SATB1

SATB homeobox 1

ATE on esitetty 1 vuoden esimerkissä.

Käytettävissä olevat rakenteet

Ortologinen haku: PDBe , RCSB

Luettelo ATE:n tunnuksista
1YSE , 2L1P , 2O49 , 2O4A , 3NZL , 3TUO

Tunnisteet

Symboli

SATB1

Ulkoiset tunnukset

OMIM: 602075 MGI : 105084 Homologeeni : 2232 GeneCards : SATB1 Gene

Geeniontologia
Toiminto	• kromatiinin sitominen • kaksijuosteisen DNA:n sitoutuminen • sekvenssispesifinen DNA:ta sitova transkriptiotekijäaktiivisuus • proteiinisitoutuminen • sekvenssispesifinen DNA:n sitoutuminen
solukomponentti	• ydin • nukleoplasma • tumaheterokromatiini • tumamatriisi • PML-runko
biologinen prosessi	• RNA-polymeraasi II -promoottorin transkription negatiivinen säätely • kromatiinin organisoituminen • kromatiinin uudelleenmuotoilu • transkriptio, DNA-templaatti • apoptoottinen prosessi • solukomponenttien hajoaminen, joka osallistuu apoptoosin toteutusvaiheeseen • epidermiksen kehitys • virusprosessi • histonien metylaatio • CD4-positiivinen, alfa-beeta T-solujen erilaistuminen • CD8-positiivinen, alfa-beeta T-solujen erilaistuminen • aktivoitu T-solujen lisääntyminen • refleksi
Lähteet: Amigo / QuickGO

RNA-ekspressioprofiili

Lisää tietoa

ortologit

Näytä

Ihmisen

Hiiri

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (proteiini)

Locus (UCSC)

Chr 3:
18,39 – 18,49 Mb

Chr 17:
51,74 – 51,83 Mb

Hae PubMedistä

[yksi]

[2]

ATB1 (Special AT-Rich Binding Sequence Protein 1) on SATB1 -geenin koodaama proteiini ihmisissä [1] .

Toiminto

SATB1, maailmanlaajuinen kromatiinin järjestäjä ja transkriptiotekijä , on noussut keskeiseksi korkeamman asteen tekijäksi kromatiiniarkkitehtuurin integroinnissa geenisäätelyyn [2] . Viimeaikaiset tutkimukset ovat paljastaneet SATB1:n roolin kromatiinin kierron organisoinnissa ja sen dynaamisessa vasteessa fysiologisiin ärsykkeisiin [3] . Genomitasolla SATB1 :llä näyttää olevan tärkeä rooli transkriptionaalisesti tasapainotetun kromatiinin järjestämisessä. SATB1 järjestää MHC-luokan I-lokuksen erilaisiin kromatiinisilmukoihin sitomalla ydintemplaattien MAR:t kiinteille etäisyyksille. SATB1:n hiljentäminen jäljittelee IFN-y:n prosessoinnin vaikutuksia MHC luokan I lokuksen arkkitehtuurin kromatiinisilmukkaan ja muutoksia geenin ilmentymiseen lokuksessa. SATB1:n on myös osoitettu aiheuttavan rintasyöpäkasvaimen kasvua ja etäpesäkkeitä muuttamalla suuren määrän geenien ilmentymistä.

Vuorovaikutuksia

SATB1:n on osoitettu olevan vuorovaikutuksessa HDAC1 [ 4] , SMARCA5 [4] , MTA2 [4] , CHD4 [4] , CUTL1 [5] , POLR2J [6] ja BAZ1A [4] kanssa .

