Koodi KF

CF-koodi ("entsyymien luokitus") tai entsyymikoodi  on entsyymin luokitusnumero kansainvälisen hierarkkisen luokituksen mukaan. Hyväksytty järjestelmä luokittelee entsyymit ryhmiin ja indeksoi yksittäiset entsyymit, mikä on tärkeää tutkimuksen standardoinnin kannalta.

Entsyymien luokittelu perustuu kansainvälisen biokemian ja molekyylibiologian liiton entsyymitoimikuntaan ( eng. Enzyme Commission , tästä syystä termi "EY-numero", hyväksytty englanninkielisessä kirjallisuudessa) ja päivittää sitä säännöllisesti . Jokainen CF-koodi liittyy myös vastaavan entsyymin suositeltuun nimeen. Yli 3500 entsyymiä on luokiteltu.  

Luokitteluperiaate

Entsyymien luokittelussa otetaan huomioon entsyymien reaktio ja substraattispesifisyys, ei niiden proteiinirakenne . CF-koodi määrittelee entsyymin katalysoiman kemiallisen reaktion . Tästä syystä samanlaisilla entsyymeillä (joskus kymmenillä) eri organismeista on sama CF rakenteellisista eroista huolimatta.

Joskus saman organismin eri entsyymeillä on sama CF. Esimerkiksi haiman lipaasi ja maksalipaasi kuuluvat molemmat luokkaan EC 3.1.1.3 , koska ne katalysoivat samaa kemiallista reaktiota ( triglyseridissä olevan esterisidoksen hydrolyysiä ), vaikka ensimmäinen entsyymi on ruoansulatusentsyymi ja toimii suolistossa ja toinen entsyymi. viittaa lipoproteiinien aineenvaihduntaentsyymeihin veressä .

On UniProt- tietokanta [1] , joka tunnistaa jokaisen proteiinin sen primäärisekvenssin perusteella. Molemmat tietokannat täydentävät toisiaan.

Salausmuoto

Jokainen luokitusnumero sisältää lyhenteen KF ja neljän pisteillä erotetun numeron sarjan, ja se on koottu tietyn periaatteen mukaisesti. Jokainen peräkkäinen numero edustaa entsyymin entistä tarkempaa luokittelua. Koska tietokantaa päivitetään jatkuvasti, koodit voivat muuttua ja joidenkin tasojen koodit voivat jäädä tyhjiksi.

Luokka

• Ensimmäisen tason koodi ( ensimmäinen numero , voi olla 1 - 7) osoittaa yhden seitsemästä pääluokan entsyymeistä (katso taulukko Ensimmäisen tason koodit ).

Alaluokka

• Toisen tason koodi ( toinen numero ) tarkoittaa alaluokkaa, joka luonnehtii tämäntyyppisiin kemiallisiin reaktioihin osallistuvia substraattien päätyyppejä. Esimerkiksi transferaaseissa toinen numero osoittaa siirrettävän ryhmän luonteen, hydrolaaseissa  hydrolysoituvan sidoksen tyypin jne.

Alaluokka

• Kolmannen tason koodi ( kolmas numero ) määrittelee erityisemmät alaryhmät (alaluokat), jotka eroavat tähän reaktioiden alaryhmään osallistuvien luovuttajien tai vastaanottajien kemiallisten yhdisteiden luonteeltaan. Esimerkiksi hydrolaaseille tämä kuva määrittelee hydrolysoituvan sidoksen tyypin ja lyaasien  osalta irrotettavan ryhmän tyypin jne. Salauksen 3 ensimmäistä numeroa määrittävät tarkasti entsyymin tyypin.

Tason 4 koodi

Lopuksi kaikki tähän alaluokkaan kuuluvat entsyymit saavat sarjanumeronsa ( koodin neljäs numero ).

