28S rRNA

Kokeneet kirjoittajat eivät ole vielä tarkistaneet sivun nykyistä versiota, ja se voi poiketa merkittävästi 9.6.2021 tarkistetusta versiosta . tarkastukset vaativat 4 muokkausta .

28S ribosomaalinen RNA on eukaryoottisten sytoplasmisten ribosomien suuren alayksikön rakenteellinen ribosomaalinen RNA (rRNA) ja siten yksi kaikkien eukaryoottisolujen pääkomponenteista. Se on 25S kasveissa ja 28S nisäkkäissä, mistä johtuu nimi 25S-28S rRNA [1] .

Yhdessä 5'-puolella olevaan 5,8S-rRNA :han se on prokaryoottisen 23S :n ja mitokondrion ribosomaalisen RNA:n 16S:n eukaryoottinen tumahomologi [2] [3] [4] .

Käyttö fylogiassa

28S rRNA:ta koodaavia geenejä kutsutaan 28S rDNA:ksi. Näiden geenien sekvenssivertailua käytetään joskus molekyylianalyysissä fylogeneettisten puiden rakentamiseen , kuten alkueläimissä , [5] sienissä , [6] hyönteisissä , [7] tardigradeissa [8] ja selkärankaisissa [ 9] [10] .

Koostumus

28S rRNA on yleensä 4000–5000 nt pitkä [11] .

Joissakin eukaryooteissa ribosomissa oleva 28S-rRNA on jaettu kahteen osaan, mikä voi [11] tapahtua sekä ennen ribosomin kokoamista että sen jälkeen. Viimeksi mainitun osoittaa viiltokohdan pinnallinen sijainti yhdessä tutkimuksessa [11] [12] . Ilmiötä kutsutaan "hidden break" (hidden break) [11] .

Tietokannat

Useat tietokannat tarjoavat rinnastuksia ja huomautuksia LSU-rRNA-sekvensseistä vertailua varten:

Muistiinpanot

  1. ↑ Lodish, Harvey F. Molekyylisolubiologia  / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. - Scientific American Books, 1995-01-01. - ISBN 978-0-7167-2380-6 .
  2. ↑ Eperon, IC (1980-07-31). "Ihmisen mitokondrioiden ribosomaalisten RNA-geenien erottuva sekvenssi". luonto __ _ ]. 286 (5772): 460-467. DOI : 10.1038/286460a0 . PMID  6157106 .
  3. ↑ Doris, Stephen M. (lokakuu 2015). "Universaalit ja domeenispesifiset sekvenssit 23S–28S-ribosomaalisessa RNA:ssa, jotka on tunnistettu laskennallisella fylogenetiikalla." RNA . 21 (10): 1719-1730. DOI : 10.1261/rna.051144.115 .
  4. ↑ Lafontaine, DLJ (2001). "Ribosomien toiminta ja synteesi". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (7): 514-520. DOI : 10.1038/35080045 . PMID  11433365 .
  5. ↑ Baroin, A. (1988-05-01). "Yksisoluisten eukaryoottien osittainen fylogia, joka perustuu 28S ribosomaalisen RNA:n osan nopeaan sekvensointiin". Proceedings of the National Academy of Sciences ]. 85 (10): 3474-3478. DOI : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . PMID 3368456 .  
  6. ↑ James, Timothy Y. (2006). "Sienten varhaisen evoluution rekonstruoiminen kuuden geenin fysiologian avulla". luonto . 443 (7113): 818-822. DOI : 10.1038/luonto05110 . PMID  17051209 .
  7. ↑ Whiting, Michael F. (1997-03-01). Strepsiptera-ongelma: 18S- ja 28S-ribosomaalisista DNA-sekvensseistä ja morfologiasta päätelty holometabolisten hyönteisryhmien fysiologia. Systemaattinen biologia _ ]. 46 (1):1-68. DOI : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157 . PMID  11975347 .
  8. ↑ Jørgensen, Aslak (2010-03-01). "Arthrotardigradan (Tardigrada) molekyylifilogenia". Molekyylifilogenetiikka ja evoluutio . 54 (3): 1006-1015. DOI : 10.1016/j.ympev.2009.10.006 . PMID  19822216 .
  9. ↑ Le, Hoc Lanh Vân (1993-03-01). "Gnathostomien 28S-rRNA-pohjainen fysiologia: ensimmäiset askeleet konfliktien ja yhteensopivuuden analysoinnissa morfologisesti perustuvien kladogrammien kanssa." Molekyylifilogenetiikka ja evoluutio . 2 (1): 31-51. DOI : 10.1006/mpev.1993.1005 . PMID  8081546 .
  10. ↑ Mallatt, Jon (joulukuu 1998). "28S- ja 18S-rDNA-sekvenssit tukevat nahkiaisten ja kalojen monofyliaa" . Molekyylibiologia ja evoluutio . 15 (12): 1706-1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . PMID  9866205 .
  11. ↑ 1 2 3 4 Natsidis, Paschalis (joulukuu 2019). "28S ribosomaalisten RNA:iden piilokatkojen laskennallinen löytö eukaryoottien välillä ja seuraukset RNA:n eheysluvuille." tieteellisiä raportteja . 9 (1): 19477. doi : 10.1038 /s41598-019-55573-1 .
  12. ↑ Ben-Shem, A. et ai. Eukaryoottisen ribosomin rakenne 3,0 Å:n resoluutiolla. Tiede. 334, 1524–1529 (2011).
  13. ↑ Ribosomal Database Project . RDP-julkaisu 11, päivitys 5 (30. syyskuuta 2016). Haettu 31. joulukuuta 2016. Arkistoitu alkuperäisestä 19. elokuuta 2020.
  14. ↑ Olsen, GJ (11.5.1992). "Ribosomal Database Project". Nukleiinihappotutkimus . 20 (suppl): 2199-2200. DOI : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN  0305-1048 . PMID  1598241 .
  15. ↑ Cole, James R. (2014-01-01). "Ribosomal Database Project: data ja työkalut suuren suorituskyvyn rRNA-analyysiin." Nukleiinihappotutkimus . 42 (D1): D633-D642. doi : 10.1093/nar/ gkt1244 . ISSN 0305-1048 . PMID24288368 _ _  
  16. ↑ Quast, C. (2013-01-01). "SILVA ribosomaalisen RNA:n geenitietokantaprojekti: parannettu tietojenkäsittely ja verkkopohjaiset työkalut." Nukleiinihappotutkimus . 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093/nar/ gks1219 . ISSN 0305-1048 . PMID 23193283 .