Muistiinpanot

↑ Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1 . Arkistoitu alkuperäisestä 5. joulukuuta 2010. (määrätön)
↑ Pavan Kumar P., Purbey PK, Sinha CK, Notani D., Limaye A., Jayani RS, Galande S. SATB1:n, globaalin geenisäätelijän, fosforylaatio toimii molekyylikytkimenä, joka säätelee sen transkriptioaktiivisuutta in vivo // Mol. solu : päiväkirja. - 2006. - Huhtikuu ( osa 22 , nro 2 ) - s. 231-243 . - doi : 10.1016/j.molcel.2006.03.010 . — PMID 16630892 .
↑ Galande S., Purbey PK, Notani D., Kumar PP Geenisäätelyn kolmas ulottuvuus: SATB1:n dynaamisen kromatiinisilmukan järjestäminen // Curr . Opin. Genet. kehittäjä : päiväkirja. - 2007. - lokakuu ( osa 17 , nro 5 ). - s. 408-414 . - doi : 10.1016/j.gde.2007.08.003 . — PMID 17913490 .
↑ 1 2 3 4 5 Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 kohdistaa kromatiinin uudelleenmuotoilun säätelemään geenejä pitkien etäisyyksien päässä // Nature : Journal. - Englanti, 2002. - lokakuu ( nide 419 , nro 6907 ). - s. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto01084 . — PMID 12374985 .
↑ Liu, J; Barnett A; Neufeld EJ; Dudley J P. Homeoproteiinit CDP ja SATB1 ovat vuorovaikutuksessa: potentiaali kudosspesifiseen sääntelyyn // Mol . solu. Biol. : päiväkirja. - YHDYSVALLAT, 1999. - Heinäkuu ( osa 19 , nro 7 ). - P. 4918-4926 . — ISSN 0270-7306 . — PMID 10373541 .
↑ Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G. Tymosyyttispesifinen MAR-sitoutumisproteiini SATB1 on vuorovaikutuksessa in vitro DNA-ohjatun RNA-polymeraasi II:n uuden variantin kanssa, alayksikkö 11 // Genomics : Journal. - Yhdysvallat: Academic Press , 2002. - Kesäkuu ( osa 79 , nro 6 ). - s. 809-817 . — ISSN 0888-7543 . - doi : 10.1006/geno.2002.6772 . — PMID 12036295 .

