Oxyanion reikä

Oksianionireikä on entsyymin aktiivisessa kohdassa  oleva tasku, joka stabiloi deprotonoidun hapen tai alkoksidin siirtymätilan negatiivista varausta [1] . Tasku koostuu yleensä runkoamideista tai positiivisesti varautuneista jäännöksistä. Siirtymätilan stabiloituminen vähentää reaktioon tarvittavaa aktivointienergiaa ja edistää siten katalyysiä [2] . Esimerkiksi proteaasit , kuten kymotrypsiini , sisältävät oksianionireiän stabiloimaan proteolyysin aikana muodostuvaa tetraedristä anionivälituotetta ja suojaamaan substraatin negatiivisesti varautunutta happea vesimolekyyliltä [3] . Lisäksi oksianionireikä voi mahdollistaa sellaisen substraatin lisäämisen tai sijoittamisen, joka kärsii steerisestä esteestä , jos se ei täytä sopivaa reikää (kuten hemoglobiinin BPG ) . Entsyymeissä, jotka katalysoivat monivaiheisia reaktioita, voi olla useita oksianionireikiä, jotka stabiloivat erilaisia ​​siirtymätiloja reaktiossa [4] .

Katso myös

Muistiinpanot

  1. ↑ Jeremy M. Berg. biokemia . – 5. painos - New York: WH Freeman, 2002. - 1 osa (useita sivuja) s. — ISBN 0-7167-3051-0 , 978-0-7167-3051-4, 0-7167-4954-8, 978-0-7167-4954-7, 0-7167-4684-0, 978-0- 7167-4684-3, 0-7167-4955-6, 978-0-7167-4955-4. Arkistoitu 27. lokakuuta 2007 Wayback Machinessa
  2. ↑ Simon, Luis (19. maaliskuuta 2010). "Entsyymikatalyysi vetysidoksilla: tasapaino siirtymätilan sitoutumisen ja substraatin sitoutumisen välillä oksianionirei'issä." The Journal of Organic Chemistry . 75 (6): 1831-1840. DOI : 10.1021/jo901503d . ISSN  0022-3263 . PMID20039621  _ _
  3. ↑ Menard, Robert (1992). "Oksianionireikien vuorovaikutukset seriini- ja kysteiiniproteaaseissa." Biologinen kemia Hoppe-Seyler . 373 (2): 393-400. DOI : 10.1515/bchm3.1992.373.2.393 . PMID  1387535 .
  4. ↑ Kursula, Petri (1. joulukuuta 2002). "Biosynteettisen tiolaasin katalyyttinen sykli: asetyyliryhmän konformaatiomatka neljän sitoutumismuodon ja kahden oksianionireiän läpi‡". biokemia . 41 (52): 15543-15556. DOI : 10.1021/bi0266232 . ISSN  0006-2960 . PMID  12501183 .

Kirjallisuus

Albert Lehninger . Biokemian periaatteet . – 5. - Macmillan, 2008. - S. 207. - ISBN 9780716771081 . Arkistoitu31. toukokuuta 2021Wayback Machinessa

 Entsyymit
Toiminta
Säätö
Luokitus
Tyypit