Ihmisen mikrobiomiprojekti

Human Microbiome Project ( HMP )  on National Institutes of Health  -tutkimusaloite , jonka tarkoituksena on ymmärtää paremmin ihmisen mikrobistoa ja sen vaikutuksia ihmisten terveyteen ja siihen liittyviä kysymyksiä . Vuonna 2007 käynnistetyn hankkeen ensimmäinen vaihe [1] keskittyi ihmisen mikroflooran tunnistamiseen ja karakterisointiin . Toinen vaihe, joka tunnetaan nimellä Human Microbiome Integrative Project (HMP), alkoi vuonna 2014, ja sen tavoitteena oli kehittää resurssipohja mikrobiomin karakterisoimiseksi ja mikrobien roolin selvittämiseksi ihmisten terveydessä ja sairaustiloissa. Tämä ohjelma sai US National Institutes of Health General Fundilta 170 miljoonan dollarin taloudellista tukea vuosina 2007–2016. [2]

Viljelyttömät mikrobiyhteisön karakterisointimenetelmät, kuten metagenomiikka (joka avaa laajan geneettisen perspektiivin tietyssä mikrobiyhteisössä) ja laaja koko genomin sekvensointi (joka tarjoaa "syvän" katsauksen tietyn mikrobiyhteisön tiettyihin näkökohtiin, on tullut tärkeitä komponentteja eli yksittäisiä bakteerilajeja). Tutkimuksen viimeinen komponentti palveli kohdennetun genomin sekvensoinnin syytä – tällä hetkellä  suunnitellaan sekvensoitavan noin 3 000 yksittäistä bakteeri- isolaattia – myöhemmän metagenomisen analyysin aikana. Projekti rahoitti myös bakteerien 16S rRNA :n "syvää" sekvensointia PCR- monistuksen taustaa vasten havainnoiduilla ihmisillä. [3]

Johdanto

Jo ennen PMP:n lanseerausta populaarimediassa ja tieteellisessä kirjallisuudessa kerrottiin usein, että ihmiskehossa on noin 10 kertaa enemmän mikrobisoluja ja 100 kertaa enemmän mikrobigeenejä kuin ihmissoluja. Nämä luvut perustuivat arvioon ihmisen mikrobiomista, joka sisältää noin 100 biljoonaa bakteerisolua, kun taas tyypillisellä aikuisella on noin 10 biljoonaa ihmissolua. [4] Vuonna 2014 American Society for Microbiology julkaisi pamfletin, jossa korostettiin, että mikrobisolujen määrä ja ihmissolujen määrä ovat suunnilleen samat. Todettiin myös, että viimeaikaisten tutkimusten aikana tiedemiehet tulivat siihen tulokseen, että ihmissoluja on noin 37 biljoonaa, mikä viittaa mikrobien ja ihmissolujen suhteeseen 3:1. [5] Vuonna 2016 toinen ryhmä julkaisi uuden arvion 1:1-suhteesta (1,3:1, 25 % epävarmuus ja 53 % varianssi tyypillisessä 70 kilon painoisessa miespopulaatiossa). [6] [7]

Huolimatta erilaisista arvioista ihmiskehon sisällä ja ulkopuolella olevien mikrobien suuresta määrästä, niiden roolista ihmisten terveydessä (ja huonossa terveydessä) tiedettiin vain vähän. Monia mikrobiomin muodostavia organismeja ei ole onnistuneesti eristetty, tunnistettu tai muuten karakterisoitu. Organismit, joiden uskotaan löytyvän ihmisen mikrobiomista, kuuluvat bakteerien , arkealaisen alueen jäsenten , hiivojen ja alkueläinten sekä erilaisten lomien ja virusten määritelmän piiriin , mukaan lukien virukset, jotka infektoivat soluja ihmisen mikrobiomissa ( bakteriofagit ). PMC toimi ihmisen mikrobiomin löytäjänä ja kuvaajana keskittyen kehon suun, ihon, emättimen, maha-suolikanavan ja hengitysteiden alueisiin.

