| Fykoerytriini, α/β-ketjut | |
|---|---|
| Tunnisteet | |
| Symboli | Phycoerythr_ab |
| Pfam | PF02972 |
| Interpro | IPR004228 |
| SCOP | 1qgw |
| SUPERPERHE | 1qgw |
| Saatavilla olevat proteiinirakenteet | |
| Pfam | rakenteet |
| ATE | RCSB ATE ; PDBe ; ATEj |
| ATE-summa | 3D malli |
Fykoerytriini ( muista kreikkalaisista sanoista φῦκος - levät ja ἐρῠθρός - punainen) on ylimääräinen punainen fotosynteettinen pigmentti , jota löytyy syanobakteereista ja punalevistä . Fykoerytriini, kuten kaikki fykobiliproteiinit , koostuu proteiiniosasta, joka koostuu α- ja β-hiukkasista, jotka on organisoitunut kuusikulmioon ja jotka on kovalenttisesti kytketty kromoforeihin , joita kutsutaan fykobiliineiksi . Fykoerytriinit pystyvät sitoutumaan suurimpaan määrään fykobiliineja (jopa kuusi α-β-dimeeriä kohti).
Absorptiomaksimi spektrin näkyvässä osassa on noin 495 ja 546/566 nm ja riippuu tietystä organismista . Emissiohuippu on alueella 575 ± 10 nm (fykoerytriini absorboi vaaleanvihreää-sinistä/keltaista valoa ja emittoi vaaleankeltaista-oranssia).
Phycoeryrin on klorofyllin apupigmentti . Valoenergia vangitaan fykoerytriinillä ja siirretään sitten reaktiokeskukseen fykobiliproteiinien fykosyaniinin ja allofykosyaniinin kautta .
R-fykoerytriiniä käytetään laboratorioissa fluoresoivana indikaattorina syanobakteerien esiintymiselle ja vasta -aineiden leimaamiseen immunofluoresenssi - nimisellä tekniikalla . On myös muita fykoerytriinejä, kuten B-fykoerytriiniä, joilla on hieman erilaiset spektriominaisuudet. B-fykoerytriini absorboi pääasiassa noin 545 nm (vaalean kellertävän vihreä) ja emittoi 572 nm (keltainen), joten se soveltuu paremmin joihinkin laboratoriotarkoituksiin. B-fykoerytriini on myös vähemmän tahmea kuin R-fykoerytriini ja se on vähemmän herkkä taustasignaaleille johtuen epäspesifisestä sitoutumisesta joissakin olosuhteissa.
R-fykoerytriini ja B-fykoerytriini ovat kirkkaimpia löydettyjä fluoresoivia väriaineita.
R-fykoerytriiniä tuottavat pääasiassa punalevät. Proteiini koostuu kolmesta eri alayksiköstä, ja sen koostumus vaihtelee riippuen sitä tuottavista levistä. Yleisin R-fykoerytriinin alayksiköiden järjestely on (αβ) 6 γ. Kaksi fykoerytrobiliinia (PEB) on kiinnittynyt α-alayksikköön, kaksi tai kolme PEB:tä ja yksi fykourobiliini (FUB) on kiinnittynyt β-alayksikköön, mutta γ-alayksikkö sisältää tuoreiden tietojen mukaan kolme PEB:tä ja kaksi FUB:ta (γ1) tai yhden. tai kaksi PEB:tä ja yksi FUB (γ2). R-fykoerytriinin molekyylipaino on 250 000 daltonia .
Kuten edellä mainittiin, fykoerytriiniä löytyy monista eri tyypeistä levistä, ja siksi sitä on monia lajikkeita, jotka eroavat fotosynteesin helpottamiseksi vaaditun valon absorptio- ja emissiotasosta . Tämä voi johtua levien asettumisesta vesipatsaan ja siitä johtuvasta muutoksesta apupigmentin tehokkuudessa.
Nopean valovalkaisun välttämiseen tähtäävän teknologian kehittyessä proteiinifluoroforeista on tullut tehokas työkalu tutkimukseen esimerkiksi mikroskopiassa , mikrotubulusanalyysissä ja Western blottingissa. Kaiken tämän valossa tutkijoille on tullut edullista etsiä R-fykoerytriinin lajikkeita määrittääkseen kullekin tutkimustyypille sopivimman. Pieninkin fluoresenssin lisäys voi vähentää taustakohinaa ja vähentää vääriä negatiivisia.