DNA-viivakoodaus

DNA-viivakoodaus (DNA-viivakoodaus, geneettinen viivakoodaus, DNA-viivakoodaus, eng.  DNA barcoding ) on ​​molekyylien tunnistamismenetelmä, jonka avulla DNA:n lyhyitä geneettisiä markkereita voidaan määrittää, kuuluuko organismi tiettyyn taksoniin [1] . Toisin kuin molekyylifylogenetiikan menetelmiä , DNA:n viivakoodausta käytetään määrittämään tietyn organismin paikka jo olemassa olevassa luokituksessa , eikä rakentamaan fylogeneettisiä puita ja täydentämään jo olemassa olevaa luokittelua [2], joten kysymys DNA-viivakoodauksen käyttämisestä uuden organismin lajin tunnistamiseen on kiistanalainen [3] . Yleisimmin käytetty lokus geneettiseen viivakoodaukseen eläimillä on mitokondrion sytokromioksidaasi I -geenin noin 600 bp :n alue .

DNA-viivakoodauksen soveltaminen ulottuu sellaisiin tehtäviin kuin esimerkiksi kasvin tunnistaminen vain sen lehtien perusteella (esimerkiksi jos kukkia tai hedelmiä ei ole saatavilla), hyönteisten toukkien tunnistaminen (joilla voi olla vähemmän diagnostisia ominaisuuksia kuin aikuisilla ja ovat usein vähemmän tutkittu), eläinten ruokavalion määrittäminen mahalaukun tai ulosteen sisällön perusteella ja enemmän [2] [4] .

Paikan valinta

DNA-viivakoodauksen lokien tulee:

• edustavat ei kovin pitkiä DNA :n osia ;
• esiintyä useimmissa tarkasteltavien taksonien edustajissa ja sisältää samalla pienen määrän muunnelmia saman lajin edustajissa [5] ;
• melko helppo sekvensoida nykyaikaisilla sekvensointitekniikoilla ilman erityisiä alukkeita [6] [7] .

Eri taksoneille ehdotetaan erilaisia ​​lokuksia, tällaisten lokusten valinnan suorittavat erityiskomiteat. Tällä hetkellä virallisesti käytössä:

• Eläimille ja monille muille eukaryooteille  mitokondrioiden sytokromioksidaasigeeni ;
• Kasveille kloroplastigeenien rbcL ja matK ketjuttaminen (nämä lokukset tarjoavat kuitenkin alhaisen resoluution maakasvien tunnistamiseen [8] , joten ne yrittävät löytää korvaavan [9] );
• Sienille se  on sisäinen transkriptoitu välike (ITS) [ 10] .

Mitokondriaalinen DNA

Mitokondriaaliset DNA-sekvenssit (mtDNA) herättävät ihmisten huomion DNA-viivakoodauksen kohteena useista syistä:

• Käytännössä kaikki eukaryoottisolut sisältävät mitokondrioita, jotka kantavat mitokondrioiden genomia . Poikkeuksia ovat useat yksisoluiset loismuodot , kuten Trachipleistophora , Entamoeba ja Giardia , joissa mitokondrioiden sekundaarista hajoamista on tapahtunut. Siitä huolimatta näiden organismien soluista löytyy alkeellisia organelleja , jotka ovat kerran toimineiden mitokondrioiden jäänteitä [11] [12] .
• Eläinten mitokondrio-DNA:lle on ominaista suhteellisen korkea mutaatioiden kertymisnopeus , mikä johtaa erojen muodostumiseen mitokondrioiden geenien sekvenssissä populaatioiden välillä ja populaatioiden sisällä suhteellisen lyhyen ( evoluution kannalta) ajanjakson aikana, suuruusluokkaa tuhansia sukupolvia.
• Mitokondriot periytyvät äidin kautta, joten tehokas populaation koko on tässä tapauksessa verrannollinen pesivien naaraiden lukumäärään, kun taas ydingenomin osalta tämä luku on kaksinkertainen populaation kaikkien pesivien yksilöiden lukumäärään verrattuna (koska jokainen yksilö sisältää kaksi kopiota ytimestä perimä). Vähentynyt tehokas populaation koko johtaa mtDNA - geenilinjojen nopeampaan valintaan populaatioiden sisällä ja välillä yksittäisten yksilöiden hedelmällisyyden erojen vuoksi (yhteenliittymän periaate ).