HMP pyrkii vastaamaan joihinkin tämän päivän inspiroivimpiin, ärsyttävimpiin ja yksinkertaisimpiin tieteen peruskysymyksiin. Mikä tärkeintä, hankkeella on potentiaalia poistaa keinotekoisia esteitä lääketieteen mikrobiologian ja ympäristön välillä. Ehkä MMP ei ainoastaan ​​tarjoa uusia tapoja määritellä terveyttä ja sairausherkkyyttä, vaan myös selventää parametreja, joita tarvitaan ihmisen mikroflooran tietoisen hallinnan strategioiden luomiseen, soveltamiseen ja arviointiin, jotta saavutettaisiin laadullisesti uusi taso optimaalisen fysiologisen terveyden kontekstissa. . [kahdeksan]

HMP:tä on kuvattu "loogiseksi, käsitteelliseksi ja kokeelliseksi jatkoksi ihmisgenomiprojektille" . [9] Vuonna 2007 PMP sisällytettiin Yhdysvaltain kansallisten terveysinstituuttien lääketieteellisen tutkimuksen etenemissuunnitelmaan [10] yhtenä uusista tiestä löytöihin . Ihmisen mikrobiomin organisoitu karakterisointi tehdään kansainvälisesti International Human Microbiome Consortiumin kautta .

Ensimmäinen vaihe (2007–2014)

Yhdistämällä monien instituutioiden [11] ponnisteluihin PMC asetti itselleen seuraavat tehtävät [12] :

• Kehitä joukko alkeellisia mikrobigenomin sekvensointituloksia ja tee alustava kuvaus ihmisen mikrobiomista
• Tutki sairauden ja ihmisen mikrobiomin muutosten välistä suhdetta
• Kehittää uusia teknologioita ja työkaluja tietokoneanalyysiin
• Perusta resurssikauppa
• Tutustu ihmisen mikrobiomitutkimuksen eettisiin, oikeudellisiin ja sosiaalisiin vaikutuksiin

Toinen vaihe (2014–2016)

Vuonna 2014 Yhdysvaltain kansalliset terveysinstituutit siirtyivät HMP:n seuraavaan vaiheeseen, joka tunnetaan paremmin nimellä Human Microbiome Integrative Project (HMP).

Hanke yhdisti kolme eri oppilaitoksissa toteutettua osaprojektia. Projektin tehtävänä todettiin seuraava: "...iHMP luo integroituja pitkittäisiä tietokokonaisuuksia sekä itse mikrobiomista että" isännän "biologisista ominaisuuksista perustuen kolmeen eri kohorttitutkimukseen mikrobiomiriippuvaisista olosuhteista käyttämällä useita "-omiikka" (teknologiat)".

Tutkimusmenetelmiin kuuluivat 16S-rRNA -geenin ilmentymisen profilointi, haulikon koko metagenomiikka , koko genomin sekvensointi, metatranskriptomiikka (mikrobigeenien ilmentyminen luonnollisissa elinympäristöissä), metabolomiikka , lipidomiikka ja immunoproteomiikka [13] . iHMP:n keskeiset havainnot julkaistiin vuonna 2019. [neljätoista]

PMC Achievements

Toistaiseksi MMP:n vaikutus voidaan osittain määrittää arvioimalla MMP:n kautta rahoitettua tutkimusta. Yli 650 referoitua julkaisua julkaistiin PMC:n verkkosivuilla kesäkuusta 2009 vuoden 2017 loppuun, ja niitä on lainattu yli 70 000 kertaa [15] . Nyt projektisivusto on arkistoitu, eikä sitä enää päivitetä, vaikka tiedot ovat edelleen julkisesti saatavilla. MMP:n tukemat pääasialliset työluokat ovat:

