Kodoni

Kokeneet kirjoittajat eivät ole vielä tarkistaneet sivun nykyistä versiota, ja se voi poiketa merkittävästi 24. huhtikuuta 2016 tarkistetusta versiosta . tarkastukset vaativat 37 muokkausta .

Kodoni ( koodaava trinukleotidi ) on geneettisen koodin yksikkö , DNA :ssa tai RNA :ssa olevien nukleotiditähteiden ( tripletti ) tripletti, joka yleensä koodaa yhden aminohapon sisällyttämistä . Kodonien sekvenssi geenissä määrittää aminohapposekvenssin kyseisen geenin koodaaman proteiinin polypeptidiketjussa .

Luokitus

Koska typpipitoisia emäksiä on 4 erilaista ( adeniini , guaniini , sytosiini , tymiini ) ja aminohappoja koodaa kodoni, joka koostuu kolmen nukleotidin yhdistelmistä, niin kombinatoriikan lakien mukaan kodonien kokonaismäärä on yhtä suuri kuin toistoja sisältävistä sijoitteluista : yhdistelmät , joista 61 yhdistelmää koodaa tiettyjä aminohappoja, ja 3 jäljellä olevaa kodonia (UGA, UAG ja UAA) signaloivat polypeptidiketjun translaation pysähtymistä ja niitä kutsutaan lopetuskodoneiksi .

Aloituskodoni eukaryoottisissa organismeissa on metioniinia koodaava AUG-tripletti mRNA :ssa , josta polypeptidiketjun muodostuminen alkaa translaation aikana.

Joissakin prokaryooteissa aloituskodonit ovat myös GUG, AUU, CUG, UUG.

Koska vain 20 aminohappoa osallistuu proteiinin biosynteesiprosessiin polypeptidiketjussa, eri kodonit voivat koodata samoja aminohappoja, tällaisia ​​kodoneja kutsutaan yleisesti isoakseptorikodoneiksi .

RNA-kodonitaulukko

ei-polaarinen napainen perus happoa (pysäytyskodoni)
standardi geneettinen koodi
1.
pohja 		2. pohja 3.
pohja
U C A G
U UUU (Phe/F) Fenyylialaniini UCU (Ser/S) Seriini UAU (Tyr/Y) Tyrosiini UGU (Cys/C) Kysteiini U
UUC UCC UAC UGC C
UUA (Leu/L) Leusiini UCA UAA Pysähdys ( okkeri ) UGA Stop ( Opaali ) A
UUG UCG UAG Stop ( Amber ) UGG (Trp/W) Tryptofaani     G
C CUU CCU (Pro/P) Proliini CAU (His/H) Histidiini CGU (Arg/R) Arginiini U
CUC CCC SERT CGC C
CUA CCA CAA (Gln/Q) Glutamiini CGA A
CUG CCG CAG CGG G
A AUU (Ile/I) Isoleusiini ACU (Thr/T) Treoniini         AAU (Asn/N) Asparagiini AGU (Ser/S) Seriini U
AUC ACC AAC AGC C
AUA ACA AAA (Lys/K) Lysiini AGA (Arg/R) Arginiini A
ELOKUU [A] (Met/M) Metioniini ACG AAG AGG G
G GUU (Val/V) Valiini GCU (Ala/A) Alaniini GAU (Asp/D) Asparagiinihappo GGU (Gly/G) Glysiini U
GUC GCC GAC GGC C
GUA GCA GAA (Glu/E) Glutamiinihappo GGA A
GUG GCG GAG GGG G
A   AUG-kodoni koodaa metioniinia ja on myös translaation aloituspaikka: ensimmäinen AUG-kodonimRNA:tatoimii proteiinisynteesin aloituksena[1].

Salauksen purku valmistui vuonna 1966 [2] .

Ei-kanoniset kodoniarvot

Ainakin 16 organismityypillä on kanonisesta koodista poikkeava geneettinen koodi. Esimerkiksi monet viherlevälajit Acetabularia kääntävät standardipysäytyskodonit UAG ja UAA aminohappoksi glysiiniksi, ja sieni Candida tulkitsee CUG-RNA-kodonin ei leusiiniksi, vaan seriiniksi. Ja leivinhiivan ( Saccharomyces cerevisiae ) mitokondrioissa neljä kuudesta kodonista muunnetaan tavallisesti leusiinikoodiksi treoniinia .

Tällaisten muunnelmien olemassaolo osoittaa geneettisen koodin mahdollisen kehityksen.

Elävien organismien kaikkien kolmen domeenin edustajat lukevat joskus standardin lopetuskodonin UGA 21. aminohapoksi selenokysteiini , joka ei liity standardiin 20. Selenokysteiiniä muodostuu seriinin kemiallisen muuntamisen aikana siinä vaiheessa, kun seriini ei ole vielä irronnut ribosomin tRNA:sta.

Samoin kahden domeenin ( arkebakteerit ja bakteerit ) edustajilla lopetuskodoni UAG luetaan 22. aminohappoksi pyrrolysiini .

Eroja universaalista koodista löytyy myös mitokondrioiden DNA :sta ( katso Ominaisuudet -osio ).

Katso myös

Muistiinpanot

  1. ↑ Nakamoto T. Evoluutio ja proteiinisynteesin aloitusmekanismin yleisyys.  (englanniksi)  // Gene. - 2009. - 1. maaliskuuta ( nide 432 , nro 1-2 ). - s. 1-6 . - doi : 10.1016/j.gene.2008.11.001 . — PMID 19056476 .
  2. ↑ Ayala F. D. Moderni genetiikka. 1987.
 Aminohappoja
Vakio
ei-standardi
Katso myös