Mutaatioiden nopean kertymisen ja nopean valinnan yhdistelmä johtaa siihen, että mitokondrioiden DNA-sekvenssit eroavat suhteellisen heikosti lajin sisällä ja suhteellisen voimakkaasti lajien välillä, mitä tarvitaan tehokkaaseen viivakoodaukseen. Yleisimmin käytetty mtDNA-lokus viivakoodaukseen on mitokondrion sytokromi c oksidaasin (COI) alayksikkö I geenin 658 bp alue (ns. Folmer-alue) [1] .

Erot mtDNA-sekvensseissä eivät voi olla objektiivinen mitta organismien kuulumisesta samaan tai eri lajiin useissa tilanteissa, jotka johtavat sekvenssien monimuotoisuuden lisääntymiseen lajin sisällä:

• Jos kyseessä ovat rekombinaatiotapahtumat (suora mtDNA-rekombinaatio on osoitettu useille simpukoille , esimerkiksi suvulle Mytilus [13] );
• Hybridisaation tapauksessa (näkyy Lepus -suvun jänisille ) [14] ;
• Jos lajissa on useita mtDNA-linjoja, jotka erottuvat joukosta samassa populaatiossa;
• Endosymbionttien läsnä ollessa , jotka tappavat selektiivisesti uroksia [15] ;
• Solunsisäisten symbionttien läsnä ollessa, mikä johtaa sytoplasman yhteensopimattomuuteen hedelmöityksen aikana , mikä on hyvin tyypillistä esimerkiksi hyönteisille (uskotaan, että 15–75 % kaikista hyönteislajeista on infektoitunut Wolbachia -suvun bakteereilla ) [ 16] [17] .

Paikan valinta maakasvien viivakoodaukseen

Useat tutkijat [2] uskovat, että COI-lokuksen käyttöä useimpien lajien tunnistamiseen kasveissa ei voida soveltaa, koska sytokromi-c-oksidaasigeenin kehittymisnopeus korkeammissa kasveissa on paljon alhaisempi kuin eläimissä. Useita tutkimuksia on tehty useita tutkimuksia, jotta löydettäisiin sopivampi lokus käytettäväksi DNA-viivakoodauksessa koppisiementen genomissa , jotka ovat lukuisin korkeampien (maan)kasvien ryhmä. Ehdokkaina ovat plastidivälikkeen nukleaarisen sisäisen transkriptoidun spacerin (ITS) sekvenssit trnH- ja psbA-geenien välillä [2] sekä plastidigeeni matK , joka koodaa kloroplasteissa intronin silmukointientsyymiä . [7] , ehdotettiin .

Vuonna 2009 suuri joukko kasvien DNA:n viivakoodauksen asiantuntijoita ehdotti kahden kloroplastin genomissa  koodatun geenin rbcL :n ja matK :n yhdistelmän käyttöä [6] . Lajien erottelukyvyn parantamiseksi näihin lokuksiin ehdotetaan lisättäväksi ydinvälike ITS2 [18] . Vuodesta 2015 lähtien sopivien lokusten etsintä jatkuu, erityisesti ycf1- kloroplastigeenilokusta on esitetty lupaavaksi ehdokkaaksi kasvien tunnistamiseen viivakoodauksen avulla [8] .

Käyttämällä

Lintujen määritelmä

Yrittääkseen löytää yhteensopivuuden tavanomaisella taksonomialla määritettyjen lajirajojen ja DNA-viivakoodauksen avulla tunnistettujen lajirajojen välillä Paul Gebert ja kollegat viivakoodasivat 260 lintulajia (yli kolmanneksen kaikista pesimälajeista Pohjois-Amerikassa ). Tuloksena havaittiin, että kaikki COI-geenisekvenssit olivat erilaisia ​​lajeittain, kun taas lajien sisällä (130 lajia edusti kaksi tai useampia näytteitä) COI-sekvenssissä ei ollut mitään eroja tai ne olivat merkityksettömiä. Keskimäärin sekvenssit erosivat 7,93 % lajien välillä ja 0,43 % lajien sisällä [19] .

