinen vaikutus johtuu veden yleisestä taipumuksesta absorboida matalataajuista valoa, kun taas orgaaniset aineet absorboivat korkeataajuista valoa. Tästä syystä avomeri näyttää siniseltä ja siinä on runsaasti keltaisia fototrofisia lajeja , kuten Prochlorococcus , joka sisältää divinyyliklorofylliä a ja b . Synechococcus on fykoerytriini värjäänyt punaiseksi ja sopeutunut rannikko-olosuhteisiin, kun taas fykosyaniini mahdollistaa näiden sinilevien menestymisen tummemmissa vesissä [1] .