Thomas Jeffersonin uskonnolliset näkemykset poikkesivat melkoisesti hänen aikakautensa yleisesti hyväksytystä kristinuskosta . Häntä lähimmistä opetuksista voidaan erottaa deismi , rationalismi ja unitarismi [1] . Jefferson jakoi yleisesti kristinuskon moraalisen puolen ja tunsi sitä myötätuntoisesti uskoen, että tämä oppi on vaikuttavin ihmiskunnan käytettävissä oleva eettinen säännöstö. Jefferson kuitenkin oli sitä mieltä, että hänen opetuslapsensa vääristelivät Kristuksen alkuperäistä sanomaa [2] .
Ensimmäisessä avajaispuheessaan Jefferson huomautti, että on tärkeää "tunnustaa ja palvoa korkeinta kaitselmusta", ja toisessa hän kehotti etsimään "Hänen suosiota, jonka käsissä olemme ja joka johti esi-isiämme, muinaista kansaa. Israel." Kuitenkin yhdessä James Madisonin kanssa Jefferson johti pitkän ja menestyksekkään kampanjan lopettaakseen julkisen rahoituksen kirkoille Virginiassa . Jefferson keksi myös käsitteen "valtion ja kirkon välisestä erottavasta muurista" vuonna 1802 kirjeessään Connecticutin baptisteille . Vuoden 1800 vaalikampanjan aikana kriitikot hyökkäsivät Jeffersonin kimppuun, koska he väittivät, että hän oli sopimaton presidentiksi uskontojensa vuoksi.
Siirtomaa - aikoina Jefferson oli Englannin kirkon seurakunta - ainoa, joka sai valtion tukea ja rahoitusta. Ennen vallankumousta seurakunnat toimivat paikallishallinnoina, ja Jefferson oli maallisessa hallinnollisessa asemassa paikallisessa seurakunnassaan.
Amerikan vallankumouksen jälkeen Englannin kirkko Amerikassa organisoitiin uudelleen episkopaalikirkoksi . Erään Jeffersonin ystävän vaimon mukaan presidenttikautensa ensimmäisen talven aikana hän osallistui säännöllisesti jumalanpalveluksiin pienessä episkopaalikirkossa kunnioittaen yhteisöllisen palvonnan henkeä. Vuoden sisällä virkaanastumisestaan Jefferson alkoi osallistua edustajainhuoneen jumalanpalveluksiin (mitä hän ei käynyt varapresidenttinä ), jossa eri kristillisten kirkkokuntien edustajat saarnasivat [3] .
Heikentyneenä vuotenaan Jefferson kieltäytyi toimimasta vauvojen kummisetänä, koska hän ei hyväksynyt kolminaisuusoppia . Huolimatta todisteista siitä, että hän osallistui jumalanpalvelukseen, ei ole luotettavaa näyttöä siitä, että hän olisi voideltu tai vastaanottanut ehtoollisen .
Vuonna 1760, 17-vuotiaana, Jefferson astui College of William and Mary -oppilaitokseen , jossa hän opiskeli matematiikkaa, metafysiikkaa ja filosofiaa kaksi vuotta professori William Smallin johdolla, joka myös tutustutti tulevan presidentin brittiläisen empirismin koulukuntaan (esim. John Locke , Francis Bacon ja Isaac Newton ). Jeffersonin elämäkerran kirjoittajat huomauttavat, että deismin filosofia vaikutti häneen hänen yliopistovuosinaan.
Lauseet, kuten " Nature 's God ", jotka Jefferson sisällytti itsenäisyysjulistukseen , ovat tyypillisiä deismille, vaikkakaan eivät yksinomaan. Lisäksi tämä lähestymistapa sopi muinaisen roomalaisen luonnonlain ajattelumalliin , joka vaikutti Jeffersoniin Ciceron kautta .
Useimmat deistit hylkäsivät kristillisen uskon ihmeisiin ja kolminaisuusopin. Huolimatta siitä, että Jefferson kunnioitti koko elämänsä äärimmäisen paljon kristillisen opin moraalisia puolia, hän ei uskonut Raamatussa kuvattuihin ihmeisiin eikä Jeesuksen Kristuksen jumaluuteen. Vuonna 1788 päivätyssä kirjeessään hän huomauttaa, että hän ei hyväksynyt kolminaisuuden käsitettä hyvin varhaisesta iästä lähtien.