• Tietokantajärjestelmien kehittäminen, joiden avulla voit tehokkaasti järjestää, tallentaa, käyttää, tutkia ja kommentoida suuria tietomääriä. Näitä ovat Integrated Microbial Genomes -tietokanta ja esikuva-analyysijärjestelmä [16] ; metagenomiset tietojoukot, jotka integroivat eristettyjä mikrobigenomeja [16] ; biokemiallisesti kuvattujen proteiinien tietokanta [17] ; sekä online-genomitietokanta genomi- ja metagenomiprojektien tilan seuraamiseksi ympäri maailmaa niihin liittyvien metatietojen kanssa [18] .
• Vertailutyökalujen kehittäminen, joiden avulla on helpompi tunnistaa monimutkaisissa tietojoukoissa yhteisiä piirteitä, pääteemoja ja trendejä. Näitä ovat muun muassa nopea ja strukturoitu proteiinien samankaltaisuuden hakutyökalu seuraavan sukupolven geneettistä sekvensointia varten [19] ; web-pohjainen RNA-säätötyökalu [20] ; mukautettava web-palvelin nopeaa metagenomista sekvensointia varten [21] ; sekä työkalu fylogeneettisten markkerien tarkkaan ja tehokkaaseen yleistämiseen [22] .
• Uusien menetelmien ja järjestelmien kehittäminen sekvensointia koskevien tietojen keräämiseksi. Ei ole olemassa yhtä algoritmia, joka pystyisi ratkaisemaan kaikki tunnetut lyhytpituisten sekvenssien keräämisen ongelmat [23] , joten seuraavien sukupolvien keräysohjelmat ovat modulaarisia tiedonkeruutyökalujen kokoelmia [24] . Uusia algoritmeja on kehitetty parantamaan luonnosten genomisekvenssien laatua ja käyttökelpoisuutta [25] .
• Luettelon kokoaminen puhtaiden bakteeriviljelmien sekvensoiduista ohjausgenomeista lukuisista kehon kohdista, joihin metagenomisia tuloksia voidaan verrata. Alkuperäinen suunnitelma 600 genomin tunnistamiseksi täyttyi liian kauan sitten; Nykyinen suunnitelma on sisällyttää tähän viiteluetteloon 3 000 genomia, jotka on sekvensoitu vähintään "puoliluonnos"-tilaan. Maaliskuuhun 2012 mennessä 742 genomia on luetteloitu [26] .
• Tietojen analysointi- ja koordinointikeskuksen perustaminen, joka toimii kaikkien PMC-tietojen keskustietovarastona [27] .
• Erilaisten tutkimusten oikeudellisiin ja eettisiin näkökohtiin liittyvien havaintojen tekeminen koko genomin sekvensoinnin alalla [28] [29] [30] [31] .

PMH:n todellisia saavutuksia ovat:

• Uudet ennustavat menetelmät aktiivisten transkriptiotekijäliitosten määrittämiseen [32] .
• Bioinformatiikan todisteisiin perustuva tunnistus laajalle levinneestä, ribosomissa tuotetusta elektronin kantajan esiasteesta [33] .
• Hidastettu kuva ihmisen mikrobiomista [34] .
• Segmentoitujen filamenttibakteerien (SNB) suoliston symbionteina käyttämien ainutlaatuisten adaptaatioiden tunnistaminen [35] . SNB:iden merkitys on, että ne stimuloivat T-auttajasoluja 17 , joiden uskotaan olevan avainrooli autoimmuunisairauksissa .
• Tunnista tapoja erottaa terve ja sairas suoliston mikrobisto [36] .
• Verrucomicrobian tähän mennessä tunnistamattoman hallitsevan roolin määrittäminen maaperän bakteeriyhteisöissä [37] .
• Gardnerella vaginalis - bakteerin virulenssikantojen vahvuuteen vaikuttavien tekijöiden määrittäminen vaginoosissa . [38]
• Suun mikrobiston ja ateroskleroosin välisen suhteen määrittäminen [39] .
• Virulenssitekijöiden vaihdon osoittaminen aivokalvontulehduksen , sepsiksen ja sukupuolitautien kehittymiseen osallistuvien bakteerien Neisseria -suvun patogeenisten edustajien ja niiden symbionttien välillä [40] .