Kirjallisuus

Dickinson LA, Joh T., Kohwi Y., Kohwi-Shigematsu T. Kudosspesifinen MAR/SAR DNA:ta sitova proteiini, jolla on epätavallinen sitoutumiskohdan tunnistus // Cell : Journal. - Cell Press , 1992. - Voi. 70 , ei. 4 . - s. 631-645 . - doi : 10.1016/0092-8674(92)90432-C . — PMID 1505028 .
Robertson NG, Khetarpal U., Gutierrez-Espeleta GA, et ai. Uusien ja tunnettujen geenien eristäminen ihmisen sikiön sisäkorva-cDNA-kirjastosta käyttämällä subtraktiivista hybridisaatiota ja differentiaalista seulontaa // Genomics : Journal. - Academic Press , 1995. - Voi. 23 , ei. 1 . - s. 42-50 . - doi : 10.1006/geno.1994.1457 . — PMID 7829101 .
Nakagomi K., Kohwi Y., Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T. Uusi DNA:ta sitova motiivi ydinmatriisin kiinnittyessä DNA:ta sitovassa proteiinissa SATB1 // Mol . solu. Biol. : päiväkirja. - 1994. - Voi. 14 , ei. 3 . - P. 1852-1860 . — PMID 8114718 .
Xu L., Deng HX, Xia JH, et ai. SATB1:n osoittaminen ihmisen kromosomivyöhykkeeseen 3p23 in situ -hybridisaatiolla // Cytogenet . Cell Genet. : päiväkirja. - 1997. - Voi. 77 , nro. 3-4 . - s. 205-206 . - doi : 10.1159/000134577 . — PMID 9284917 .
Reddy PH, Stockburger E., Gillevet P., Tagle DA Aikuisen ihmisen aivoista peräisin olevien uusien (CAG)n toistuvien cDNA:iden kartoitus ja karakterisointi oligokaappausmenetelmällä // Genomics : Journal. - Academic Press , 1998. - Voi. 46 , nro. 2 . - s. 174-182 . - doi : 10.1006/geno.1997.5044 . — PMID 9417904 .
Escalier D., Allenet B., Badrichani A., Garchon HJ Xlr -ytimen proteiinin korkea ekspressio epäkypsissä tymosyyteissä ja kolokalisaatio matriisiin liittyvän alueen sitovan SATB1-proteiinin kanssa // J. Immunol. : päiväkirja. - 1999. - Voi. 162 , no. 1 . - s. 292-298 . — PMID 9886398 .
Liu J., Barnett A., Neufeld EJ, Dudley JP Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation // Mol . solu. Biol. : päiväkirja. - 1999. - Voi. 19 , ei. 7 . - P. 4918-4926 . — PMID 10373541 .
Galande S., Dickinson LA, Mian IS, et ai. SATB1:n pilkkoutuminen kaspaasi 6:lla häiritsee PDZ-domeenivälitteistä dimerisaatiota aiheuttaen irtoamisen kromatiinista varhaisessa T-solujen apoptoosissa // Mol . solu. Biol. : päiväkirja. - 2001. - Voi. 21 , ei. 16 . - P. 5591-5604 . - doi : 10.1128/MCB.21.16.5591-5604.2001 . — PMID 11463840 .
Kieffer LJ, Greally JM, Landres I. et ai. Ehdokassäätelyalueen tunnistaminen ihmisen CD8-geenikompleksissa DNaasi I -yliherkkien kohtien ja SATB1:tä ja GATA-3:a sitovien matriisin kiinnittymisalueiden kolokalisoinnilla // J. Immunol. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 168 , nro. 8 . - P. 3915-3922 . - doi : 10.4049/jimmunol.168.8.3915 . — PMID 11937547 .
Durrin LK, Krontiris TG Tymosyyttispesifinen MAR-sitoutumisproteiini SATB1 on vuorovaikutuksessa in vitro DNA-ohjatun RNA-polymeraasi II:n uuden muunnelman kanssa, alayksikkö 11 // Genomics : Journal. - Academic Press , 2002. - Voi. 79 , ei. 6 . - s. 809-817 . - doi : 10.1006/geno.2002.6772 . — PMID 12036295 .
Yasui D., Miyano M., Cai S., et ai. SATB1 kohdistaa kromatiinin uudelleenmuotoilun säätelemään geenejä pitkien etäisyyksien päässä // Luonto . - 2002. - Voi. 419 , no. 6907 . - s. 641-645 . - doi : 10.1038/luonto01084 . — PMID 12374985 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et ai. Yli 15 000 täyspitkän ihmisen ja hiiren cDNA-sekvenssin luominen ja ensimmäinen analyysi // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America : Journal . - 2003. - Voi. 99 , ei. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Cai S., Han HJ, Kohwi-Shigematsu T. SATB1:n säätelemä kudosspesifinen ydinarkkitehtuuri ja geeniekspressio // Nat . Genet. : päiväkirja. - 2003. - Voi. 34 , nro. 1 . - s. 42-51 . - doi : 10.1038/ng1146 . — PMID 12692553 .
Fujii Y., Kumatori A., Nakamura M. SATB1 tekee kompleksin p300:n kanssa ja tukahduttaa gp91(phox)-promoottorin aktiivisuuden (englanniksi) // Microbiol. Immunol. : päiväkirja. - 2004. - Voi. 47 , nro. 10 . - s. 803-811 . - doi : 10.1111/j.1348-0421.2003.tb03438.x . — PMID 14605447 .
Gerhard DS, Wagner L., Feingold EA, et ai. NIH:n täyspitkän cDNA-projektin tila, laatu ja laajennus: Nisäkäsgeenikokoelma (MGC ) // Genome Res. : päiväkirja. - 2004. - Voi. 14 , ei. 10B . - s. 2121-2127 . - doi : 10.1101/gr.2596504 . — PMID 15489334 .
Gocke CB, Yu H., Kang J. Systemaattinen tunnistaminen ja analyysi nisäkkäiden pienten ubiquitin-like modifier substraattien // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2005. - Voi. 280 , no. 6 . - P. 5004-5012 . - doi : 10.1074/jbc.M411718200 . — PMID 15561718 .
Wen J., Huang S., Rogers H., et ai. Varhaisen erytroidisen erilaistumisen aikana ekspressoitu SATB1-perheen proteiini muuttaa globiinigeenin ilmentymistä // Veri : päiväkirja. - American Society of Hematology, 2005. - Voi. 105 , no. 8 . - P. 3330-3339 . - doi : 10.1182/blood-2004-08-2988 . — PMID 15618465 .
Seo J., Lozano MM, Dudley JP . Ydinmatriisin sitoutuminen säätelee SATB1-välitteistä transkription repressiota // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2005. - Voi. 280 , no. 26 . - P. 24600-24609 . - doi : 10.1074/jbc.M414076200 . — PMID 15851481 .
Nakayama Y., Mian IS, Kohwi-Shigematsu T., Ogawa T. SATB1:n ydinkohdistuksen determinantti, genomin järjestäjä T-solulinjassa (englanniksi) // Cell Cycle : päiväkirja. - 2006. - Voi. 4 , ei. 8 . - P. 1099-1106 . — PMID 15970696 .
Rual JF, Venkatesan K., Hao T. et ai. Kohti ihmisen proteiini-proteiini-vuorovaikutusverkoston proteomimittakaavaista karttaa (englanniksi) // Nature : Journal. - 2005. - Voi. 437 , no. 7062 . - s. 1173-1178 . - doi : 10.1038/luonto04209 . — PMID 16189514 .