CHD4

DNA:ta sitovan proteiinin helikaasikromodomeeni 4

PDB on esimerkkinä 1 mm2.

Käytettävissä olevat rakenteet

Ortologinen haku: PDBe , RCSB

Luettelo ATE:n tunnuksista
1MM2 , 1MM3 , 2EE1 , 2L5U , 2L75

Tunnisteet

Symboli

CHD4 ; CHD-4; Mi-2b; Mi2-BETA

Ulkoiset tunnukset

OMIM: 603277 MGI : 1344380 Homologeeni : 68175 GeneCards : CHD4-geeni

EY-numero

3.6.4.12

Geeniontologia
Toiminto	• RNA-polymeraasi II -ydinpromoottorin proksimaalisen alueen sekvenssispesifinen DNA-sitoutuminen • RNA-polymeraasi II:n distaalinen tehostajasekvenssispesifinen DNA:n sitoutuminen • RNA-polymeraasi II:n repressoiva transkriptiotekijän sitoutuminen • DNA:n sitoutuminen • ATP-riippuvainen DNA-helikaasiaktiivisuus • proteiinisitoutuminen • ATP-sitoutuminen • mikrotubulusten sitoutuminen • sinkki-ionien sitoutuminen • nukleosomaalisen DNA:n sitoutuminen
solukomponentti	• ydinkromatiini • tuma • nukleoplasma • sytoplasma • senrosomi • kalvo • NuRD-kompleksi • proteiinikompleksi
biologinen prosessi	• ATP:n katabolinen prosessi • transkriptio, DNA-templaatti • transkription säätely RNA-polymeraasi II -promoottorista • DNA-dupleksin purkautuminen • ATP-riippuvainen kromatiinin uudelleenmuotoilu • karakokoonpano
Lähteet: Amigo / QuickGO

RNA-ekspressioprofiili

Lisää tietoa

ortologit

Näytä

Ihmisen

Hiiri

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (proteiini)

Locus (UCSC)

Chr 12:
6,68 – 6,72 Mb

Chr 6:
125,1 – 125,13 Mb

Hae PubMedistä

[yksi]

[2]

DNA:ta sitova proteiini 4 helikaasikromodomeeni on entsyymi , jota ihmisissä koodaa CHD4 - geeni . [1] [2] [3]

Tämän geenin tuote kuuluu SNF2/RAD54- helikaasiperheeseen . Se on nukleosomaalisen uudelleenmuodostumisen ja deasetylaasikompleksin pääkomponentti ja sillä on tärkeä rooli epigeneettisessä transkription repressiossa . Dermatomyosiittipotilaat kehittävät vasta - aineita tätä proteiinia vastaan. [3]

Vuorovaikutuksia

CHD4:n on osoitettu olevan vuorovaikutuksessa HDAC1 :n , [4] [5] [6] histonideasetylaasi 2 :n , [7] [8] [6] MTA2 :n , [4] SATB1:n [9] ja ATR :n kanssa . [kahdeksan]

Muistiinpanot

↑ Seelig HP, Moosbrugger I., Ehrfeld H., Fink T., Renz M., Genth E. Suurin dermatomyosiittispesifinen Mi-2-autoantigeeni on oletettu helikaasi, joka osallistuu transkription aktivaatioon // Arthritis Rheum : päiväkirja. - 1995. - marraskuu ( osa 38 , nro 10 ). - s. 1389-1399 . - doi : 10.1002/art.1780381006 . — PMID 7575689 .
↑ Seelig HP, Renz M., Targoff IN, Ge Q., Frank MB Dermatomyositis -spesifisen Mi-2-autoantigeenin tärkeimmän antigeenisen proteiinin kaksi muotoa // Arthritis Rheum : päiväkirja. - 1996. - marraskuu ( osa 39 , nro 10 ). - P. 1769-1771 . - doi : 10.1002/art.1780391029 . — PMID 8843877 .
↑ 1 2 Entrez-geeni: CHD4-kromodomaiinihelikaasi-DNA:ta sitova proteiini 4 . (määrätön)
↑ 1 2 Yao, Ya-Li; Yang Wen Ming. Metastaasiin liittyvät proteiinit 1 ja 2 muodostavat erilliset proteiinikompleksit histonideasetylaasiaktiivisuuden kanssa // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - Yhdysvallat, 2003. - lokakuu ( osa 278 , no. 43 ). - P. 42560-42568 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M302955200 . — PMID 12920132 .
↑ Grozinger, CM; Hassig C.A.; Schreiber S L. Kolme proteiinia määrittelee luokan ihmisen histonideasetylaasit, jotka liittyvät hiivan Hda1p:hen (englanniksi) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America : Journal. - YHDYSVALLAT, 1999. - huhtikuu ( osa 96 , nro 9 ). - P. 4868-4873 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
↑ 12 Tong , JK; Hassig C.A.; Schnitzler GR; Kingston RE; Schreiber S L. Kromatiinin deasetylaatio ATP-riippuvaisella nukleosomiremodeling-kompleksilla (englanti) // Nature : Journal. - ENGLANTI, 1998. - lokakuu ( nide 395 , nro 6705 ). - s. 917-921 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. Ehdokas X-kytketty kehitysvammaisuusgeeni on osa uutta histonideasetylaasia sisältävien kompleksien perhettä // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - Yhdysvallat, 2003. - Helmikuu ( nide 278 , no. 9 ). - P. 7234-7239 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
↑ 12 Schmidt, D.R .; Schreiber S L. ATR:n ja nukleosomiremodeling- ja deasetylointikompleksin kahden komponentin, HDAC2:n ja CHD4 :n välinen molekyyliyhteys // Biochemistry: Journal. - YHDYSVALLAT, 1999. - marraskuu ( osa 38 , no. 44 ). - P. 14711-14717 . — ISSN 0006-2960 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
↑ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 kohdistaa kromatiinin uudelleenmuotoilun säätelemään geenejä pitkien etäisyyksien päässä // Nature : Journal. - Englanti, 2002. - lokakuu ( nide 419 , nro 6907 ). - s. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto01084 . — PMID 12374985 .

