Colimovirukset

Colimovirukset
tieteellinen luokittelu
Ryhmä:Virukset [1]Valtakunta:RiboviriaKuningaskunta:ParanaviraeTyyppi:ArtverviricotaLuokka:RevtraviricetesTilaus:OrterviralesPerhe:Colimovirukset
Kansainvälinen tieteellinen nimi
Caulimoviridae
Baltimore Group
VII: dsDNA-RT-virukset

Kolimovirukset [2] ( lat.  Caulimoviridae ) ovat DNA:ta sisältävien kasvivirusten perhe, jolla on käänteistranskriptiomekanismi ja kaksijuosteinen DNA , eli viruksia, jotka sisältävät käänteistranskriptiovaiheen replikaatiosyklissään.

Virionien rakenne

Virioni on yksinkertainen, ilman lipidivaippaa. Nukleokapsidin morfologiaa edustavat 2 päämuotoa: sauvan muotoinen ja ikosaedri. Nukleokapsidin muoto riippuu viruksen koosta. Sauvan muotoiset virionit ovat halkaisijaltaan noin 35–50 nm ja voivat olla jopa 900 nm pitkiä. Ikosaedrisen kapsidin halkaisija on 45–50 nm ja suunnilleen yhtä pitkä.

Genomin rakenne ja replikaatio

Tämän viruksen genomi on segmentoimaton lineaarinen tai syklinen kaksijuosteinen DNA . Genomin koko on noin 6-8 kbs. Viruksesta riippuen genomissa voi olla joko yksi avoin lukukehys (ORF), kuten Petuviruksessa , tai enemmän kuin kahdeksan, kuten Soymoviruksessa . Tämän virusperheen genomi koodaa seuraavia proteiineja: käänteiskopioija , proteaasi , rakenneproteiinit sekä muut proteiinit, joilla on tuntemattomia toimintoja, mutta tavalla tai toisella viruksen replikaatiolle välttämättömiä proteiineja .

Replikaatio tapahtuu sekä isäntäsolun sytoplasmassa että tumassa. Ensin virusgenomi tulee sytoplasmaan. Siellä se muodostaa superkierteisen minikromosomin. Se transkriptoi viruksen mRNA :n , joka on redundantti (koska se ilmentyy kahdesti joissakin genomin osissa). Tämä transkriptoitu RNA menee sytoplasmaan, jossa sillä on kaksi roolia. Sitä voidaan käyttää joko templaattina virusproteiinien translaatioon tai se voidaan käänteistranskriptoida dsDNA:ksi käyttämällä viruksen reversetaasia . Koska näillä viruksilla on paljon yhteistä retrovirusten kanssa , ne ryhmitellään usein yhteen pararetroviruksiksi. Tässä on kuitenkin tärkeä ero retrovirusten ja Caulimoviridae -perheen virusten välillä . Toisin kuin retrovirukset, ne eivät integroi genomiaan kromosomeihin , koska niiden genomi ei koodaa integraasientsyymiä .

On kuitenkin olemassa Colimovirus-perheen lajeja, kuten Petunia vein clearing virus , jotka ajoittain (pääasiassa stressaavissa olosuhteissa) voivat integroida genominsa taloudelliseen genomiin [3] . Tyypillisesti tällaisia ​​proviruksia kutsutaan usein endogeenisiksi pararetroviruksiksi (EPRV).

Luokitus

Kansainvälisen virustaksonomian komitean (ICTV) mukaan perheeseen kuuluu maaliskuusta 2016 alkaen 8 sukua [4] :

Rose yellow vein -viruslajilla on epätavallinen genomiorganisaatio, mikä tekee siitä ainutlaatuisen lajin [5] .

Muistiinpanot

  1. ↑ Virusten taksonomia  Kansainvälisen virustaksonomian komitean (ICTV) verkkosivustolla .
  2. ↑ Pinevitš A. V. , Sirotkin A. K. , Gavrilova O. V. , Potekhin A. A. Virologia: oppikirja. - Pietari.  : St. Petersburg University Press, 2012. - s. 275. - ISBN 978-5-288-05328-3 .
  3. ↑ Harper G., Hull R., Lockhart B. ja Olszewski N. (2002). Kasvien genomiin integroituneet virussekvenssit. Annual Review of Phytopathology 40 : 119-136. doi : 10.1146/annurev.phyto.40.120301.105642 . PMID 12147756 .
  4. ↑ Virusten taksonomia  Kansainvälisen virustaksonomian komitean (ICTV) verkkosivustolla . (Käytetty: 26. maaliskuuta 2017) .
  5. ↑ Mollov D., Lockhart B., Zlesak DC, Olszewski N. (2012). Caulimoviridae-heimon jäsenen ruusunkeltaisen suoniviruksen täydellinen nukleotidisekvenssi, jolla on uusi genomiorganisaatio. Arch Virol .

Linkit