Neljässä tapauksessa lajin sisällä havaittiin epätavallisen suuri ero lokusten sekvenssien välillä, mikä antoi aihetta olettaa uusien lajien esiintymistä. Mielenkiintoista on, että kolmessa neljästä tapauksesta jotkut taksonomit ovat jo jakaneet tällaisen polytyyppisen lajin kahteen osaan. Gebertin et al.:n tiedot tukevat tätä erottelua ja osoittavat myös yleisesti DNA-viivakoodauksen käytön tehokkuuden lintulajien määrittämisessä. Lisäksi kirjoittajat ehdottivat universaalia kynnystä, jota he ehdottavat käytettäväksi uusien lajien tunnistamisessa: eri lajeina ehdotetaan pidettäviksi sellaisia ​​yksilöryhmiä, joiden viivakoodilokusten sekvenssien keskimääräinen ero on kymmenen kertaa suurempi kuin keskimääräinen lajinsisäinen ero tutkittavassa ryhmässä [19] .

Muita esimerkkejä DNA-viivakoodauksen käytöstä lintujen taksonomiassa voivat olla lajien tutkiminen, jolla on laaja valikoima ja suuri lajinsisäinen morfologinen vaihtelu, joka tehtiin pöllön esimerkillä [20] , sekä ryhmien uudelleenjärjestelyt. joilla on epäselviä sisäisiä suhteita, kuten Thymeliaceae-perhe [21] .

Kalan määritelmä

Fish Barcode of Life Initiative (FISH-BOL) [22] on projekti, jolla kerätään, standardoidaan ja systematisoidaan DNA-viivakooditietoja taksonomisesti päteviksi tunnistetuista kalanäytteistä . Vuonna 2005 käynnistetty tietokanta sisältää vuodesta 2016 lähtien lokussekvenssitietoja yli 11 000 kalalajista, mikä edustaa noin 35 % ryhmän koko biologisesta monimuotoisuudesta . Sekvenssien lisäksi FISH-BOL sisältää valokuvia ja maantieteellisiä koordinaatteja tutkituista yksilöistä, tietoa lajien levinneisyydestä, nimikkeistöstä sekä viittauksia kirjallisuuteen. Siten FISH-BOL kopioi ja täydentää suuresti muista lähteistä, kuten Catalog of Fishes ja FishBase , saatavilla olevia tietoja .

Kaikkien kalalajien DNA-viivakoodaus voi olla hyödyllinen useista syistä: se mahdollistaa lajitunnistuksen laajalle ihmisjoukolle, tunnistaa aiemmin tuntemattomia lajeja sekä lajien tunnistamisen tilanteissa, joissa perinteiset menetelmät eivät sovellu. Esimerkki tällaisesta tilanteesta on rypäleiden fylogeneettinen analyysi viivakoodauksella , jonka avulla voidaan määrittää ruokajäämistä cigauteru-taudin aiheuttaneet kalalajit [ 23] .

Piilotetut näkymät

Yksi tehtävistä, jossa DNA-viivakoodauksella voi olla suuri rooli, on ns. salaperäisten eli piilotettujen lajien välisten rajojen määrittäminen. Yleensä kyseessä on morfologisesti erottamattomien lajien kompleksi, ja tällaisten kompleksien jakaminen erillisiksi taksoneiksi on usein vaikeaa.

DNA-viivakoodausta on käytetty toistuvasti salaperäisten lajien tutkimuksessa Guanacasten luonnonsuojelualueella Luoteis - Costa Ricassa [24] [25] [26] [27] [28] .

Yksi ensimmäisistä piilevistä lajeista, joka osoitti DNA-viivakoodauksen tehokkuuden sen erottamisessa, oli neotrooppinen rasvapäinen perhos Astraptes fulgerator . Tämä on lajikokonaisuus, jolla on implisiittisiä morfologisia eroja ja epätavallisen suuri valikoima ravintokasveja toukissaan. A. fulgeratoriin morfologisesti sukua olevan 484 organismin COI-geenisekvensointitulosten analyysi aiheutti kiistaa: vuonna 2004 kirjoittajat ehdottivat, että A. fulgerator koostuu vähintään 10 lajista [24] ; Vuonna 2006 samat sekvenssit analysoitiin uudelleen käyttämällä bootstrap - naapuriliittämistä , populaatioaggregaatioanalyysiä [29] ja kladistista haplotyyppianalyysiä , jako saatiin kolmeen (enintään 7) kladiin, ja aikaisempaa työtä kritisoitiin [25] . Tällaiset erot ovat osoittaneet, että DNA-viivakoodauksella saatujen tulosten tulkinta riippuu analyyttisten menetelmien valinnasta ja piilevien lajien erottaminen DNA-viivakoodien avulla voi olla yhtä subjektiivista kuin muut taksonomian muodot.

