SECIS-elementti

SECIS-elementti ( englanniksi  se leno c ysteine ​​i nsertion s equence - selenocysteine'insertion sekvenssi ) on noin 60 nukleotidia pitkä RNA -alue , joka muodostaa hiusneulamaisen rakenteen [1] . Tämä rakennemotiivi (nukleotidijoukko) saa UGA- lopetuskodonin koodaamaan selenokysteiiniä. Siksi SECIS-elementti on olennainen elementti mRNA:issa, jotka koodaavat selenoproteiineja ( proteiineja, jotka sisältävät yhden tai useamman seleeniä sisältävän aminohapon selenokysteiinin tähteen).

Bakteereissa SECIS -elementti sijaitsee lähes välittömästi sen UGA- kodonin jälkeen, johon se vaikuttaa. Arkeoissa ja eukaryooteissa se sijaitsee mRNA : n 3' -translatoimattomalla alueella ( 3' UTR ), ja yksi SECIS-elementti voi saada useita UGA-kodoneja koodaamaan selenokysteiiniä. Eräässä arkeisessa suvussa, Methanococcus , SECIS-elementti sijaitsee 5 ' kääntämättömällä alueella ( 5' UTR ) .  

SECIS-elementti voidaan erottaa sen tunnusomaisesta nukleotidisekvenssistä, toisin sanoen tietyt nukleotidit ovat siinä tiukasti määritellyt paikat, samoin kuin tunnusomaisen sekundaarirakenteen. Toissijainen rakenne johtuu vetysidosten muodostumisesta komplementaaristen typpipitoisten emästen välille , mikä johtaa hiusneulamaiseen rakenteeseen. Eukaryoottinen SECIS sisältää ei-kanonisia AG-pareja, jotka ovat luonnossa harvinaisia, mutta erittäin tärkeitä SECIS:n normaalille toiminnalle. Vaikka eukaryooteissa, arkeoissa ja bakteereissa SECIS:llä on tyypillinen hiusneulamuoto, ne eivät ole yhteensopivia keskenään, eli eukaryoottiselle SECIS:lle tyypillinen nukleotidijärjestely ei ole arkeaalisen SECIS:n oma.

SECIS-elementin etsimiseen genomista on luotu useita tietokoneohjelmia, joiden työ perustuu tiettyjen sekvenssien ja toissijaisten rakenneelementtien etsimiseen. Näitä ohjelmia on käytetty uusien selenoproteiinien etsimiseen [2] .

SECIS-elementtiä on löydetty monista organismeista kaikilta kolmelta elämänalueelta sekä niiden viruksista [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] .

Muistiinpanot

1. ↑ Walczak, R; Westhof E., Carbon P., Krol A. Uusi RNA-rakennemotiivi eukaryoottisten selenoproteiini-mRNA:iden selenokysteiinin lisäyselementissä  //  RNA : Journal. - 1996. - Voi. 2 , ei. 4 . - s. 367-379 . — PMID 8634917 .
2. ↑ 1 2 Lambert, A; Lescure A., Gautheret D. Selenokysteiinin lisäyssekvenssejä koskeva selvitys  (englanniksi)  // Biochimie : päiväkirja. - 2002. - Voi. 84 , nro. 9 . - s. 953-959 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01441-4 . — PMID 12458087 .
3. ↑ Mix H., Lobanov AV, Gladyshev VN SECIS-elementit selenoproteiinitranskriptien koodaavilla alueilla toimivat korkeammissa eukaryooteissa  // Nucleic Acids Res  . : päiväkirja. - 2007. - Voi. 35 , ei. 2 . - s. 414-423 . doi : 10.1093 / nar/gkl1060 . — PMID 17169995 .
4. ↑ Cassago A., Rodrigues EM, Prieto EL, et ai. Leishmania-selenoproteiinien ja SECIS-elementin tunnistus  (englanniksi)  // Mol. Biochem. parasitoli. : päiväkirja. - 2006. - Voi. 149 , nro. 2 . - s. 128-134 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2006.05.002 . — PMID 16766053 .
5. ↑ Mourier T., Pain A., Barrell B., Griffiths-Jones S. Selenokysteiini- tRNA ja SECIS-elementti Plasmodium falciparumissa  (neopr.)  // RNA. - 2005. - T. 11 , nro 2 . - S. 119-122 . - doi : 10.1261/rna.7185605 . — PMID 15659354 .
6. ↑ G. V. Kryukov, S. Castellano, S. V. Novoselov, A. V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó ja V. N. Gladyshev. Nisäkkäiden selenoproteomien karakterisointi  (englanniksi)  // Tiede. - 2003. - Voi. 300 , ei. 5624 . - s. 1439-1443 . - doi : 10.1126/tiede.1083516 . — PMID 12775843 .
7. ↑ Gregory V. Kryukov ja Vadim N. Gladyshev.  Prokaryoottinen selenoproteomi  // EMBO Rep : päiväkirja. - 2004. - Voi. 5 , ei. 5 . - s. 538-543 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400126 . — PMID 15105824 .
8. ↑ Alain Krol. Evoluutiossa erilaiset RNA-motiivit ja RNA- proteiinikompleksit selenoproteiinisynteesin saavuttamiseksi  //  Biochimie : päiväkirja. - 2002. - Voi. 84 , nro. 8 . - s. 765-774 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01405-0 . — PMID 12457564 .