Ihmisen koronavirus OC43

Ihmisen koronavirus OC43
tieteellinen luokittelu
Ryhmä:Virukset [1]Valtakunta:RiboviriaKuningaskunta:OrthornaviraeTyyppi:PisuviricotaLuokka:PisoniviricetesTilaus:NidoviralesAlajärjestys:CornidovirineaePerhe:KoronaviruksetAlaperhe:KoronaviruksetSuku:betakoronavirusAlasuku:EmbecovirusNäytä:Betacoronavirus 1Ei sijoitusta:Ihmisen koronavirus OC43
Kansainvälinen tieteellinen nimi
ihmisen koronavirus OC43
Synonyymit
  • HCoV-OC43
Baltimore Group
IV: (+)ssRNA-virukset

Ihmisen koronavirus OC43 [2] ( eng.  Human coronavirus OC43 ) on koronavirusperheeseen kuuluva virus , joka edustaa Betacoronavirus 1 -lajia , tarttuu ihmisiin ja karjaan [3] [4] . Vaipallinen (+) yksijuosteinen RNA-virus , joka pääsee soluun sitoutumalla N-asetyyli-9-O-asetyylineuramiinihapporeseptoriin [5] . Sillä, kuten muillakin Embecovirus-alasuvun koronaviruksilla , on lyhyt piikkiproteiini , niin kutsuttu hemagglutiniiniesteraasi (HE) [6] [3] .

OC43 on yksi seitsemästä tunnetusta koronaviruksesta, joka tartuttaa ihmisiä ja on vastuussa noin 10–15 prosentista SARS -tapauksista [7] [8] . Tutkijat ehdottavat, että kaikki neljä flunssaa aiheuttavaa koronavirusta ovat levinneet ihmisiin viime vuosisatojen aikana ja aiheuttaneet näin todennäköisesti pandemioita siirtymävaiheessa [9] .

Virologia

Neljä HCoV-OC43- genotyyppiä (A–D) on tunnistettu, ja D-genotyyppi on todennäköisimmin seurausta geneettisestä rekombinaatiosta . Kahden genotyyppien C ja D kannan koko genomin sekvensointi ja bootscan-analyysi osoittavat merkkejä genotyyppien B ja C välisestä rekombinaatiosta genotyypin D muodostamiseksi. 29 tunnistetusta kannasta yksikään ei kuulu vanhempaan genotyyppiin A. Piikki- ja nukleokapsidimolekyylikellomenetelmä määrittää Lähin yhteinen esi-isä kaikille genotyypeille 1950-luvulla, genotyyppi B 1990-luvulla ja genotyyppi C 1990-luvun lopulla ja 2000-luvun alussa. Genotyypin D rekombinanttikannat löydettiin jo vuonna 2004 [7] .

HCoV-OC43:n vertailu sen lähimpään Betacoronavirus 1 -lajin kantaan , naudan koronavirukseen , osoitti, että niillä oli lähin yhteinen esi -isä 1800-luvun lopulla, ja useat menetelmät ajoittivat erotuksen noin 1890, mikä sai tutkijat spekuloimaan, että ensimmäisen kannan pääsy ihmispopulaatioon aiheutti influenssapandemian vuosina 1889-1890 [10] [9] . HCoV-OC43 on todennäköisesti peräisin jyrsijöistä [11] .

Patogeneesi

Alphacoronavirus - sukuun kuuluvan HCoV-229E:n ohella HCoV-OC43 on yksi tunnetuista flunssaa aiheuttavista viruksista . Molemmat virukset voivat aiheuttaa vakavia alahengitystieinfektioita, mukaan lukien keuhkokuume vauvoilla, vanhuksilla ja immuunipuutteisilla, kuten kemoterapiaa saavilla, ja HIV/aids -potilailla [12] [13] [14] .

Epidemiologia

Koronaviruksia esiintyy kaikkialla maailmanlaajuisesti ja ne aiheuttavat jopa 20–30 % vilustumisesta [9] (yleisin flunssaa aiheuttava virus on rinovirus , jota löytyy 30–50 % tapauksista). Infektiot ovat kausiluonteisia , ja useimmat tapaukset tapahtuvat talvikuukausina [15] [16] [17] .

Viruksen rutiiniluonteisuus ei kiinnittänyt tutkijoiden huomiota pitkään aikaan: 229E:n tavoin se oli "orpovirus", jolla, toisin kuin SARS ja MERS , ei ollut edes "monimutkaista" nimeä. Kuitenkin oletukset sen yhteydestä Venäjän vuosien 1889-1890 influenssapandemiaan - jotka perustuvat yllä olevaan genomitutkimukseen ja hermoston vaurioiden oireiden samankaltaisuuteen - voivat viitata koronaviruksen patogeenisyyden  merkittävään ja suhteellisen nopeaan heikkenemiseen . Jos Covid-19 seuraa samaa rataa, se muuttuu ajan myötä toiseksi kylmävirukseksi [9] .

