SIMAP@home

SIMAP on lyhenne sanoista  " Samankaltaisuus Matrix of Proteins ", on vapaaehtoinen laskentatietokanta proteiinien yhtäläisyyksistä , joka on vapaasti saatavilla tieteellisiin tarkoituksiin. SIMAP käyttää FASTA -algoritmia ennustamaan proteiinien samankaltaisuutta, kun taas toinen sovellus käyttää piilotettua Markovin mallia proteiinidomeenien etsimiseen .

SIMAP on Münchenin teknisen yliopiston ja Neuerbergin kansallisen ympäristön ja terveyden tutkimuskeskuksen yhteisprojekti .

Vuoden 2010 viimeisellä neljänneksellä projekti siirtyi Wienin yliopistoon .

Vuodesta 2011 lähtien SIMAP-tietoja on käytetty STRING-proteiini-proteiini-vuorovaikutustietokannassa (versiosta 9.0 lähtien) STRING:n aiemmille versioille suoritetun BLAST -datan sijaan [1] [2] .

Projekti antaa toimeksiantoja yleensä kunkin kuukauden alussa.

SIMAP-projekti päättyi vuonna 2014 . Kehittäjät julkistivat SIMAP 2:n.

SIMAP 2

Projekti laskee samankaltaisuuden Smith-Waterman-algoritmilla [3] .

Muistiinpanot

1. ↑ STRING – Tunnetut ja ennustetut proteiini-proteiinivuorovaikutukset . Haettu 5. elokuuta 2011. Arkistoitu alkuperäisestä 23. heinäkuuta 2010. (määrätön)
2. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. STRING-tietokanta vuonna 2011: proteiinien toiminnalliset vuorovaikutusverkostot, maailmanlaajuisesti integroitu ja pisteytetty.
3. ↑ Sekvenssikohdistuslaskenta SIMAP 2.0:ssa. Arkistoitu alkuperäisestä 11. tammikuuta 2015.

Kirjallisuus

• Arnold R., Rattei T, Tischler P., Truong MD, Stumpflen V., Mewes W. SIMAP – proteiinien samankaltaisuusmatriisi, Bioinformatics (Oxford, Englanti), 1. syyskuuta 2005. Arkistoitu 4. heinäkuuta 2008 Wayback Machinessa
• Garcia MC, Sanz-Bobia MA, Picob J. SIMAP: Intelligent System for Predictive Maintenance: Sovellus tuuliturbiinin vaihteiston terveydentilan seurantaan, 2006.  (linkki ei käytettävissä)
• Rattei T., Tischler P., Arnold R., Hamberger F., Krebs J., Krumsiek J., Wachinger B., Stümpflen V., Mewes W. SIMAP — strukturing the network of protein samankalsuudet, 2007
• H. Werner Mewes, Andreas Ruepp, Fabian Theis, Thomas Rattei, Mathias Walter, Dmitrij Frishman, Karsten Suhre, Manuel Spannagl, Klaus FX Mayer, Volker Stumpflen ja Alexey Antonov. MIPS: kuratoidut tietokannat ja kattavat toissijaiset tietoresurssit vuonna 2010

Linkit

• Projektin virallinen verkkosivusto
• Tietokantahaku "SIMAP 1"