Kirjallisuus

Denslow SA, Wade PA Ihmisen Mi-2 / NuRD-kompleksi ja geenisäätely // Onkogeeni. - 2007. - Voi. 26 , nro. 37 . - P. 5433-5438 . - doi : 10.1038/sj.onc.1210611 . — PMID 17694084 .
Ge Q., Nilasena DS, O'Brien CA, et ai. Mi-2-autoantigeenin 240 kD:n proteiinin tärkeimmän antigeenialueen molekyylianalyysi // J. Clin. Sijoittaa. : päiväkirja. - 1995. - Voi. 96 , no. 4 . - s. 1730-1737 . - doi : 10.1172/JCI118218 . — PMID 7560064 .
Woodage T., Basrai MA, Baxevanis AD, et ai. CHD-proteiiniperheen karakterisointi (englanniksi) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America : Journal. - 1997. - Voi. 94 , no. 21 . - P. 11472-11477 . - doi : 10.1073/pnas.94.21.11472 . — PMID 9326634 .
Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP, et ai. Dermatomyosiittispesifinen autoantigeeni Mi2 on komponentti kompleksissa, joka sisältää histonideasetylaasi- ja nukleosomien uudelleenmuotoilutoimintoja (englanniksi) // Cell : Journal. - Cell Press , 1998. - Voi. 95 , ei. 2 . - s. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, et ai. Kromatiinin deasetylaatio ATP-riippuvaisella nukleosomiremodeling-kompleksilla (englanniksi) // Nature : Journal. - 1998. - Voi. 395 , no. 6705 . - s. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., et ai. NuRD-alayksiköiden analyysi paljastaa histonideasetylaasiydinkompleksin ja yhteyden DNA:n metylaatioon // Genes Dev . : päiväkirja. - 1999. - Voi. 13 , ei. 15 . - P. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
Schmidt DR, Schreiber SL Molekyyliassosiaatio ATR:n ja nukleosomiremodeling- ja deasetyloivan kompleksin kahden komponentin, HDAC2:n ja CHD4 :n välillä (englanniksi) // Biochemistry : Journal. - 1999. - Voi. 38 , ei. 44 . - P. 14711-14717 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR, et ai. Stabiilit histonideasetylaasikompleksit, jotka erottuvat SANT-domeeniproteiinien CoREST/kiaa0071 ja Mta-L1 läsnäolosta // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2001. - Voi. 276 , nro. 9 . - P. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et ai. Ihmisen tuman ohjattu proteominen analyysi (englanniksi) // Curr. Biol. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 12 , ei. 1 . - s. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Koipally J., Georgopoulos K. Ikaroksen repressiopiirin molekyylidissektio // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 31 . - P. 27697-27705 . - doi : 10.1074/jbc.M201694200 . — PMID 12015313 .
Saito M., Ishikawa F. Ihmisen MBD3:n mCpG:tä sitova domeeni ei sitoudu mCpG:hen, mutta on vuorovaikutuksessa NuRD/Mi2-komponenttien HDAC1 ja MTA2 kanssa // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2002. - Voi. 277 , no. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et ai. Yli 15 000 täyspitkän ihmisen ja hiiren cDNA-sekvenssin luominen ja ensimmäinen analyysi // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America : Journal . - 2003. - Voi. 99 , ei. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Hakimi MA, Dong Y., Lane WS, et ai. Ehdokas X-kytketty kehitysvammaisuusgeeni on osa uutta histonideasetylaasia sisältävien kompleksien perhettä // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2003. - Voi. 278 , nro. 9 . - P. 7234-7239 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
Kwan AH, Gell DA, Verger A., et ai. Proteiinitelineen suunnittelu PHD-sormesta (neopr.) // Rakenne. - 2004. - T. 11 , nro 7 . - S. 803-813 . - doi : 10.1016/S0969-2126(03)00122-9 . — PMID 12842043 .
Shimono Y., Murakami H., Kawai K., et ai. Mi-2 beeta liittyy BRG1- ja RET-sormiproteiiniin eri alueilla, joilla on transkription aktivoivia ja tukahduttavia kykyjä // J. Biol. Chem. : päiväkirja. - 2004. - Voi. 278 , nro. 51 . - P. 51638-51645 . - doi : 10.1074/jbc.M309198200 . — PMID 14530259 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et ai. 21 243 täyspitkän ihmisen cDNA:n täydellinen sekvensointi ja karakterisointi // Nat . Genet. : päiväkirja. - 2004. - Voi. 36 , ei. 1 . - s. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Williams CJ, Naito T., Arco PG, et ai. Kromatiiniremodelleri Mi-2beta tarvitaan CD4-ilmentymiseen ja T-solujen kehittymiseen // Immunity : Journal. - Cell Press , 2004. - Voi. 20 , ei. 6 . - s. 719-733 . - doi : 10.1016/j.immuni.2004.05.005 . — PMID 15189737 .
Lehner B., Sanderson CM Proteiinivuorovaikutuskehys ihmisen mRNA:n hajoamiseen // Genome Res . : päiväkirja. - 2004. - Voi. 14 , ei. 7 . - s. 1315-1323 . - doi : 10.1101/gr.2122004 . — PMID 15231747 .