Endonukleaasit ovat proteiineja nukleaasien ryhmästä, joka katkaisee fosfodiesterisidoksia polynukleotidiketjun keskellä . Restriktioendonukleaasit tai restriktioendonukleaasit katkaisevat DNA :ta tietyistä kohdista (kutsutaan restriktiokohdista), ne luokitellaan kolmeen tyyppiin (I, II ja III) niiden vaikutusmekanismin perusteella. Näitä proteiineja käytetään usein geenitekniikassa yhdistelmä-DNA:n luomiseen, joka sitten viedään bakteeri-, kasvi- tai eläinsoluihin.
Endonukleaasien entsymaattisen hajoamisen seurauksena tapahtuu kromatiinin täydellinen liukeneminen karyolyyttisissä ytimissä.
Nikaasi (notching endonukleaasi ) on entsyymi, joka katkaisee vain yhden kaksijuosteisen DNA:n juosteen tietyistä nukleotidisekvensseistä (tunnistuskohdista), joita kutsutaan restriktiopaikaksi . Tulos on mieluummin lovettu kuin leikattu DNA. Nikaaseja käytetään yhdessä DNA-polymeraasi 1 :n kanssa korvaamaan jotkin DNA-sekvenssin nukleotidit niiden analogeilla, jotka on leimattu fluoresoivalla tai radioaktiivisella leimalla , mikä mahdollistaa tämän DNA:n käytön koettimena fluoresoivassa in situ -hybridisaatiossa , blottauksessa , ja joukko muita molekyylibiologian menetelmiä.