Rakennegenomiikka
Rakennegenomiikka pyrkii kuvaamaan kunkin tietyn genomin koodaaman proteiinin kolmiulotteisen rakenteen . Käytetään kokeellisten ja mallintavien lähestymistapojen yhdistelmää. Perimmäinen ero rakenteellisen genomiikan ja perinteisen rakenteellisen ennustamisen välillä on se, että rakennegenomiikka yrittää määrittää jokaisen genomin koodaaman proteiinin rakenteen sen sijaan, että keskittyisi yhteen tiettyyn proteiiniin. Kun täydet genomisekvenssit ovat saatavilla, rakenteen ennustaminen voidaan tehdä nopeammin käyttämällä kokeellisten ja mallintavien lähestymistapojen yhdistelmää, varsinkin koska suuri määrä järjestettyjä genomeja ja aiemmin erotettuja proteiinirakenteita antaa tutkijoille mahdollisuuden rakentaa aiemmin erotettujen homologien rakenteisiin.
Koska proteiinin rakenne liittyy läheisesti proteiinin toimintaan, rakennegenomiikka mahdollistaa proteiinin toimintojen tuntemisen. Proteiinitoimintojen selvittämisen lisäksi rakennegenomiikkaa voidaan käyttää uusien proteiinilaskosten ja mahdollisten lääkekehityksen kohteiden tunnistamiseen.
Menetelmät
Rakennegenomiikassa käytetään täydellisiä genomin sekvenssejä useilla tavoilla proteiinirakenteiden määrittämiseen. Kohdeproteiinin geenisekvenssiä voidaan verrata tunnettuun sekvenssiin, ja rakenneinformaatiota voidaan sitten päätellä tunnetun proteiinin rakenteesta. Rakennegenomiikassa voidaan käyttää mallinnukseen perustuvaa lähestymistapaa, joka perustuu tuntemattoman proteiinin ja ratkaistujen proteiinien rakenteen yhteensovittamiseen.
Katso myös
Kirjallisuus
- Chandonia JM, Brenner SE Rakenteellisen genomiikan vaikutus: odotukset ja tulokset // Science : Journal. - 2006. - tammikuu ( osa 311 , nro 5759 ). - s. 347-351 . - doi : 10.1126/tiede.1121018 . — PMID 16424331 .
 Sanakirjat ja tietosanakirjat |
|---|