• Esimerkiksi glukoosioksidaasille on annettu CF-koodi 1.1.3.4 , mikä tarkoittaa:

CF 1 - Oksidoreduktaasit EC 1.1 - Alkoholioksidoreduktaasi EC 1.1.3 - Oksidoreduktaasit, jotka hapettavat CH-OH-ryhmän ja vähentävät happea . EC 1.1.3.4 - Oksidoreduktaasit, jotka hapettavat glukoosia hapen läsnä ollessa . Yhteensä 3 glukoosioksidaasia tunnetaan eri organismeista.

Ensimmäisen tason koodit

Luokka	katalysoitu reaktio	Reaktiotyyppi	Esimerkkejä
CF 1 -oksidoreduktaasi	Redox-reaktiot. H- ja O-atomien tai elektronien siirto substraatista toiseen	AH + B → A + BH ( pelkistys ) A + O → AO ( hapetus )	dehydrogenaasi , oksidaasi
CF 2 siirrot	Funktionaalisen ryhmän siirto substraatista toiseen. Se voi olla metyyli-, asyyli-, fosfaatti- tai aminoryhmä.	AB+C→A+BC	aminotransferaasi , kinaasit
KF 3 Hydrolaasit	Kahden tuotteen muodostuminen yhdestä substraatista hydrolyysin avulla .	AB + H2O → AOH + BH	lipaasi , amylaasi , proteaasi , fosfataasi
KF 4 Lyaasit (syntaasit)	Ei-hydrolyyttinen ryhmän lisääminen tai poistaminen substraattiin tai substraattiin. CC-, CN-, CO- tai CS-sidosten muodostuminen.	RCOCOOH → RCOH + CO2	karboksylaasi
KF 5 Isomeraasit	Molekyylien sisäinen uudelleenjärjestely, eli substraattimolekyylin isomeroituminen .	AB→BA	isomeraasit , mutaasit jne.
CF 6 -ligaasit (syntetaasit)	Kahden molekyylin yhdistäminen uuden CO-, CS-, CN- tai CC - sidoksen synteesin seurauksena yhdistettynä samanaikaiseen ATP :n hydrolyysiin .	X + Y + ATP → XY + ADP + P i	syntetaasi
KF 7 Translokaasit	Ionien tai molekyylien kuljettaminen kalvojen läpi tai niiden erottaminen kalvoissa.		kalvonkuljetusproteiinit [2]

Historia

Entsyyminimikkeistöjärjestelmä kehitettiin ensimmäisen kerran vuonna 1955 , kun kansainvälinen biokemian kongressi Brysselissä perusti entsyymitoimikunnan . Nimistön ensimmäinen versio ilmestyi vuonna 1961 ja sisälsi noin 900 entsyymiä, vuoden 1978 versiossa oli yli 2000 entsyymiä. Vuoden 1995 versio sisältää yli 3500 entsyymiä.

Katso myös

• Entsyymit

Muistiinpanot

1. ↑ ENZYME (Entsyyminimikkeistötietokanta) (linkki ei saatavilla) . ExPASy. Haettu 14. maaliskuuta 2006. Arkistoitu alkuperäisestä 18. helmikuuta 2006. (määrätön) 
2. ↑ Kansainvälinen biokemian ja molekyylibiologian liitto. Uusi entsyymiluokka: translokaasit. . IUBMB UUTISET (elokuu 2018). (määrätön)

Linkit

• Kansainvälisen biokemian ja molekyylibiologian liiton nimikkeistökomitea (NC-IUBMB), virallinen verkkosivusto

Entsyymit
Toiminta	aktiivinen keskus Sitova sivusto substraatti katalyyttinen kolmikko oxyanion reikä Entsyymipromiscuity katalyyttisesti täydellinen entsyymi Koentsyymit Kofaktori Entsymaattinen katalyysi Entsymaattinen kinetiikka Lineweaver-Burke -kaavio Michaelis-Menten yhtälö Pseudoentsyymi
Säätö	Allosteerinen säätely yhteistyökykyä Entsyymin esto
Luokitus	Koodi KF Proteiinien superperhe Proteiini perhe
Tyypit	Oksidoreduktaasit (EC1) Transferaasit (CF2) Hydrolaasit (KF3) Liase (KF4) Isomeraasit (KF5) Ligaasit (KF6) Translokaasit (CF7)