Affiniteetti

Affiniteetti  on yhden objektin (kappaleen) kyky kommunikoida toisen kohteen kanssa ja muodostaa siten uusi monimutkainen objekti. Affiniteetin käsitettä sovelletaan sekä fyysisiin esineisiin ( alkuainehiukkasiin , atomeihin  - esimerkiksi elektroniaffiniteettiin ) että monimutkaisiin molekyyleihin ( kemiassa ), mukaan lukien proteiineihin ( biokemiassa ). Affiniteetin voimakkuutta kuvaava kerroin on sidosenergia , joka vapautuu tai kuluu, kun esineiden (jäljempänä molekyylit) sidos syntyy kilojouleina (kJ) tai elektronivolteina (eV) mitattuna .

Termi " affiniteetti " tai "affiniteetti" on itse asiassa synonyymi käsitteelle "affiniteetti", mutta venäjän tieteellisessä kielessä tätä sanaa käytetään enemmän immunologiassa ( antigeenin ja vasta -aineen vuorovaikutus ). Epäorgaanisessa kemiassa termillä " elektronegatiivisuus " on samanlainen merkitys , joka kuvaa yksittäisten atomien affiniteettia toisiinsa.

Biokemiassa ligandin affiniteetille reseptoriin on tunnusomaista ns. Ki -kerroin ( lyhennetty dissosiaatiovakiosta, jota käytetään reseptoreihin sitoutumisessa ja entsyymin esto- dissosiaatiovakio suhteessa reseptoreihin sitoutumiseen ( reseptorin sitoutuminen ) , kuten sekä entsyymien esto ). K i voidaan laskea [1] seuraavalla kaavalla. Jos EC 50  on puolet ligandin maksimaalisesta tehokkaasta pitoisuudesta, joka kuvaa ligandin reseptoriin kohdistuvan vaikutuksen voimakkuutta, [ligandi] on ligandin pitoisuus liuoksessa, K d  on ligandi-reseptori-sidoksen dissosiaatiovakio .

Siten K i  on kilpailevan ligandin pitoisuus, jos se on kytketty puoleen käytettävissä olevista reseptoreista järjestelmän tasapainotilassa. Mitä pienempi Ki , sitä  suurempi affiniteetti reseptoriin on tälle ligandille. [yksi]

Ki-kertoimista on olemassa useita julkisia tietokantoja ( Ki Database ) , kuten BindingDB.org tai PDSP Ki Database .

Huomaa, että Ki luonnehtii vuorovaikutuksen voimakkuutta (mukaan lukien aika, jonka aikana ligandi on miehittänyt reseptorin), mutta ei karakterisoi tämän voiman modaalisuutta (polariteettia) (reseptorin esto tai aktivointi).

Farmakologisessa tutkimuksessa on käytössä simulaattoreita , joilla voidaan laskea tiettyjen ligandien ja tiettyjen reseptoriproteiinien kytkentäkertoimia ( ks . Molekyylimallinnus ).

Linkit

• Kemiallinen affiniteetti // Encyclopedic Dictionary of Brockhaus and Efron  : 86 osana (82 osaa ja 4 lisäosaa). - Pietari. , 1890-1907.
• Amylolyyttisten entsyymien rakenteen tietokonemallinnus
• Taustaa proteiineista, pienistä molekyyleistä ja sitoutumisesta

Muistiinpanot

1. ↑ 1 2 sitoutumistietoa yhteen reseptoriluokkaan  (pääsemätön linkki)