TATA laatikko

TATA-laatikko ( laatikko on toistuva nukleotidisekvenssi, joka muodostaa transkription tai säätelysignaalin) tai Hogness-laatikko  on eukaryoottien konservatiivinen DNA - motiivi ( cis-säätelyelementti ) , jonka sekvenssi on 5' -3' [1] . TATA-laatikko sijaitsee geenien promoottorialueella arkeissa ja eukaryooteissa [2] noin 30 nukleotidia ylävirtaan transkription aloituskohdasta [ 3] . TATA-laatikon läsnäolon perusteella voidaan tunnistaa DNA:n templaattijuoste, joka transkriptoidaan [1] . Se sitoo transkriptiotekijöitä, jotka houkuttelevat RNA-polymeraasia transkription aloituskohtaan [1] (esimerkiksi TFIID-tekijä tai TATA-tekijä [4] ). Siten TATA-laatikko vastaa toiminnallisesti Pribnow-laatikkoa bakteereissa [ 5] . TATAAA

Toimiva

Normaalisti TATA-laatikko transkription alussa sitoutuu TATA:ta sitovaan proteiiniin (TBP), joka purkaa DNA:ta. AT-rikas kohta helpottaa purkamista, koska 2 vetysidosta parissa А-Тovat vähemmän vahvoja kuin 3 parissa G-C. TBP on epätavallinen proteiini , joka sitoutuu DNA:n pienempään uraan ja koostuu β-levyistä [6] .

TATA-laatikko löytyy tyypillisesti RNA-polymeraasi II :n sitoutumiskohdista . Transkriptiotekijä TFIID sitoutuu TATA-laatikkoon, ja sen jälkeen toinen transkriptiotekijä, TFIIA , liittyy sen yläosaan ja TFIIB sen alaosaan . Näihin tekijöihin sitoutumista helpottaa myös TBP:n indusoima DNA:n purkautuminen [3] . RNA-polymeraasi II tunnistaa tämän moniproteiinikompleksin ja sitoutuu siihen useiden muiden transkriptiotekijöiden, kuten TFIIF , TFIIE ja TFIIH mukana . Tämä käynnistää transkription ja RNA-polymeraasi II liikkuu DNA-ketjua pitkin, kun taas TFIID ja TFIIA pysyvät yhteydessä TATA-laatikkoon. Tulevaisuudessa tämä voi helpottaa RNA-polymeraasi II:n lisämolekyylien kiinnittymistä. Lisäksi on osoitettu, että TATA-laatikko voi käynnistää RNA-polymeraasi II:n lisäksi myös RNA-polymeraasi III:n suorittaman transkription [7] .

Jakelu

TATA-laatikko on hyvin vanha, erittäin konservoitunut eukaryoottinen promoottorimotiivi koko evoluution ajan ja ensimmäinen tällainen motiivi. TATA-laatikko ei kuitenkaan ole kovin yleinen selkärankaisilla [3] . Useimmissa ihmisen geeneissä ei ole TATA-laatikkoa, ja niissä aloituselementti tai monimutkaisempi CpG -tyyppinen promoottori esittää roolinsa . Noin 24 % ihmisen geeneistä sisältää TATA-laatikon, joka sijaitsee keskuspromoottorissa [8] (muiden tutkijoiden mukaan TATA-laatikko löytyy 10 %:ssa ihmisen geenipromoottoreista [9] ). Hieman aikaisemmin noin tuhannen geenin analyysi paljasti TATA-laatikon esiintymisen 32 %:n niistä [10] . On osoitettu, että TATA-laatikko on levinnyt laajimmin soluvasteisiin ja organogeneesiin osallistuvien geenien kesken. Ilmeisesti TATA-laatikolla varustetut promoottorit ovat ominaisia ​​tietyille solutyypeille spesifisille geeneille , kun taas CpG-promoottorit ovat ominaisia ​​taloudenhoitogeeneille [3] .