Muistiinpanot

  1. ↑ Virusten taksonomia  Kansainvälisen virustaksonomian komitean (ICTV) verkkosivustolla .
  2. ↑ Popov N. N., Kolotova T. Yu. Erityisen vaarallisten uusien virusinfektioiden molekyylievoluutio . Arkistokopio 4. joulukuuta 2021 Wayback Machinessa // Mechnikov -instituutin Annals. - 2016. - nro 1. - S. 38-47 [38].
  3. ↑ 1 2 Taksonomiaselain (Betacoronavirus 1) . www.ncbi.nlm.nih.gov . Haettu 29. helmikuuta 2020. Arkistoitu alkuperäisestä 5. marraskuuta 2020.
  4. ↑ Lim, Yvonne Xinyi (25.7.2016). "Ihmisen koronavirukset: Virus-isäntävuorovaikutusten katsaus." sairaudet . 4 (3):26 . doi : 10,3390/taudit4030026 . PMID  28933406 . Katso taulukko 1.
  5. ↑ Li, Fang (29.9.2016). "Koronaviruksen piikkiproteiinien rakenne, toiminta ja kehitys." Virologian vuosikatsaus . 3 (1): 237-261. DOI : 10.1146/annurev-virology-110615-042301 . PMID27578435  _ _ BCoV S1-NTD ei tunnista galaktoosia kuten galektiinit. Sen sijaan se tunnistaa 5-N-asetyyli-9-O-asetyylineuramiinihapon (Neu5,9Ac2) (30, 43). Saman sokerireseptorin tunnistaa myös ihmisen koronavirus OC43 (43, 99). OC43 ja BCoV ovat geneettisesti läheisiä sukua, ja OC43 on saattanut johtua BCoV:n zoonoottisesta leviämisestä (100, 101).
  6. ↑ Woo, Patrick CY (2010-08-24). "Koronaviruksen genomiikka ja bioinformatiikka analyysi". Virukset . 2 (8): 1804-1820. DOI : 10.3390/v2081803 . PMID21994708  . _ Kaikissa Betacoronavirus-alaryhmän A jäsenissä hemagglutiniiniesteraasi (HE) -geeni, joka koodaa glykoproteiinia, jolla on neuraminaatti-O-asetyyliesteraasiaktiivisuutta ja aktiivinen kohta FGDS, on läsnä alavirtaan ORF1ab:stä ja ylävirtaan S-geenistä (kuva 1).
  7. ↑ 1 2 Lau, Susanna KP (2011). "Ihmisen koronaviruksen OC43 molekyyliepidemiologia paljastaa eri genotyyppien evoluution ajan myötä ja uuden genotyypin äskettäisen ilmaantumisen luonnollisen rekombinaation vuoksi" . Journal of Virology . 85 (21): 11325-11337. DOI : 10.1128/JVI.05512-11 . PMID21849456  _ _
  8. ↑ Gaunt, ER (2010). "Neljän ihmisen koronaviruksen 229E, HKU1, NL63 ja OC43 epidemiologia ja kliiniset esitykset, jotka on havaittu kolmen vuoden aikana uudella multipleksisellä reaaliaikaisella PCR-menetelmällä" . J Clinic Microbiol . 48 (8): 2940-2947. DOI : 10.1128/JCM.00636-10 . PMID20554810  _ _
  9. ↑ 1 2 3 4 King A. Uncommon cold Arkistoitu 7. tammikuuta 2021 Wayback Machinessa // New Sci. 2020;246(3280):32-35. doi : 10.1016/S0262-4079(20)30862-9
  10. ↑ Vijgen, Leen (2005). "Ihmisen koronaviruksen OC43:n täydellinen genominen sekvenssi: molekyylikelloanalyysi ehdottaa suhteellisen äskettäin tapahtuvaa zoonoottista koronaviruksen leviämistapahtumaa" . Journal of Virology . 79 (3): 1595-1604. DOI : 10.1128/JVI.79.3.1595-1604.2005 . PMID  15650185 .
  11. ↑ Fung, To Sing (2019). "Ihmisen koronavirus: isännän ja patogeenin vuorovaikutus". Mikrobiologian vuosikatsaus . 73 : 529-557. DOI : 10.1146/annurev-micro-020518-115759 . PMID  31226023 .
  12. ↑ Wevers, Brigitte A. (2009). "Äskettäin löydetyt ihmisen koronavirukset". Laboratoriolääketieteen klinikat . 29 (4): 715-724. DOI : 10.1016/j.cll.2009.07.007 . PMID  19892230 .
  13. ↑ Kliinisen mikrobiologian käsikirja. - American Society for Microbiology, 2007. - ISBN 978-1-55581-371-0 .
  14. ↑ Pyrc, K. (2007). "Virustorjuntastrategiat ihmisen koronaviruksia vastaan". Tartuntataudit Huumeiden tavoitteet . 7 (1): 59-66. DOI : 10.2174/187152607780090757 . PMID  17346212 .
  15. ↑ Van Der Hoek, L (2007). "Ihmisen koronavirukset: mitä ne aiheuttavat?" . Antiviraalinen terapia . 12 (4 Pt B): 651-658. PMID  17944272 . Arkistoitu alkuperäisestä 2022-01-28 . Haettu 2020-08-09 . Käytöstä poistettu parametri |deadlink=( ohje )
  16. ↑ Wat, Dennis (2004). "Nullaus: katsaus kirjallisuuteen". European Journal of Internal Medicine . 15 (2): 79-88. DOI : 10.1016/j.ejim.2004.01.006 . PMID  15172021 .
  17. ↑ Kissler, Stephen M. (14. huhtikuuta 2020). "SARS-CoV-2:n siirtodynamiikan ennakointi pandemian jälkeisen ajanjakson aikana". Tiede : eabb5793. doi : 10.1126/science.abb5793 . PMID  32291278 .