Muita esimerkkejä Guanacasten suojelualueen lajeista, jotka ovat osoittaneet DNA-viivakoodausmenetelmän tehokkuuden, ovat trooppisten toukkien tutkiminen ja tunnistaminen [26] sekä toukista kasvatettujen loisten Belvosia ( Tachinidae ) -perhojen taksonisointi [27 ]. ] [28] .

Protocalliphora -suvun toinen sukulainen kärpäsperhe, Calliphoridae , ei kuitenkaan onnistunut erottamaan DNA:ta viivakoodauksella: viivakoodin käytön tehokkuutta erottaa Protocalliphora -suvun kärpäset , joiden tiedetään olevan infektoituneita endosymbioottisella Wolbachia -bakteerilla. . Taksoneihin jakautuminen oli mahdotonta 60 %:lla lajeista, ja uusia lajeja tunnistettaessa virhe suvun lajimäärän arvioinnissa saattoi olla 75 %. Oletuksena on, että tämä tulos johtui lajien monofyleettisyyden puutteesta mitokondrioiden tasolla (esimerkiksi yhdessä tapauksessa 4 eri lajilla oli samat viivakoodit), spesifisen monofylysmin puute voi johtua Wolbachia -infektioon liittyvästä lajien välisestä hybridisaatiosta . Wolbachia on endosymbiontti 15–75 prosentilla hyönteislajeista, minkä vuoksi lajitason tunnistaminen mitokondriosekvenssin perusteella ei ehkä ole mahdollista monille hyönteisille [16] .

Fossiilisten organismien luokitus

Mahdollisuutta käyttää DNA-viivakoodausta maapallon eliöstön historiallisen monimuotoisuuden arvioinnissa arvioitiin sukupuuttoon kuolleiden sileälastaisten lintujen ryhmän, moan esimerkin avulla . Subfossiilisten moa-luiden sytokromioksidaasigeenin viivakoodauksella tunnistetut 10 moa-lajia vastasivat aiemmin tunnettuja lajeja yhtä poikkeusta lukuun ottamatta, jotka voivat edustaa aiemmin tunnistamatonta lajiryhmää. Käytettäessä standardikynnystä 2,7 % lajinsisäistä varianssia löydettiin 6 lajia samoilla tiedoilla, mutta moasin hitaan kasvun ja lisääntymisen vuoksi on mahdollista, että lajinsisäinen vaihtelu on melko vähäistä, minkä seurauksena kirjoittajat ottivat kynnys on 1,24 %. Toisaalta ei ole olemassa vahvistettua kynnysarvoa, jonka kohdalla voitaisiin katsoa, ​​että populaatiot ovat peruuttamattomasti alkaneet käydä läpi lajitteluprosessia [30] .

Kritiikki

DNA-viivakoodaus on saanut tutkijoilta, erityisesti taksonomistilta, ristiriitaisia ​​reaktioita, jotka vaihtelevat innostuneesta hyväksynnästä äänelliseen vastustukseen [31] [32] .

On ehdotettu, että jotkin äskettäin erilaiset lajit eivät ehkä ole erotettavissa COI-geenisekvenssien perusteella [33] . Lisäksi noin 23 % eläinlajeista on polyfyleettisiä olettaen, että niiden mtDNA-tiedot ovat tarkkoja [34] , eli lajin määrittäminen eläimelle mtDNA-viivakoodauksella antaa epäselvän tai epätarkan tuloksen noin 23 %:ssa tapauksista [35] . ] .

Hyönteistutkimuksissa voi esiintyä yhtä suuri tai jopa suurempi virheprosentti johtuen siitä, että mitokondrioiden ja tuman genomien välillä ei usein ole korrelaatiota tai tarkasteltavien geenien välisten lajien sisäisten ja lajien välisten etäisyyksien välillä ei ole eroa [36] [16] . [37] . Sytoplasmista yhteensopimattomuutta aiheuttavien symbionttien (esim . Wolbachia ) tai uroksia tappavien mikro-organismien aiheuttamat mtDNA-ongelmat ovat yleisiä myös hyönteisten keskuudessa. Kun otetaan huomioon, että hyönteiset muodostavat yli 75 % kaikista tunnetuista organismeista [38] , voidaan nähdä, että vaikka mtDNA-viivakoodaus voi toimia selkärankaisilla , se ei ehkä ole tehokasta useimmille tunnetuille organismeille.

