| DNA:ta sitovan domeenin peruskierre-silmukka-heliksirakenne. | |
|---|---|
| Helix-loop-helix -ydintranslokaattorin AHR (ARNT) perusrakennemotiivi. Kaksi α-heliksiä (sininen) ovat vuorovaikutuksessa lyhyen silmukan (punainen) kanssa [1] . | |
| Tunnisteet | |
| Symboli | bHLH |
| Pfam | PF00010 |
| InterPro | IPR001092 |
| FIKSU | SM00353 |
| PROSITE | PDOC00038 |
| SCOP | 1 mdy |
| SUPERPERHE | 1 mdy |
| CDD | cd00083 |
| Saatavilla olevat proteiinirakenteet | |
| Pfam | rakenteet |
| ATE | RCSB ATE ; PDBe ; ATEj |
| ATE-summa | 3D malli |
| Mediatiedostot Wikimedia Commonsissa | |
Helix -loop-helix -perusrakenne ( englannin sanasta basic helix-loop-helix , lyhenne bHLH ) on perusrakennemotiivi, jota esiintyy monissa dimeroivien transkriptiotekijöiden superperheeseen kuuluvissa proteiineissa [2] [3] [4] [ 5] . Näitä proteiineja kutsutaan bHLH-proteiineiksi. Tätä proteiinin rakennemotiivia ei pidä sekoittaa toiseen samankaltaiseen proteiinin rakennemotiiviin, ns. helix-turn-helix-motiiviin.
Motiiville on tunnusomaista kaksi α-heliksiä, jotka on yhdistetty silmukalla. Yleensä transkriptiotekijät, jotka sisältävät tämän domeenin, ovat dimeerisiä, joista jokaisessa on yksi heliksi, joka sisältää emäksisiä aminohappotähteitä, jotka helpottavat DNA-molekyylien sitoutumista [6] . Motiivissa yksi heliksi on pienempi ja mahdollistaa silmukan joustavuuden ansiosta dimerisoitumisen taittelemalla ja pakkaamalla toista heliksiä vasten. Suuri heliksi sisältää yleensä DNA:n sitoutumiskohtia. bHLH-proteiinit sitoutuvat yleensä konsensussekvenssiin, jota kutsutaan E-boxiksi, CANNTG [7] . E-boxin kanoninen sekvenssi on CACGTG (palindromi), mutta jotkin bHLH-transkriptiotekijät, erityisesti bHLH-PAS-perheestä, sitoutuvat läheisiin ei-palindromisiin sekvensseihin, jotka ovat samanlaisia kuin E-box. bHLH TF:t voivat homodimeroitua tai heterodimeroitua muiden bHLH TF:ien kanssa ja muodostaa laajan valikoiman dimeerejä, joista jokaisella on tiettyjä tehtäviä [8] .
Esimerkkejä bHLH:ta sisältävistä transkriptiotekijöistä:
bHLH:n transkriptiotekijät ovat usein tärkeitä kehityksessä tai soluaktiivisuudessa. BMAL1/Clock on tärkein transkriptiokompleksi vuorokauden molekyylioskillaattorissa. Muita geenejä, kuten c-Myc ja HIF-1, on yhdistetty syöpään, koska ne vaikuttavat solujen kasvuun ja aineenvaihduntaan.
Koska monet bHLH-transkriptiotekijät ovat heterodimeerisiä [8] , niiden aktiivisuutta säätelee usein voimakkaasti alayksiköiden dimerisaatio. Yhden alayksikön ilmentymistä tai saatavuutta ohjataan usein, kun taas toinen alayksikkö ilmentyy konstitutiivisesti. Monilla tunnetuista säätelyproteiineista, kuten Drosophila extramacrochaetaen proteiineista , on helix-loop-helix -rakenne, mutta niiltä puuttuu emäsalue, minkä vuoksi ne eivät pysty sitoutumaan DNA :han yksinään . Ne pystyvät kuitenkin muodostamaan heterodimeerejä proteiinien kanssa, joilla on bHLH-rakenne ja siten deaktivoivat niiden kykyä toimia transkriptiotekijöinä [9] .
AHR ; AHRR ; ARNT ; ARNT2 ; ARNTL ; ARNTL2 ; ASCL1 ; ASCL2 ; ASCL3 ; ASCL4 ; ATOH1 ; ATOH7 ; ATOH8 ; BHLHB2 ; BHLHB3 ; BHLHB4 ; BHLHB5 ; BHLHB8 ; KELLO ; EPAS1 ; FERD3L ; FIGLA ; KÄSI1 ; KÄSI2 ; HES1 ; HES2 ; HES3 ; HES4 ; HES5 ; HES6 ; HES7 ; HEI1 ; HEI2 ; HIF1A ; ID1 ; ID2 ; ID3 ; ID4 ; KIAA2018 ; LYL1 ; MASH1 ; MATH2 ; MAX ; MESP1 ; MESP2 ; MIST1 ; MITF ; MLX ; MLXIP ; MLXIPL ; MNT ; M.S.C .; MSGN1 ; MXD1 ; MXD3 ; MXD4 ; MXI1 ; MYC ; MYCL1 ; MYCL2 ; MYCN ; MYF5 ; MYF6 ; MYOD1 ; MYOG ; NCOA1 ; NCOA3 ; NEUROD1 ; NEUROD2 ; NEUROD4 ; NEUROD6 ; NEUROG1 ; NEUROG2 ; NEUROG3 ; NHLH1 ; NHLH2 ; NPAS1 ; NPAS2 ; NPAS3 ; NPAS4 ; OAF1 ; OLIG1 ; OLIG2 ; OLIG3 ; PTF1A ; SCL ; SCXB ; SIM1 ; SIM2 ; SOHLH1 ; SOHLH2 ; SREBF1 ; SREBF2 ; TAL1 ; TAL2 ; TCF12 ; TCF15 ; TCF21 ; TCF3 ; TCF4 ; TCFL5 ; TFAP4 ; TFE3 ; TFEB ; TFEC ; TWIST1 ; TWIST2 ; USF1 ; USF2 ;