Luokan III MHC on ryhmä proteiineja, jotka kuuluvat tärkeimpien histokompatibiliteettikompleksien (MHC) luokkaan. Toisin kuin muut MHC-tyypit, kuten MHC-luokka I ja MHC-luokka II, joiden rakenne ja toiminta ovat hyvin määriteltyjä immuunivasteessa, MHC-luokka III on huonosti määritelty rakenteellisesti ja toiminnallisesti. Ne eivät osallistu antigeenin sitomiseen (prosessi, jota kutsutaan antigeenin esittelyksi, MHC-proteiinien klassinen toiminto). Vain harvat heistä ovat todella mukana immuniteetissa, kun taas monet heistä ovat signaalimolekyylejä muissa solujen viestinnässä. Ne tunnetaan pääasiassa geeneistään, ja geenien osa-alue sijaitsee MHC-I- ja MHC-II-klustereiden välissä.
Geeniklusteri löydettiin, kun geenit (erityisesti komplementtikomponentit C2, C4 ja tekijä B) löydettiin luokan I ja luokan II geenien väliltä ihmisen kromosomin 6 lyhyestä (p) haarasta. Myöhemmin sen havaittiin sisältävän monia geenejä erilaisille signaalimolekyyleille, kuten tuumorinekroositekijöille (TNF) ja lämpösokkiproteiineille. Yli 60 MHC-luokan III geeniä on kuvattu, mikä vastaa noin 28 % MHC-geenien kokonaismäärästä (224). MHC-luokan III geeniklusterin alue, joka sisältää TNF-geenejä, tunnetaan myös nimellä MHC-luokan VI tai tulehdusalue.
Toisin kuin muut MHC-proteiinit, luokan III MHC-proteiineja tuottavat muun muassa maksasolut ( hepatosyytit ) ja makrofagit .
Ihmisen MHC-luokan III geenit sijaitsevat kromosomissa 6 (6p21.3). Se vie 700 kb. ja sisältää 61 geeniä. Geeniklusteri on ihmisen genomin geneettisin alue. Ne ovat pohjimmiltaan samanlaisia kuin muiden eläinten. Monien geenien toimintoja ei vielä tunneta. Monet retrotransposonit , kuten ihmisen endogeeninen retrovirus (HERV) ja Alu-elementit, ovat ryhmittyneet. Alueen, joka sisältää G11/C4/Z/CYP21/X/Y-geenejä, joiden koko vaihtelee välillä 142-214 kb, tiedetään olevan monimutkaisin geeniklusteri ihmisen genomissa.
MHC-luokan III geenit ovat samanlaisia ihmisillä, hiirillä, sammakoilla (Xenopus tropicalis) ja harmaalla lyhythäntäisellä opossumilla, mutta kaikki geenit eivät ole yhteisiä. Esimerkiksi ihmisen NCR3, MIC ja MCCD1 puuttuvat hiirestä. Ihmisen NCR3 ja LST1 puuttuvat opossumista. Lintuilla (kotikana ja viiriäinen) on kuitenkin vain yksi geeni, joka koodaa komplementtikomponenttia (C4). Kaloissa geenit jakautuvat eri kromosomeihin.