Odottamattomia löytöjä

Ihmisen mikrobiomia koskevan viitetietokannan luomisen lisäksi PMP teki myös useita odottamattomia löydöksiä:

• Mikrobit edistävät ihmisen selviytymiseen enemmän geenejä kuin ihmisen geenit yksinään. On havaittu, että proteiineja koodaavat bakteerigeenit ovat 360 kertaa yleisempiä kuin vastaavat ihmisen geenit.
• Mikrobien metabolinen aktiivisuus: esimerkiksi rasvojen imeytyminen, joka ei riipu samantyyppisistä bakteereista. Tutkimus on käynnissä.
• Ihmisen mikrobiomin komponentit muuttuvat ajan myötä sairauden muutosten ja lääkkeiden vaikutuksesta. Mikrobiomi kuitenkin palaa jotenkin (tyhjentyneeseen) tasapainotilaan, vaikka bakteerikoostumus olisi muuttunut.

Kliininen käyttö

PMC-tietojen perusteella emättimen mikrobiomin ehtyminen paljastui suurimmalla osalla havaituista naisista välittömästi ennen synnytystä sekä suuri virus-DNA-kuorma niiden lasten nenän mikrofloorassa, joilla on selittämättömiä kuumetta. Lisäksi mikrobiomin tilan muutos (häviö) vahvistettiin erilaisissa ruoansulatuskanavan, ihon, lisääntymiselinten sairauksissa ja mielenterveyshäiriöissä (erityisesti lapsilla ja nuorilla) [41] .