Nykyään uskotaan, että DNA-viivakoodausta tulisi käyttää perinteisten taksonomisten työkalujen ja vaihtoehtoisten molekyylitaksonomioiden rinnalla ongelmatapausten tunnistamiseen ja virheiden havaitsemiseen. Ei-skriptisten lajien tilanteet voidaan yleensä ratkaista yksiselitteisesti tavanomaisella tai molekyylitaksonomialla. Kuitenkin monimutkaisemmissa tapauksissa vain lähestymistapojen yhdistelmä antaa tuloksen. Lopuksi, koska suuri osa globaalista biologisesta monimuotoisuudesta on edelleen tuntematonta, molekyyliviivakoodaus voi vain vihjata uusien taksonien olemassaolosta, mutta ei eristää tai kuvata niitä [39] .

Katso myös

• Molekyylifylogenetiikka
• Geneettinen sormenjälki
• Mitokondrioiden DNA
• Sytokromi c oksidaasi

Muistiinpanot

1. ↑ 1 2 Hebert PD , Cywinska A. , Ball SL , deWaard JR. Biologiset tunnistukset DNA-viivakoodien avulla.  (englanti)  // Proceedings. Biologiatieteet / Royal Society. - 2003. - Voi. 270, nro. 1512 . - s. 313-321. - doi : 10.1098/rspb.2002.2218 . — PMID 12614582 .
2. ↑ 1 2 3 4 Kress WJ , Wurdack KJ , Zimmer EA , Weigt LA , Janzen DH DNA-viivakoodien käyttö kukkivien kasvien tunnistamiseen.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2005. - Voi. 102, nro. 23 . - P. 8369-8374. - doi : 10.1073/pnas.0503123102 . — PMID 15928076 .
3. ↑ Seberg O. , Petersen G. Kuinka monta lokusta tarvitaan krookuksen DNA-viivakoodaamiseen?  (englanti)  // Public Library of Science ONE. - 2009. - Vol. 4, ei. 2 . - P. e4598. - doi : 10.1371/journal.pone.0004598 . — PMID 19240801 .
4. ↑ Soininen EM , Valentini A. , Coissac E. , Miquel C. , Gielly L. , Brochmann C. , Brysting AK , Sønstebø JH , Ims RA , Yoccoz NG , Taberlet P. Pienten kasvinsyöjien ruokavalion analysointi: DNA:n barcodingin tehokkuus yhdistettynä korkean suorituskyvyn pyrosekvensointiin monimutkaisten kasviseosten koostumuksen tulkitsemiseen.  (englanti)  // Eläintieteen rajat. - 2009. - Vol. 6. - P. 16. - doi : 10.1186/1742-9994-6-16 . — PMID 19695081 .
5. ↑ Lahaye R. , van der Bank M. , Bogarin D. , Warner J. , Pupulin F. , Gigot G. , Maurin O. , Duthoit S. , Barraclough TG , Savolainen V. DNA viivakoodaa biologisen monimuotoisuuden hotspottien kasvillisuutta.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2008. - Voi. 105, nro. 8 . - P. 2923-2928. - doi : 10.1073/pnas.0709936105 . — PMID 18258745 .
6. ↑ 1 2 DNA-viivakoodi maakasveille.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2009. - Vol. 106, nro. 31 . - P. 12794-12797. - doi : 10.1073/pnas.0905845106 . — PMID 19666622 .
7. ↑ 1 2 Kress WJ , Erickson DL DNA-viivakoodit: geenit, genomiikka ja bioinformatiikka.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2008. - Voi. 105, nro. 8 . - P. 2761-2762. - doi : 10.1073/pnas.0800476105 . — PMID 18287050 .
8. ↑ 1 2 Dong W. , Xu C. , Li C. , Sun J. , Zuo Y. , Shi S. , Cheng T. , Guo J. , Zhou S. ycf1, maakasvien lupaavin plastidi-DNA-viivakoodi.  (englanti)  // Tieteelliset raportit. - 2015. - Vol. 5. - P. 8348. - doi : 10.1038/srep08348 . — PMID 25672218 .
