Ensimmäiset eurooppalaiset saavuttivat näille saarille vuonna 1521 Ferdinand Magellanin johdolla , joka laskeutui Guamille ja vaati saaren Espanjan omistukseensa . Tutkijat ottivat mukaansa Chamorrot , jotka toimittivat heille ruokaa ja vettä vastineeksi rautaa. Jotkut saaren asukkaat kuitenkin valtasivat pienen veneen, joka kuului Magellanin laivastoon. Hän lähestyi rantaa saadakseen veneensä takaisin, mutta nähtyään kuinka nämä saaren asukkaat heittivät häntä keihään, hän joutui teloittamaan seitsemän näistä alkuperäisasukkaista ja polttamaan heidän talonsa. Saaristo sai sitten nimen Islas de los Ladrones .
Kolme päivää saapumisensa jälkeen Magellan jatkoi matkaansa maailman ympäri länteen. Saaret joutuivat sitten Espanjan vallan alle osana Espanjan Itä-Intiaa . Espanjalaiset rakensivat Guamiin kuninkaallisen palatsin saarten kuvernöörille. Sen rauniot voitiin nähdä vielä vuonna 2006.
Guam oli tärkeä pysähdyspaikka Meksikosta galleoneille , jotka kuljettivat kultaa Filippiinien ja Espanjan välillä. Guamin aluevesillä on edelleen muutamia upotettuja galleoneja.
Isä Diego Luis de San Vitores nimesi saaret uudelleen vuonna 1668 Mariaanneiksi Philip IV :n lesken Itävallan Mariannen mukaan .
Suurin osa saaren väestöstä joko kuoli eurooppalaisten tuomiin tauteihin tai meni naimisiin, mutta saarelle tuotiin uusia asukkaita, aluksi Filippiineiltä ja Karoliineilta . Tästä huolimatta chamorro-väestö elpyi vähitellen, ja chamorro- , filippiini- ja karoliinakielet sekä mariaanien etniset erot säilyivät edelleen rinnakkain. Helpottaakseen kulttuurista ja uskonnollista assimilaatiota espanjalaiset pakottivat chamorrot keskittymään Guamiin tietyksi ajaksi. Kun heidän annettiin palata nykyiseen Pohjois-Mariaaneihin , karoliinalaiset asuivat jo Mariaanoilla . Sekä karoliinalaisia että chamorroja pidetään kotoisin Pohjois-Mariaanien saarilta, ja heidän kielensä ovat virallisia Kansainyhteisössä (mutta ei Guamissa).
Espanjan ja Yhdysvaltojen välisen sodan 1898 jälkeen Espanja joutui luovuttamaan Guamin Yhdysvalloille ja myymään loput Mariaanit (yhdessä Karoliinien ja Marshallsaarten kanssa) Saksalle . Japani julisti sodan Saksalle ensimmäisen maailmansodan aikana ja hyökkäsi Pohjois-Mariaanien saarille.
Vuonna 1919 Kansainliitto , Yhdistyneiden Kansakuntien edeltäjä , antoi saaret Japanille mandaatilla . Japanin miehityksen aikana sokeriruo'osta tuli saarten pääteollisuus, ja työvoimaa muutti Japanista ja siihen liittyvistä siirtokunnista (erityisesti Okinawasta ja Koreasta ). Joulukuun 1939 väestönlaskennassa Etelä-Tyynenmeren mandaatin kokonaisväestö oli 129 104, joista 77 257 oli japanilaisia (mukaan lukien taiwanilaiset ja korealaiset ).
Muutaman tunnin sisällä hyökkäyksestä Pearl Harboriin japanilaiset joukot Mariaanilla aloittivat hyökkäyksen Guamiin. Chamorroja Pohjois-Mariaanien saarilta tuotiin Guamiin auttamaan Japanin hallintoa. Tämä seikka yhdistettynä Chamorrojen huonoon kohteluun Guamilla heidän lyhyen 31 kuukauden miehityksen aikana johti eroon näiden kahden väestön välillä, mikä oli tärkein syy siihen, miksi gualaiset kieltäytyivät yhdistymästä pohjoisten mariaanien kanssa 1960-luvulla.
Lähellä toisen maailmansodan loppua Yhdysvaltain armeija hyökkäsi Mariaanille 15. kesäkuuta 1944 alkaen Saipanin taistelusta , joka päättyi 9. heinäkuuta japanilaisen komentajan tekemiseen seppukun (perinteinen japanilainen rituaalisen itsemurhan muoto). Amerikkalaiset joukot valloittivat Guamin takaisin 21. heinäkuuta ja hyökkäsivät Tinianiin ( Tinianin taistelu ) 24. heinäkuuta, mikä toimi lähtökohtana Enola Gaylle , lentokoneelle, joka pudotti atomipommin Hiroshimaan vuotta myöhemmin . Yhtiö pysyi ehjänä ja eristyksissä, kunnes Japani antautui elokuussa 1945 sen sotilaallisen merkityksettömyyden vuoksi.
Sota ei päättynyt kaikille aselevon allekirjoittamiseen. Viimeinen ryhmä japanilaisia antautui Saipanille 1. joulukuuta 1945. Guamissa japanilainen sotilas Shoichi Yokoi piileskeli Talofofon kaupungissa vuoteen 1972 asti.
Hyökkäyksen lopun ja Japanin antautumisen välillä Saipanin ja Tinianin väestöä pidettiin keskitysleireillä. Japanilaiset kotiutettiin lopulta, ja syntyperäiset chamorrot ja karoliinalaiset palasivat omille mailleen.
Japanin tappion jälkeen saaria on hallinnoinut Yhdysvallat osana Tyynenmeren saarten luottamusaluetta , joten puolustus ja ulkoasiat ovat Yhdysvaltojen hallinnassa.
Mariaanit päättivät olla itsenäistymättä 1970-luvulla, vaan tiivistää suhteita Yhdysvaltoihin. Neuvottelut alueen asemasta aloitettiin vuonna 1972. Vuonna 1975 hyväksyttiin sopimus poliittisen liiton perustamisesta Yhdysvaltojen kanssa. Vuonna 1978 säädettiin uusi perustuslaki ja uusi hallitus. Kuten muillakin Yhdysvaltojen alueilla, saarilla ei ole edustusta senaatissa , mutta niitä edustaa yksi edustaja, joka voi äänestää valiokunnassa, mutta ei edustajainhuoneen täysistunnossa.