Katso myös

• Pribnov-laatikko

Muistiinpanot

1. ↑ 1 2 3 SCitable Sanasto: TATA-laatikko . Haettu 6. maaliskuuta 2014. Arkistoitu alkuperäisestä 8. maaliskuuta 2014. (määrätön)
2. ↑ Smale ST , Kadonaga JT RNA-polymeraasi II:n ydinpromoottori.  (englanti)  // Biokemian vuosikatsaus. - 2003. - Voi. 72. - s. 449-479. - doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161520 . — PMID 12651739 .
3. ↑ 1 2 3 4 Barrett et. ai., 2013 , s. neljä.
4. ↑ Konichev, Sevastyanova, 2012 , s. 265.
5. ↑ Arefiev V. A., Lisovenko L. A. TATA-box // Englanti-venäläinen geneettisten termien selittävä sanakirja. - M . : VNIRO Publishing House, 1995. - ISBN 5-85382-132-6 .
6. ↑ Patikoglou GA , Kim JL , Sun L. , Yang SH , Kodadek T. , Burley SK TATA-elementin tunnistus TATA-laatikkoa sitovan proteiinin avulla on säilynyt läpi evoluution.  (englanti)  // Geenit ja kehitys. - 1999. - Voi. 13, ei. 24 . - s. 3217-3230. — PMID 10617571 .
7. ↑ Wang Y. , Jensen RC , Stumph WE TATA-laatikkosekvenssin ja orientaation rooli RNA-polymeraasi II/III -transkription spesifisyyden määrittämisessä.  (englanniksi)  // Nukleiinihappotutkimus. - 1996. - Voi. 24, nro. 15 . - P. 3100-3106. — PMID 8760900 .
8. ↑ Yang C. , Bolotin E. , Jiang T. , Sladek FM , Martinez E. Initiaattorin esiintyvyys TATA-laatikkoon nähden ihmisen ja hiivan geeneissä ja DNA-motiivien tunnistaminen ihmisen TATA-vapailla ydinpromoottoreilla.  (englanniksi)  // Gene. - 2007. - Voi. 389, nro 1 . - s. 52-65. - doi : 10.1016/j.gene.2006.09.029 . — PMID 17123746 .
9. ↑ Carninci P. , Sandelin A. , Lenhard B. , Katayama S. , Shimokawa K. , Ponjavic J. , Semple CA , Taylor MS , Engström PG , Frith MC , Forrest AR , Alkema WB , Tan SL , Plessy C. Kodzius R. , Ravasi T. , Kasukawa T. , Fukuda S. , Kanamori -Katayama M. , Kitazume Y. , Kawaji H. , Kai C. , Nakamura M. , Konno H. , Nakano K. , Mottagui-Tabar S. . , Arner P. , Chesi A. , Gustincich S. , Persichetti F. , Suzuki H. , Grimmond SM , Wells CA , Orlando V. , Wahlestedt C. , Liu ET , Harbers M. , Kawai J. , Bajic VB , Hume DA , Hayashizaki Y. Genominlaajuinen analyysi nisäkkäiden promoottoriarkkitehtuurista ja evoluutiosta.  (englanti)  // Luonnon genetiikka. - 2006. - Voi. 38, nro. 6 . - s. 626-635. - doi : 10.1038/ng1789 . — PMID 16645617 .
10. ↑ Suzuki Y. , Tsunoda T. , Sese J. , Taira H. , Mizushima-Sugano J. , Hata H. , Ota T. , Isogai T. , Tanaka T. , Nakamura Y. , Suyama A. , Sakaki Y. , Morishita S. , Okubo K. , Sugano S. 1031 eri ihmisgeenin mahdollisten promoottorialueiden tunnistaminen ja karakterisointi.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 2001. - Voi. 11, ei. 5 . - s. 677-684. - doi : 10.1101/gr.164001 . — PMID 11337467 .

Kirjallisuus

• Lucy W. Barrett, Sue Fletcher, Steve D. Wilton. Kääntämättömät geenialueet ja muut ei-koodaavat elementit . - SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology, 2013. - 57 s. - ISBN 978-3-0348-0679-4 .
• Konichev A.S., Sevastyanova G.A. Molekyylibiologia. - Kustannuskeskus "Akatemia", 2012. - 400 s. — ISBN 978-5-7695-9147-1 .