9. ↑ Li DZ , Gao LM , Li HT , Wang H. , Ge XJ , Liu JQ , Chen ZD , Zhou SL , Chen SL , Yang JB , Fu CX , Zeng CX , Yan HF , Zhu YJ , Sun YS , Chen SY , Zhao L. , Wang K. , Yang T. , Duan GW . Suuren tietojoukon vertaileva analyysi osoittaa, että sisäinen transkriptoitu välike (ITS) tulisi sisällyttää siemenkasvien ydinviivakoodiin.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2011. - Voi. 108, nro. 49 . - P. 19641-19646. - doi : 10.1073/pnas.1104551108 . — PMID 22100737 .
10. ↑ Schoch CL , Seifert KA , Huhndorf S. , Robert V. , Spouge JL , Levesque CA , Chen W. Nuclear ribosomal interior transscribed spacer (ITS) -alue universaalina DNA-viivakoodimarkkerina sienille.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2012. - Vol. 109, nro. 16 . - P. 6241-6246. - doi : 10.1073/pnas.1117018109 . — PMID 22454494 .
11. ↑ Chan KW , Slotboom DJ , Cox S. , Embley TM , Fabre O. , van der Giezen M. , Harding M. , Horner DS , Kunji ER , León-Avila G. , Tovar J. Uusi ADP/ATP-kuljettaja in mikroaerofiilisen ihmisloisen Entamoeba histolytica mitosomi.  (englanti)  // Nykyinen biologia : CB. - 2005. - Voi. 15, ei. 8 . - s. 737-742. - doi : 10.1016/j.cub.2005.02.068 . — PMID 15854906 .
12. ↑ Williams BA , Hirt RP , Lucocq JM , Embley TM Mitokondriojäännös mikrosporidian Trachipleistophora hominisissa.  (englanniksi)  // Luonto. - 2002. - Voi. 418, nro 6900 . - s. 865-869. - doi : 10.1038/luonto00949 . — PMID 12192407 .
13. ↑ Ladoukakis ED , Zouros E. Suorat todisteet homologisesta rekombinaatiosta simpukan (Mytilus galloprovincialis) mitokondrio-DNA:ssa.  (englanti)  // Molekyylibiologia ja evoluutio. - 2001. - Voi. 18, ei. 7 . - s. 1168-1175. — PMID 11420358 .
14. ↑ Melo-Ferreira J. , Boursot P. , Suchentrunk F. , Ferrand N. , Alves PC Hyökkäys kylmästä menneisyydestä: vuoristojänis (Lepus timidus) mitokondrio-DNA:n laaja introgressio kolmeen muuhun jänislajiin Pohjois-Iberiassa.  (englanniksi)  // Molekyyliekologia. - 2005. - Voi. 14, ei. 8 . - P. 2459-2464. - doi : 10.1111/j.1365-294X.2005.02599.x . — PMID 15969727 .
15. ↑ Rufus A. Johnstone, Gregory D. D. Hurst. Äidin perimät miehiä tappavat mikro-organismit voivat hämmentää mitokondrioiden DNA:n vaihtelevuuden tulkintaa  //  Biological Journal of the Linnean Society. - 1.8.1996. — Voi. 58 , iss. 4 . - s. 453-470 . — ISSN 1095-8312 . - doi : 10.1111/j.1095-8312.1996.tb01446.x . Arkistoitu alkuperäisestä 1. kesäkuuta 2016.
16. ↑ 1 2 3 Whitworth TL , Dawson RD , Magalon H. , Baudry E. DNA-viivakoodaus ei pysty luotettavasti tunnistamaan Protocalliphora-suvun lajeja (Diptera: Calliphoridae).  (englanti)  // Proceedings. Biologiatieteet / Royal Society. - 2007. - Voi. 274, nro 1619 . - s. 1731-1739. - doi : 10.1098/rspb.2007.0062 . — PMID 17472911 .
17. ↑ Perlman SJ , Kelly SE , Hunter MS Sytoplasmisen yhteensopimattomuuden populaatiobiologia: Cardinium-symbionttien ylläpito ja leviäminen loisampiaisessa.  (englanniksi)  // Genetiikka. - 2008. - Voi. 178, nro. 2 . - s. 1003-1011. - doi : 10.1534/genetics.107.083071 . — PMID 18245338 .