Katso myös

• Ihmisen mikrobiomi

Muistiinpanot

1. ↑ Ihmisen mikrobiomiprojekti : Ihmisen mikrobien monimuotoisuus suurempi kuin aiemmin ennustettiin  . ScienceDaily. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 13. marraskuuta 2019.
2. ↑ Ihmisen mikrobiomiprojekti - Etusivu | NIH:n yhteinen rahasto . commonfund.nih.gov. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 1. toukokuuta 2020. (määrätön)
3. ↑ Ihmisen mikrobiomiprojekti - Etusivu | NIH:n yhteinen rahasto . commonfund.nih.gov. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 17. toukokuuta 2017. (määrätön)
4. ↑ Ihmisen mikrobiomiarviointi (linkki ei saatavilla) . Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 31. joulukuuta 2016. (määrätön) 
5. ↑ Judah L. Rosner. Kymmenen kertaa enemmän mikrobisoluja kuin ihmiskehon soluja?  (englanniksi)  // Microbe Magazine. - 2014-02-01. — Voi. 9 , iss. 2 . — s. 47–47 . — ISSN 1558-7460 1558-7452, 1558-7460 . - doi : 10.1128/mikrobi.9.47.2 . Arkistoitu alkuperäisestä 13. marraskuuta 2019.
6. ↑ Alison Abbott. Tiedemiehet kumoavat myytin siitä, että kehossamme on enemmän bakteereja kuin ihmissoluissa  //  Nature News. - doi : 10.1038/luonto.2016.19136 . Arkistoitu alkuperäisestä 17. tammikuuta 2021.
7. ↑ Ron Sender, Shai Fuchs, Ron Milo. Olemmeko todella paljon vähempiarvoisia? Ihmisten bakteerien ja isäntäsolujen suhteen uudelleen tarkastelu   // Solu . – 28.1.2016. - T. 164 , no. 3 . — S. 337–340 . - ISSN 1097-4172 0092-8674, 1097-4172 . - doi : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . Arkistoitu alkuperäisestä 18. marraskuuta 2017.
8. ↑ Peter J. Turnbaugh, Ruth E. Ley, Micah Hamady, Claire Fraser-Liggett, Rob Knight. Ihmisen mikrobiomiprojekti: itsemme mikrobiosan tutkiminen muuttuvassa maailmassa  // Luonto. – 18.10.2007. - T. 449 , no. 7164 . — S. 804–810 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto06244 . Arkistoitu alkuperäisestä 16. helmikuuta 2020.
9. ↑ Peter J. Turnbaugh, Ruth E. Ley, Micah Hamady, Claire M. Fraser-Liggett, Rob Knight. Ihmisen mikrobiomiprojekti   // Luonto . - 2007-10. — Voi. 449 , iss. 7164 . — s. 804–810 . — ISSN 1476-4687 . - doi : 10.1038/luonto06244 . Arkistoitu 19. lokakuuta 2019.
10. ↑ NIH Common Fund - Tietoja NIH:n etenemissuunnitelmasta . web.archive.org. Käyttöönottopäivä: 13.11.2019. (määrätön)
11. ↑ Ihmisen mikrobiomiprojektin rahoittama tutkimus . commonfund.nih.gov. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 13. marraskuuta 2019. (määrätön)
12. ↑ Ihmisen mikrobiomiprojekti - Ohjelmaaloitteet . commonfund.nih.gov. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 13. marraskuuta 2019. (määrätön)
13. ↑ NIH Human Microbiome Project - Tietoja ihmisen mikrobiomista . hmpdacc.org. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 30. heinäkuuta 2019. (määrätön)
14. ↑ Lita Proctor, Jonathan LoTempio, Aron Marquitz, Phil Daschner, Dan Xi. Katsaus ihmisen mikrobiomitutkimustoimintaan 10 vuoden ajalta Yhdysvaltain kansallisessa terveysinstituutissa, Fiscal Years 2007-2016  // Microbiome. - 26-02-2019. - T. 7 , no. 1 . - S. 31 . — ISSN 2049-2618 . - doi : 10.1186/s40168-019-0620-y .
15. ↑ Ihmisen mikrobiomiprojekti - Etusivu | NIH:n yhteinen rahasto . commonfund.nih.gov. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 21. marraskuuta 2019. (määrätön)
16. ↑ 1 2 Victor M. Markowitz, I-Min A. Chen, Krishna Palaniappan, Ken Chu, Ernest Szeto. IMG: integroitu mikrobigenomitietokanta ja vertaileva analyysijärjestelmä  // Nucleic Acids Research. – 2012-1. - T. 40 , no. Tietokantaongelma . — P. D115–D122 . — ISSN 0305-1048 . doi : 10.1093 / nar/gkr1044 . Arkistoitu 26. toukokuuta 2021.
