Farmakofori ( muista kreikkalaisista sanoista φάρμακον "lääke" ja φορός "kantaja") on joukko spatiaalisia ja elektronisia ominaisuuksia, jotka ovat välttämättömiä optimaalisen supramolekulaarisen vuorovaikutuksen varmistamiseksi tietyn biologisen kohteen kanssa , joka voi aiheuttaa (tai estää) sen biologisen vasteen [1 ] . Farmakoforimalli tekee mahdolliseksi selittää, miksi rakenteellisesti heterogeeniset ligandit ovat vuorovaikutuksessa samojen reseptorikohtien kanssa.
Farmakoforipiirteet (elementit) ymmärretään yleensä farmakoforikeskuksiksi ja niiden keskinäisiksi sijoittumiksi avaruudessa, jotka ovat välttämättömiä tämän tyyppisen biologisen aktiivisuuden ilmentymiselle. Tyypillisiä farmakoforikeskuksia tässä tapauksessa ovat hydrofobiset alueet, aromaattiset renkaat , vetysidoksen luovuttajat ja akseptorit , anioniset ja kationiset keskukset. Farmakoforin yksityiskohtaisempaan kuvaukseen käytetään usein hydrofobisia ja poissuljettuja tilavuuksia sekä vetysidosvektorien ja aromaattisten rengastasojen spatiaalisen orientaation sallittuja välejä .
Ensimmäisen farmakoforin rakensi Monty Kier vuonna 1967 [2] , ja itse termiä ehdotti hän vuonna 1971 [3] [4] . Usein tämä termi liitetään virheellisesti Paul Ehrlichiin , mutta tätä käsitettä ei mainita tai käytetä yleisesti tarjotussa lähteessä [5] eikä hänen muissa teoksissaan [4] .
Farmakoforihakua käytetään laajasti kemiallisten yhdisteiden kirjastojen virtuaalitutkimuksessa , erityisesti tilanteissa, joissa biologisen kohteen rakennetta ei tunneta tai kohdetta itseään ei ole määritelty. Farmakoforihaku etsii vastaavuutta farmakoforin kuvauksen ja hyväksyttävissä olevissa konformaatioissa olevien molekyylien ominaisuuksien välillä tietokannasta .