18. ↑ Chen S. , Yao H. , Han J. , Liu C. , Song J. , Shi L. , Zhu Y. , Ma X. , Gao T. , Pang X. , Luo K. , Li Y. , Li X. , Jia X. , Lin Y. , Leon C. ITS2-alueen validointi uudeksi DNA-viivakoodiksi lääkekasvilajien tunnistamiseksi.  (englanti)  // Public Library of Science ONE. - 2010. - Vol. 5, ei. 1 . - P. e8613. - doi : 10.1371/journal.pone.0008613 . — PMID 20062805 .
19. ↑ 1 2 Hebert PD , Stoeckle MY , Zemlak TS , Francis CM Lintujen tunnistaminen DNA-viivakoodien avulla.  (englanti)  // Public Library of Science Biology. - 2004. - Voi. 2, ei. 10 . - P. e312. - doi : 10.1371/journal.pbio.0020312 . — PMID 15455034 .
20. ↑ Nijman V. , Aliabadian M. DNA-viivakoodaus työkaluna lajien rajaamisen selvittämiseen laaja-alaisissa lajeissa pöllöjen (Tytonidae ja Strigidae) havainnollistamiseksi.  (englanti)  // Eläintiede. - 2013. - Vol. 30, ei. 11 . - s. 1005-1009. - doi : 10.2108/zsj.30.1005 . — PMID 24199866 .
21. ↑ Huang ZH , Ke DH DNA:n viivakoodaus ja fylogeneettiset suhteet Timaliidae.  (englanti)  // Genetiikka ja molekyylitutkimus : GMR. - 2015. - Vol. 14, ei. 2 . - P. 5943-5949. - doi : 10.4238/2015 . Kesäkuu 1.11 . — PMID 26125793 .
22. ↑ Ward RD , Hanner R. , Hebert PD Kampanja DNA-viivakoodiin kaikki kalat, FISH-BOL.  (englanti)  // Kalabiologian lehti. - 2009. - Vol. 74, nro. 2 . - s. 329-356. doi : 10.1111/ j.1095-8649.2008.02080.x . — PMID 20735564 .
23. ↑ Schoelinck C. , Hinsinger DD , Dettaï A. , Cruaud C. , Justine JL . Fylogeneettinen uudelleenanalyysi rypäleistä, joissa on sovelluksia ciguatera-kalamyrkytykseen.  (englanti)  // Public Library of Science ONE. - 2014. - Vol. 9, ei. 8 . — P. e98198. - doi : 10.1371/journal.pone.0098198 . — PMID 25093850 .
24. ↑ 1 2 Hebert PD , Penton EH , Burns JM , Janzen DH , Hallwachs W. Kymmenen lajia yhdessä: DNA-viivakoodaus paljastaa salaperäisiä lajeja neotrooppisessa kippariperhosessa Astraptes fulgerator.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2004. - Voi. 101, nro. 41 . - P. 14812-14817. - doi : 10.1073/pnas.0406166101 . — PMID 15465915 .
25. ↑ 1 2 Andrew VZ Brower. Ongelmia DNA-viivakoodien kanssa lajirajojen määrittämisessä: Astraptes fulgeratorin "kymmenen lajia" arvioitiin uudelleen (Lepidoptera: Hesperiidae)  // Systematiikka ja biologinen monimuotoisuus. - 01.06.2006. - T. 4 , no. 2 . — S. 127–132 . — ISSN 1477-2000 . - doi : 10.1017/S147720000500191X .
26. ↑ 1 2 Tietokannan kotisivu ACG-toukkien (Lepidoptera) kasvatustietokantoihin (downlink) . janzen.sas.upenn.edu. Haettu 28. huhtikuuta 2016. Arkistoitu alkuperäisestä 2. marraskuuta 2019. (määrätön) 
27. ↑ 1 2 Smith MA , Woodley NE , Janzen DH , Hallwachs W. , Hebert PD DNA-viivakoodit paljastavat salaperäisen isäntäspesifisyyden loiskärpästen (Diptera: Tachinidae) suvun oletettujen polyfagijäsenten sisällä.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2006. - Voi. 103, nro. 10 . - P. 3657-3662. - doi : 10.1073/pnas.0511318103 . — PMID 16505365 .
28. ↑ 1 2 Smith MA , Wood DM , Janzen DH , Hallwachs W. , Hebert PD DNA-viivakoodit vahvistavat, että 16 ilmeisen yleisen trooppisen loiskärpäsen lajia (Diptera, Tachinidae) eivät kaikki ole yleisiä.  (englanti)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United of America. - 2007. - Voi. 104, nro. 12 . - P. 4967-4972. - doi : 10.1073/pnas.0700050104 . — PMID 17360352 .