17. ↑ Ramana Madupu, Alexander Richter, Robert J. Dodson, Lauren Brinkac, Derek Harkins. CharProtDB: tietokanta kokeellisesti karakterisoiduista proteiinimerkinnöistä  // Nucleic Acids Research. – 2012-1. - T. 40 , no. Tietokantaongelma . — s. D237–D241 . — ISSN 0305-1048 . doi : 10.1093 / nar/gkr1133 .
18. ↑ Ioanna Pagani, Konstantinos Liolios, Jakob Jansson, I-Min A. Chen, Tatyana Smirnova. Genomes OnLine Database (GOLD) v.4: genomi- ja metagenomiprojektien tila ja niihin liittyvät metatiedot  // Nucleic Acids Research. – 2012-1. - T. 40 , no. Tietokantaongelma . — s. D571–D579 . — ISSN 0305-1048 . - doi : 10.1093/nar/gkr1100 .
19. ↑ Yongan Zhao, Haixu Tang, Yuzhen Ye. RAPSearch2: nopea ja muistitehokas proteiinien samankaltaisuuden hakutyökalu seuraavan sukupolven sekvensointitiedoille  // Bioinformatics. – 1.1.2012. - T. 28 , no. 1 . — S. 125–126 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btr595 . Arkistoitu alkuperäisestä 27. helmikuuta 2021.
20. ↑ Jesse Stombaugh, Jeremy Widmann, Daniel McDonald, Rob Knight. Boulder ALignment Editor (ALE): verkkopohjainen RNA-kohdistustyökalu  // Bioinformatics. – 15.6.2011. - T. 27 , no. 12 . - S. 1706-1707 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btr258 .
21. ↑ Sitao Wu, Zhengwei Zhu, Liming Fu, Beifang Niu, Weizhong Li. WebMGA: muokattavissa oleva verkkopalvelin nopeaan metagenomiseen sekvenssianalyysiin  // BMC Genomics. – 07.09.2011. - T. 12 . - S. 444 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-12-444 .
22. ↑ Mohammadreza Ghodsi, Bo Liu, Mihai Pop. DNACLUST: tarkka ja tehokas fylogeneettisten markkerigeenien klusterointi  // BMC Bioinformatics. – 30.6.2011. - T. 12 . - S. 271 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-12-271 .
23. ↑ Guohui Yao, Liang Ye, Hongyu Gao, Patrick Minx, Wesley C. Warren. Kaavio seuraavan sukupolven sekvenssikokoonpanojen mukaan  // Bioinformatiikka. – 1.1.2012. - T. 28 , no. 1 . - S. 13-16 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btr588 .
24. ↑ Todd J. Treangen, Dan D. Sommer, Florent E. Angly, Sergey Koren, Mihai Pop. Seuraavan sukupolven sekvenssikokoonpano AMOS:lla  //  Bioinformatiikan nykyiset protokollat. - 2011. - Voi. 33 , iss. 1 . — P. 11.8.1–11.8.18 . — ISSN 1934-340X . - doi : 10.1002/0471250953.bi1108s33 .
25. ↑ Sergey Koren, Jason R Miller, Brian P Walenz, Granger Sutton. Algoritmi automaattiseen sulkemiseen kokoonpanon aikana  // BMC Bioinformatics. – 10.9.2010. - T. 11 . - S. 457 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-11-457 .
26. ↑ NIH:n ihmisen mikrobiomiprojekti - HMRGD . www.hmpdacc.org. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 3. kesäkuuta 2020. (määrätön)
27. ↑ NIH:n ihmisen mikrobiomiprojekti - Etusivu . www.hmpdacc.org. Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 8. toukokuuta 2020. (määrätön)
28. ↑ Abraham P. Schwab, Lily Frank, Nada Gligorov. Sanotaan yksityisyys, tarkoittaa luottamuksellisuutta  // The American Journal of Bioethics. – 11.11.2011. - T. 11 , no. 11 . — S. 44–45 . — ISSN 1526-5161 . - doi : 10.1080/15265161.2011.608243 .
29. ↑ Rosamond Rhodes, Jody Azzouni, Stefan Bernard Baumrin, Keith Benkov, Martin J. Blaser. De minimis -riski: ehdotus uudelle tutkimusriskikategorialle  // The American Journal of Bioethics. – 11.11.2011. - T. 11 , no. 11 . - S. 1-7 . — ISSN 1526-5161 . doi : 10.1080 / 15265161.2011.615588 .
30. ↑ Amy L. McGuire, James R. Lupski. Henkilökohtainen genomitutkimus: mitä osallistujalle pitäisi kertoa?  // Genetiikan suuntaukset : TIG. – 2010-5. - T. 26 , no. 5 . — S. 199–201 . — ISSN 0168-9525 . - doi : 10.1016/j.tig.2009.12.007 . Arkistoitu 25. toukokuuta 2021.
