Geenikopioluvun vaihtelu

Kopioiden lukumäärän variaatio ( CNV ) on eräänlainen  geneettinen polymorfismi, joka sisältää eroja yksittäisissä genomeissa kromosomisegmenttien kopioiden määrässä, jonka koko vaihtelee 1 tuhannesta useisiin miljooniin emäspareihin . CNV:t johtuvat epätasapainoisista kromosomien uudelleenjärjestelyistä , kuten deleetioista ja päällekkäisyyksistä . Merkittävä polymorfismi ihmisen CNV:ssä tuli ilmeiseksi useiden genomien täydellisen sekvensoinnin jälkeen [1] [2] . Suuret deleetiot tai päällekkäisyydet voidaan havaita metafaasikromosomien mikroskooppisella analyysillä, mutta suurin osa CNV:stä havaitaan vertailevalla genomihybridisaatiolla ja koko genomin SNP-genotyypiyksellä.

Vaihtelun tulos voi olla tietyn geenin kopiomäärän väheneminen tai lisääntyminen ja siten geenituotteen - proteiinin tai ei-koodaavan RNA :n - ilmentymisen väheneminen tai lisääntyminen . Geenin kopioluvun vaikutus fenotyyppiin havaittiin jo 1930-luvulla, ja erityisesti osoitettiin, että Drosophilan Bar-geenin kaksinkertaistuminen aiheuttaa silmien kapenemista eli "Bar-fenotyyppiä" [3] .

Yleisissä sairauksissa esiintyvien geenien kopioiden lukumäärän tutkiminen mahdollistaa geenien roolin selvittämisen, koska niiden kopioiden määrää ei aiemmin juuri otettu huomioon. Geneettisiä karttoja, jotka osoittavat geenikopioiden lukumäärän, voidaan käyttää sukupolvien välisiin variansseihin liittyvän periytyvän variaation tutkimiseen. Terveiden ihmisten geneettisten karttojen rakentaminen on hyödyllistä sellaisten variaatioiden seulomiseksi, jotka kromosomipoikkeavuuksista johtuen eivät edistä patologisia ilmenemismuotoja; tämä kaventaa ehdokasgeenien joukkoa. Lopuksi kopiomäärän vaihteluiden tutkiminen mahdollistaa tarkemman genomikartan rakentamisen ihmisistä ja muista organismeista.

Genomien evoluutiota tutkivat tutkijat käyttävät toisinaan tietoa geenien lukumäärän eroista vertaamalla kahden sukua olevan lajin, kuten ihmisen ja simpanssin , genomeja [4] .

Rooli sairauksissa

Erot geenien kopioiden määrässä voivat määrittää kehon alttiuden tai lisääntyneen vastustuskyvyn sairauksille. Esimerkiksi CCL3L1 -geenin lisääntynyt kopiomäärä liittyy vähentyneeseen HIV -alttiuteen [5] , ja FCGR3B :n vähentynyt kopiomäärä voi edistää systeemisen lupus erythematosuksen ja muiden tulehduksellisten autoimmuunisairauksien kehittymistä [6] .

Kopioiden lukumäärän vaihtelut voivat liittyä autismiin [7] [8] , oppimisvaikeuksiin [9] ja altistaa skitsofrenian kehittymiselle [8] [10] .

Muistiinpanot

  1. Sebat J. et ai. Laajamittainen kopioluvun polymorfismi ihmisen genomissa  (englanniksi)  // Science : Journal. - 2004. - Voi. 305 . - s. 525-528 . - doi : 10.1126/tiede.1098918 . — PMID 15273396 .
  2. Iafrate A. et ai. Laajamittaisen vaihtelun havaitseminen ihmisen genomissa  // Nature Genetics  : Journal  . - 2004. - Voi. 36:949-51 . - s. 949 . - doi : 10.1038/ng1416 . — PMID 15286789 .
  3. Bridges, C. B. Bar 'geeni': kopio. Science 83, 210-211 (1936)
  4. Perry GH, Yang F., Marques-Bonet T., Murphy C., Fitzgerald T., Lee AS, Hyland C., Stone AC, Hurles ME, Tyler-Smith C., Eichler EE, Carter NP, Lee C. , Redon R. Kopioiden lukumäärän vaihtelu ja evoluutio ihmisissä ja simpansseissa  (englanniksi)  // Genome Res. : päiväkirja. - 2008. - marraskuu ( osa 18 , nro 11 ). - s. 1698-1710 . - doi : 10.1101/gr.082016.108 . — PMID 18775914 . ; Suosittu venäjänkielinen arvio: Apinoiden erojen etsiminen johti ihmiset pyyhittyihin geeneihin Arkistoitu 6. joulukuuta 2008 Wayback Machinessa , 13. marraskuuta 2008, "Membrane".
  5. Gonzalez, E. et ai. CCL3L1-geeniä sisältävien segmenttien päällekkäisyyksien vaikutus HIV-1/AIDS-herkkyyteen  //  Science : Journal. - 2005. - Voi. 307 . - s. 1434-1440 . - doi : 10.1126/tiede.1101160 . — PMID 15637236 .
  6. Aitman TJ et al. Fcgr3:n kopioluvun polymorfismi altistaa glomerulonefriitille rotilla ja ihmisillä  (englanniksi)  // Nature : Journal. - 2006. - Voi. 439 . - s. 851-855 . - doi : 10.1038/luonto04489 . — PMID 16482158 .
  7. Sebat, J., et ai. De novo -kopioiden lukumäärän mutaatioiden vahva yhteys autismiin  (englanniksi)  // Science : Journal. - 2007. - Voi. 316 . - s. 445 . - doi : 10.1126/tiede.1138659 . — PMID 17363630 .
  8. 1 2 Cook EH, Scherer SW Neuropsykiatrisiin tiloihin liittyvät kopionumerovaihtelut  //  Nature : Journal. - 2008. - Voi. 455 , no. 7215 . - s. 919-923 . - doi : 10.1038/luonto07458 . — PMID 18923514 .
  9. Knight, S., et ai. Hienovaraiset kromosomien uudelleenjärjestelyt lapsilla, joilla on selittämätön kehitysvammaisuus  //  The Lancet  : Journal. - Elsevier , 1999. - Voi. 354 . - s. 1676 . - doi : 10.1016/S0140-6736(99)03070-6 .
  10. St Clair D. Kopioiden lukumäärän vaihtelut ja skitsofrenia  // Schizophr Bull  : Journal  . - 2008. - doi : 10.1093/schbul/sbn147 . — PMID 18990708 .

Linkit