Deamidaatio on kemiallinen reaktio, jossa amidifunktionaalinen ryhmä poistetaan orgaanisesta yhdisteestä . Biokemiassa reaktiolla on tärkeä rooli proteiinien hajoamisessa, koska se vahingoittaa aminohappojen asparagiinin ja glutamiinin amidipitoisia sivuketjuja .
Asparagiinitähteen deamidaatio tapahtuu proteiinissa fysiologisissa olosuhteissa seuraavasti. Seuraavan aminohappotähteen typpi hyökkää asparagiinin sivuketjuun, jolloin muodostuu välituoteyhdiste - sukkinimidi, joka on asymmetrisesti rakennettu polypeptidiketjuun. Epäsymmetrian vuoksi jälkimmäinen voi hydrolysoitua joko aspartaattitähteeksi tai isoaspartaatin beeta-aminohappotähteeksi. Tätä prosessia pidetään deamidaationa, koska amidi asparagiinin sivuketjussa korvataan karboksyyliryhmällä . Samanaikaisesti tällainen reaktio voi tapahtua asparagiinin lisäksi myös aspartaatin sivuketjun osallistuessa, mikä johtaa sen muuttumiseen isoaspartaatiksi.
Deamidaatio tapahtuu paljon nopeammin, jos seuraavassa aminohappotähteessä on pieni tai joustava sivuketju. Esimerkki on glysiini , jolla on minimaalinen steerinen este peptidiryhmän hyökkäykselle. Deamidaatiota suosivat korkeat pH-arvot (>10) ja lämpötilat.
Oletettavasti deamidaatio on yksi proteiinimolekyylien toimivuutta rajoittavista tekijöistä.