31. ↑ Richard R. Sharp, Jean-Paul Achkar, Margaret A. Brinich, Ruth M. Farrell. Potilaiden auttaminen tekemään tietoisia valintoja probiooteista: tutkimuksen tarve  // ​​American Journal of gastroenterology. – 2009-4. - T. 104 , no. 4 . — S. 809–813 . — ISSN 0002-9270 . - doi : 10.1038/ajg.2008.68 . Arkistoitu alkuperäisestä 23. tammikuuta 2022.
32. ↑ Gabriel Cuellar-Partida, Fabian A. Buske, Robert C. McLeay, Tom Whitington, William Stafford Noble. Epigeneettiset priorit aktiivisten transkriptiotekijän sitoutumiskohtien tunnistamiseen  // Bioinformatics. – 1.1.2012. - T. 28 , no. 1 . — S. 56–62 . — ISSN 1367-4803 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btr614 .
33. ↑ Daniel H Haft. Bioinformaattinen todiste laajalti levinneestä, ribosomaalisesti tuotetusta elektronin kantajaprekursorista, sen kypsymisproteiineista ja sen nikotinoproteiinien redox-kumppaneista  // BMC Genomics. – 11.1.2011. - T. 12 . - S. 21 . — ISSN 1471-2164 . - doi : 10.1186/1471-2164-12-21 . Arkistoitu alkuperäisestä 26. helmikuuta 2022.
34. ↑ J Gregory Caporaso, Christian L Lauber, Elizabeth K Costello, Donna Berg-Lyons, Antonio Gonzalez. Liikkuvia kuvia ihmisen mikrobiomista  // Genomibiologia. - 2011. - T. 12 , no. 5 . - S. R50 . — ISSN 1465-6906 . - doi : 10.1186/gb-2011-12-5-r50 . Arkistoitu alkuperäisestä 12. tammikuuta 2021.
35. ↑ Andrew Sczesnak, Nicola Segata, Xiang Qin, Dirk Gevers, Joseph F. Petrosino. Th17-soluja indusoivien segmentoitujen rihmamaisten bakteerien genomi paljastaa laajan auksotrofian ja mukautumiset suoliston ympäristöön  // Soluisäntä ja mikrobi. – 15.9.2011. - T. 10 , no. 3 . — S. 260–272 . — ISSN 1931-3128 . - doi : 10.1016/j.chom.2011.08.005 . Arkistoitu alkuperäisestä 26. helmikuuta 2021.
36. ↑ Sonia A. Ballal, Carey Ann Gallini, Nicola Segata, Curtis Huttenhower, Wendy S. Garrett. Isäntä- ja suoliston mikrobiotan symbioottiset tekijät: oppitunteja tulehduksellisesta suolistosairaudesta ja onnistuneista symbionteista  //  Cellular Microbiology. - 2011. - Voi. 13 , iss. 4 . — s. 508–517 . — ISSN 1462-5822 . - doi : 10.1111/j.1462-5822.2011.01572.x .
37. ↑ Gaddy T. Bergmann, Scott T. Bates, Kathryn G. Eilers, Christian L. Lauber, J. Gregory Caporaso. Verrucomicrobian alitunnustettu dominanssi maaperän bakteeriyhteisöissä  // Maaperän biologia ja biokemia. – 2011-7. - T. 43 , no. 7 . - S. 1450-1455 . — ISSN 0038-0717 . - doi : 10.1016/j.soilbio.2011.03.012 . Arkistoitu 29. toukokuuta 2020.
38. ↑ Carl J. Yeoman, Suleyman Yildirim, Susan M. Thomas, A. Scott Durkin, Manolito Torralba. Gardnerella vaginalis -kantojen vertaileva genomiikka paljastaa merkittäviä eroja aineenvaihdunta- ja virulenssipotentiaalissa  // PLoS ONE. – 26.8.2010. - T. 5 , no. 8 . — ISSN 1932-6203 . - doi : 10.1371/journal.pone.0012411 .
39. ↑ Omry Koren, Aymé Spor, Jenny Felin, Frida Fåk, Jesse Stombaugh. Ihmisen suun, suoliston ja plakin mikrobiota potilailla, joilla on ateroskleroosi  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. – 15.3.2011. - T. 108 , no. Joustava 1 . — S. 4592–4598 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.1011383107 . Arkistoitu alkuperäisestä 25. helmikuuta 2021.
40. ↑ Pradeep Reddy Marri, Mary Paniscus, Nathan J. Weyand, María A. Rendón, Christine M. Calton. Genomin sekvensointi paljastaa laajalle levinneen virulenssigeeninvaihdon ihmisen Neisseria-lajeissa  // PLoS ONE. – 28.7.2010. - T. 5 , no. 7 . — ISSN 1932-6203 . doi : 10.1371/ journal.pone.0011835 .
41. ↑ NIH Human Microbiome Project määrittelee  kehon normaalin bakteerirakenteen . National Institutes of Health (NIH) (31. elokuuta 2015). Haettu 13. marraskuuta 2019. Arkistoitu alkuperäisestä 13. lokakuuta 2015.

Linkit

• Hankkeen "Human Microbiome" virallinen tietosivu