29. ↑ Jerrold I. Davis, Kevin C. Nixon. Populaatiot, geneettinen vaihtelu ja fylogeneettisten lajien rajaaminen  //  Systemaattinen biologia. - 12.1.1992. — Voi. 41 , iss. 4 . — s. 421–435 . — ISSN 1063-5157 . - doi : 10.1093/sysbio/41.4.421 .
30. ↑ Lambert DM , Baker A. , ​​Huynen L. , Haddrath O. , Hebert PD , Millar CD Onko laajamittainen DNA-pohjainen kartoitus muinaisesta elämästä mahdollista?  (englanti)  // The Journal of heredity. - 2005. - Voi. 96, nro. 3 . - s. 279-284. doi : 10.1093 / jhered/esi035 . — PMID 15731217 .
31. ↑ Rubinoff D. , Cameron S. , Will K. Genominen näkökulma mitokondrioiden DNA:n puutteista "viivakoodien" tunnistamiseen.  (englanti)  // The Journal of heredity. - 2006. - Voi. 97, nro. 6 . - s. 581-594. doi : 10.1093 / jhered/esl036 . — PMID 17135463 .
32. ↑ Malte C. Ebach, Marcelo R. de Carvalho. Anti-intellektualismi DNA-viivakoodausyrityksessä  // Zoologia (Curitiba). - T. 27 , no. 2 . — S. 165–178 . — ISSN 1984-4670 . - doi : 10.1590/S1984-46702010000200003 . Arkistoitu alkuperäisestä 20. joulukuuta 2010.
33. ↑ Kerr KC , Stoeckle MY , Dove CJ , Weigt LA , Francis CM , Hebert PD Kattava DNA-viivakoodikattavuus Pohjois-Amerikan linnuista.  (englanniksi)  // Molecular ecology Notes. - 2007. - Voi. 7, ei. 4 . - s. 535-543. - doi : 10.1111/j.1471-8286.2007.01670.x . — PMID 18784793 .
34. ↑ Daniel J. Funk, Kevin E. Omland. Lajitason parafyly ja polyfyly: esiintymistiheys, syyt ja seuraukset, näkemyksiä eläinten mitokondrioiden DNA:sta  // Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics. - 1.1.2003. - T. 34 , no. 1 . — S. 397–423 . - doi : 10.1146/annurev.ecolsys.34.011802.132421 .
35. ↑ Meyer CP , Paulay G. DNA-viivakoodaus: virheprosentit kattavaan näytteenottoon perustuvat.  (englanti)  // Public Library of Science Biology. - 2005. - Voi. 3, ei. 12 . — s. e422. - doi : 10.1371/journal.pbio.0030422 . — PMID 16336051 .
36. ↑ Hurst GD , Jiggins FM Ongelmat mitokondrioiden DNA:n kanssa markkerina populaatio-, fylogeografisissa ja fylogeneettisissa tutkimuksissa: periytyneiden symbionttien vaikutukset.  (englanti)  // Proceedings. Biologiatieteet / Royal Society. - 2005. - Voi. 272, nro 1572 . - s. 1525-1534. - doi : 10.1098/rspb.2005.3056 . — PMID 16048766 .
37. ↑ Wiemers M. , Fiedler K. Onko DNA-viivakoodausaukko olemassa? - tapaustutkimus sinisistä perhosista (Lepidoptera: Lycaenidae).  (englanti)  // Eläintieteen rajat. - 2007. - Voi. 4. - P. 8. - doi : 10.1186/1742-9994-4-8 . — PMID 17343734 .
38. ↑ ABRS - Elävien lajien lukumäärä Australiassa ja maailmanraportti - Excutive Summary (11. syyskuuta 2007). Haettu 29. huhtikuuta 2016. Arkistoitu alkuperäisestä 11. syyskuuta 2007. (määrätön)
39. ↑ Desalle R. Lajien löytö vs. lajien tunnistaminen DNA-viivakoodausyrityksissä: vastaus Rubinoffiin.  (englanniksi)  // Conservation biology : Society for Conservation Biology -lehti. - 2006. - Voi. 20, ei. 5 . - s. 1545-1547. - doi : 10.1111/j.1523-1739.2006.00543.x . — PMID 17002772 .